万人药物基因组研究项目采用罗氏NimbleGen序列捕获技术

  来自美国的药物基因组研究专家将开展一个由一万人参加的药物基因组项目，将医疗记录与他们的基因组信息进行关联，这些信息主要包括了84个与药物应答相关的基因情况。
  为了获得与药物治疗相关的基因信息，研究人员将利用NimbleGen序列捕获产品，从全基因组DNA中富集这些基因的片段，然后利用二代测序仪进行高深度的测序。此次目标基因包括84个与药物靶标、药物转运、药物代谢，包括这些基因的全部外显子区域、UTR区域及2Kb外显子上游的片段。
  这个NimbleGen的定制捕获设计已经经过了前期实验的测试，对于千人基因组项目中的96个样本以及94个临床样本进行测试的结果表明，可以获得500x的目标区域覆盖，发现了在原有测序数据中没有发现的低频率突变。平均每个样本可以获得1300-1500个SNV，其中30%-50%是新SNV，而且其中9%被预测有功能性。可见高深度测序发现新型突变的能力。
  例如通过这样的高深度测序，发现了RYR1一个新的无义突变，这个基因与恶性高热有关，也与一些致命性的麻醉剂副作用产生有关。这次实验发现大量RYR1基因上的功能性突变，许多处于杂合子的状态，值得进一步发掘其临床意义。
  这次的万人项目将在美国的7个临床实验室中进行，所检测的基因中既包括已知明确地对药物使用有指导作用的基因如CYP2C1,  VKORC1，SLCO1B1及 CYP2C9等，也包括一些已经明确对药物代谢有影响但指导用药上不明确的基因如AHR等。前者的基因信息将加入到受测者的电子医疗记录中直接可以对药物使用提供参考，而后者可能仅用于药物基因组数据的信息收入及后续的研究工作。所有测序的结果都将建立数据库，用于更多的研究。
  这次项目也被称做为"preemptive genotyping”，即在参加对象未使用这些药物前先对相关基因进行分型，这些记录在病人之后使用这些药物时即可用于用药指导，而不需要在用药前等待这些检测的结果。类似这样的项目将帮助更加合理的药物使用，减少药物副作用的产生，节省医疗开支。（转化医学网360zhyx.com）