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腾讯登录Nature子刊：部分SNPs的转录调控亚型与疾病相关
| 导读 | 一项新的在《Nature Genetics》的研究表明，一些在血液中参与转录剪接的普遍突变与一些SNPs位点重复，这些位点已经在全基因组测序中表明，与不同的人类性状或疾病具有相关性。 |
国立卫生研究院和哈佛医学院的研究人员使用基因芯片来分析血液样本中的基因表达和SNP基因分型模式，这些样本是从招募参与Framingham心脏研究的个体中获得的，研究人员拿出了一组剪接数量性状位点的候选组，这其中包括了所谓反sQTLs，这个往往出现在他们调节的转录附近。
通过与美国国家人类基因组研究所的GWAS目录下的SNPs的数据进行对比，研究人员发现几百个sQTLs与人类性状或者疾病中的突变位点存在重叠，这表明，sQTLs可能在疾病风险中，扮演了一种我们不了解的作用。
“我们发现，公布的GWAS SNPs中，4.5%的具有顺式sQTLs，但这不是基因水平的表达顺式QTL的证据，这表明，对于sQTL的分析需要提出另外的功能机制来解释GWAS的结果，”隶属于国家心脏，肺和血液研究所的资深作者Christopher O'Donnell和他在哈佛的合作者这样写到。
“我们的发现奠定了研究的基础，我们可以进一步确定（信使mRNA）剪接在预防和治疗常见疾病中的作用。”
该团队已经着手在更大的研究群体中获得的样品进行sQTLs研究，其关注点主要在这些位点与GWAS SNPs具有多大程度的重叠。
为了登记突变体影响的转录异构体模式，研究人员混合了从5257名Framingham心脏研究参与者的全血样品的两种数据：基于阵列的基因表达和基于突变的SNP的模式，这些SNP直接分型或者将其归入1000基因组计划中的数据库。
为了识别sQTLs，他们之后与基因水平表达相关的eQTL突变进行了比较，结果表明，其在外显子水平上具有关联，但是在基因水平上没有。
使用这种方法，该团队将572333个顺式sQTL候选缩小到了2650个相关基因，这些候选中，包括了超过258100个独特的顺式sQTLs。
该自己包括了1763个顺式sQTLs中的1464个，这1763个之前在922个志愿者参与的RNA测序实验中已经得到了证实，相关结果由一个斯坦福大学的研究小组2013年晚些发表在了《Genome Research》上。
特别是，O'Donnell和他的同事们发现了sQTL与相关编码参与细胞核功能，乙酰化，或者可选剪接以及DNA相关通路的磷酸化核蛋白具有密切的关系。
从过去的GWAS中翻出来的隐藏的突变信息表明，528个顺式sQTLs与238个不同的疾病或者表型的基因位点存在重叠。其中，304个顺式sQTL-估计调节202个基因-表明全基因组与性状或者疾病的转录剪接具有显著的联系。
研究人员指出，至少一些顺式sQTLs和相关基因似乎在依赖于一些特异组织中的血液中的转录剪接过程中具有一定的作用。其中，顺式sQTL突变与一系列脂质，血液或者心血管疾病相关的性状和病症具有明显的关系。
通过与美国国家人类基因组研究所的GWAS目录下的SNPs的数据进行对比，研究人员发现几百个sQTLs与人类性状或者疾病中的突变位点存在重叠，这表明，sQTLs可能在疾病风险中，扮演了一种我们不了解的作用。
“我们发现，公布的GWAS SNPs中，4.5%的具有顺式sQTLs，但这不是基因水平的表达顺式QTL的证据，这表明，对于sQTL的分析需要提出另外的功能机制来解释GWAS的结果，”隶属于国家心脏，肺和血液研究所的资深作者Christopher O'Donnell和他在哈佛的合作者这样写到。
“我们的发现奠定了研究的基础，我们可以进一步确定（信使mRNA）剪接在预防和治疗常见疾病中的作用。”
该团队已经着手在更大的研究群体中获得的样品进行sQTLs研究，其关注点主要在这些位点与GWAS SNPs具有多大程度的重叠。
为了登记突变体影响的转录异构体模式，研究人员混合了从5257名Framingham心脏研究参与者的全血样品的两种数据：基于阵列的基因表达和基于突变的SNP的模式，这些SNP直接分型或者将其归入1000基因组计划中的数据库。
为了识别sQTLs，他们之后与基因水平表达相关的eQTL突变进行了比较，结果表明，其在外显子水平上具有关联，但是在基因水平上没有。
使用这种方法，该团队将572333个顺式sQTL候选缩小到了2650个相关基因，这些候选中，包括了超过258100个独特的顺式sQTLs。
该自己包括了1763个顺式sQTLs中的1464个，这1763个之前在922个志愿者参与的RNA测序实验中已经得到了证实，相关结果由一个斯坦福大学的研究小组2013年晚些发表在了《Genome Research》上。
特别是，O'Donnell和他的同事们发现了sQTL与相关编码参与细胞核功能，乙酰化，或者可选剪接以及DNA相关通路的磷酸化核蛋白具有密切的关系。
从过去的GWAS中翻出来的隐藏的突变信息表明，528个顺式sQTLs与238个不同的疾病或者表型的基因位点存在重叠。其中，304个顺式sQTL-估计调节202个基因-表明全基因组与性状或者疾病的转录剪接具有显著的联系。
研究人员指出，至少一些顺式sQTLs和相关基因似乎在依赖于一些特异组织中的血液中的转录剪接过程中具有一定的作用。其中，顺式sQTL突变与一系列脂质，血液或者心血管疾病相关的性状和病症具有明显的关系。
“这些与心血管疾病相关的基因的影响还有待于进一步的研究，”研究报告的作者强调。不过，他们指出，“从全血sQTL获得的研究结果可以帮助鉴别心血管疾病和描述其功能性易感，以及相关的风险因素。”（转化医学网360zhyx.com）
以上为转化医学网原创翻译整理。如需转载，请联系 info@360zhyx.com。
原文链接：https://www.genomeweb.com/genetic-research/study-links-subset-transcript-isoform-regulator-snps-disease-risk
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