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导读 | 2014年4月29日,北京大学生物动态光学成像中心(BI黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。 |
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2014年4月29日,北京大学生物动态光学成像中心(BI黄岩谊、汤富酬课题组在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的论文。该研究利用微流控芯片技术实现了高质量单细胞的全转录组或基因组测序样品准备,全面提高了单细胞全转录组或基因组分析的准确性和可靠性。2014年9月19日,世界首例MALBAC宝宝诞生,这是北京大学生物动态光学成像中心谢晓亮团队、汤富酬团队与北医三院乔杰团队精诚合作,首次将MALBAC技术应用于试管婴儿的单基因遗传病筛查,通过低深度高通量测序就能同时完成突变位点及染色体的检查,成本低、快速快,可以在胚胎移植前对胚胎完成全面准确的遗传诊断。2014年底这项成果也被入选为“CCTV2014年度中国科学十大进展”。 MALBAC技术全称多次退火环状循环扩增技术,由谢晓亮教授哈佛大学实验室发明,是世界上目前先进的全基因组扩增技术之一。
目前采用的新一代测序技术中,绝大多数方法都需要特定的前处理过程,制备“测序文库”。而针对单细胞样品,已有的方法均存在很多缺陷,导致检测灵敏度不高、基因表达信息丢失严重、技术噪音高、操作失误率高、重复性差。
而Fluidigm开发的C1单细胞自动制备系统,将最关键的单细胞转录组或基因组文库构建步骤集成在一个微流控芯片上,可以同时进行多个样品的操作。这一技术的开发,大大减少了试剂用量,在反应效率得到提升的同时极大地抑制了污染的发生,还减少了操作误差,实现了更高的可靠性和更好的平行性。
通过对几十个细胞的分析表明,这一方法可以有效地消除转录组或基因组高度动态特性所带来的测量差异,实现对单细胞异质性的分析和判断。通过多个细胞较低深度的转录组或基因组测序,可以获取比同等成本下单个细胞高深度测序更重要的细胞异质性信息,而更好地展现生物体系的复杂性、随机性和动态过程。而通过微流控芯片上的精确细胞操控和主动俘获过程,还可以摆脱其他类似方法中随机俘获的局限性,实现对极其少量细胞的完全俘获和反应前的表型观察,以更好地理解和验证单个细胞的异质性。与已有的技术相比,这一工作展示了目前最好的单细胞转录组或基因组测序检测灵敏度和平行性。
2014年,北京大学生物动态光学成像中心(BIOPOC)购置了C1系统并配备了其最新的Open App 功能, 该功能专门为具有方法开发能力的科学家们设计,旨在让科学家们在C1平台上开发出更多更广的应用和方法,并且这些方法还可以通过C1的Open Hub 功能分享给其他的用户。北大BIOPIC 组的黄岩谊、谢晓亮、汤富酬教授组都具有非常强的试剂、方法开发能力,相信不久的将来,广大的单细胞用户们一定能够看到并分享他们在C1平台上开发的更多更好的试剂方法。
(转化医学网360zhyx.com)
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