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真实体验五家基因测试公司,DNA数据库错误信息可能给精准医疗带来噩梦!

首页 » 产业 » 行业 2016-11-15 动脉网 赞(3)
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导读
当你参与基因测试后,如何获取有价值的数据,遗传基因分析与某些特定的功能到底有何联系?美国知名记者 REBECCA ROBBINS体验了DNAFit, Genomic Express, Kinetic Diagnostics, Orig3n, 以及Simplified Genetics五家公司的基因测试服务,价格从154美元到400美元,帮助我们对于这个行业有一个初步的了解。

当你参与基因测试后,如何获取有价值的数据,遗传基因分析与某些特定的功能到底有何联系?美国知名记者 REBECCA ROBBINS体验了DNAFit, Genomic Express, Kinetic Diagnostics, Orig3n, 以及Simplified Genetics五家公司的基因测试服务,价格从154美元到400美元,帮助我们对于这个行业有一个初步的了解。

我的基因决定了我更适合做高强度的有氧健身运动,而不是强度低的有氧健身运动。实际上我也不太确定,因为我通过邮件下了两个订单做基因测试,结果它们对我DNA中相同位置的染色体,却给出了两种完全不同的解释。

也许我应该采取第三种测试。说不定还会将相同的基因型解释为,我有关联地受益于星期天吃的炒鸡蛋白、奎奴亚藜沙拉和炒鸡。

完成针对运动员的,目前最流行的五种基因测试后,我发现自己位于这个布满镜子的大厅里,这里的运动员既包括高水平的竞争者,也包括像我这样以娱乐为目的的慢跑者。该项测试承诺分析我的遗传构成要素,提供关于我的“健美潜能”的“前所未有的见解”,或者帮助我的身体达到最佳状态。

但一些测试扁平化且相互矛盾。对于我的肌腱拉伤带来的风险,这些测试认为特定区域的染色体组会导致这些风险,且对此给出了不同的解释。例如,我很容易得高血压,以及相应是什么染色体组导致了我容易得高血压。

我接受这样的测试,是真的希望该测试可以帮我解释,为什么我擅长某一类的运动。(想当年在高中时代,从严格意义上来讲,我是一个垒球投手。)我当时也希望,他们会提供有用的提示,以提高我现在的运动技能。

自从接受测试以来,我忍受他们从我胳膊上一次性抽出七瓶血。 也不小心搞得内颊出血。 还偶然发现我有患阿尔茨海默病的几率,可是对这个事实我本不想知道。然而那又如何?并没有获得什么有价值的东西。

基因分析公司正在与世界各地的私人教练,脊椎治疗师和教练建立联盟,以推广基因组测试,他们认为这些测试可以帮助各级运动员,根据他们的DNA定制训练。他们与德克萨斯州的贝勒大学足球队、英国超级联赛、埃及的足球队,与亚利桑那州的精英训练设施,顶级的田径运动员都敲定了合作计划,其中还不乏几个参加过里约奥运会的选手。

然而,没有什么科学依据来支持这样的说法:遗传基因分析可以识别特定运动员是否倾向受益于某种类型的运动,易于受到肌腱损伤或者从困难的锻炼中进行康复会很艰难。

根据去年在英国运动医学杂志上发表的共识声明,这些测试“在人才识别或个性化训练方案中没有任何作用,从而对通过相应的训练使他们能发挥最高水平也没有什么意义”,这项声明由二十多位基因组学和运动表现方面的专家签署。

正如我所知,关于如何解释基因与个人健身水平的关系,相应的研究很少。而且实际上没有证据证明,运动员应如何对获得的信息采取相应对策。

这可能也是为什么我得到的信息总的来说令我非常沮丧,他们就给出一般常识性的建议,如运动前要舒展身体。还有就是有些细节具体得奇怪(对我来说完全不可能),例如列好菜单告诉我在星期日要吃奎奴亚藜。

以下就是我从这些测试中获得的关于我自己的信息,还有关于这个行业的相关信息:

测试报告如读天书

要在这么多门类的测试中选择一项称心如意的真是难上加难。 根据一个研究者的统计数据,到去年,至少有39家公司推出了面向健身的消费者基因测试,同比2013年的市场规模几乎是翻了一番。

我最终选择了DNAFit,Genomic Express,Kinetic Diagnostics,Orig3n和简化遗传学测试。他们的价格从154美元到400美元不等。
REBECCA ROBBINS参与了5家公司的测试

在接下来的几个星期,测试的邮件发了过来。 每一个盒子里都附有一个棉签以及相关说明,指导你如何从脸颊里面取出DNA样本。 (其中有一个温馨提示让我不要拭得太用力 ,可是马上我就划出一点血来。)Kinetic Diagnostics还为我指派了附近的一个实验室,抽取了7瓶血;我当时看起来一定是有点神经质了,因为技术员不止一次地问我,我是不是还很好。后来我才了解到,这些血液中还有一部分是用来分析非遗传性的生物指征,如维生素水平和胆固醇的。

我把擦拭过脸颊内部的棉签寄回每家公司,并焦急地等待结果到来。

在接下来的几个星期,我的基因测试结果陆陆续续来了,发到了我的电子邮箱,其中Orig3n的测试结果,还赶时髦地做了一个APP。我收到了相关的数据表,图表,还有一堆运动员的照片。每个测试都对我的基因序列从2到57作了相应报告,以两个字母代表一个基因型,如CC或AT。

拿着这些报告,我觉得简直就像在读天书。我试图找出我能够看得懂的符号:我对肌腱损伤明显免疫,我喜欢短跑冲刺而不是长途慢跑。我的手臂很长,所以我作为垒球投手很有优势 ,然而身体过于苗条以及协调能力差,于我不利。

就一个小小的拭过脸颊的棉签就变成了拯救足球的救星:一个简单的基因测试就能帮你识别出哪些年轻运动员可能遭受脑震荡的最严重的后果。这个理念一出,就迫使这些孩子远离接触性的运动,同时给他们那些不太敏感的同伴拿到橄榄球亮起绿灯。

“如果不知道该结果会不会更好呢?”一个基因测试公司在投放在Facebook(脸书)里的广告中提出。而另一家公司却宣扬:“了解风险。做自信的选择。”

做测试吗?这种测试的市场,几年前才开始兴起,虽然声称自己是改革性的,然而似乎并没有造成轰动。没有很多运动员有兴趣接受测试。保险人也不会付钱。

现在,甚至一些测试的支持者都退缩了。他们向运动员及其父母表达了他们内心的担忧,给他们讲了在他们的基因中可能潜伏着未知的风险,包括经历过脑震荡后的孩子患病的风险最大,以及日后患阿尔茨海默病的风险也会增加。

我一点也没发现有这么多风险。坦率地说,看了这么多,其实什么有用的东西也没有。从实践的角度来看,毫无帮助。例如,Kinetic Diagnostics告诉我,我有六对染色体有增加骨关节炎的风险,另外四对,预示我患典型病的风险。 Orig3n告诉我,我有五对染色体能保证正常的新陈代谢。

垒球:命中注定?

最重要的是,我很想知道,测试是否会告诉我打垒球是否选择正确。垒球在我生命的成长过程中扮演着非常重要的角色,是不是我的基因给我作出了“正确的”选择。通过垒球,我结交了很多很亲密的朋友。我在球场上度过了无数小时。到高中结束时,我已经打得相当不错了。

我是否命定就该对垒球赋予激情呢?然而我很失望,测试的结果完全没有提到任何具体的信息。
5家基因测试公司位置分布图

但这样可能最好:当这样的测试五年前首次投放到市场中时,许多销售以基因的角度来帮孩子们决定他们应从事什么样的运动才理想。然而,许多今天仍蓬勃发展的公司,已经不再开出这些有争议的处方,而是仅给出一些简答的报告,告知各种基因指征对从事耐力运动或“强度高”的运动(通常涉及快速爆发速度),所存在的优势和劣势。

可问题是,有些人的结论并不是优或者劣那么明确,而是处于中间值。比如我,所有的分析都认为,包括ACTN3的测试也同意:我既可以从事强度高的运动,也可以从事耐力运动,然而不管从事哪种运动,都没有什么强大的优势。换句话说,我很中庸。

Genomic Express给了我六个运动的列表,从篮球到水球,“需要耐力,但是强度高的运动更有优势”(垒球不在其中。)但公司很小心地提示到DNA不决定命运:“你可以通过适当的饮食/营养和训练制度,在所有类型的活动中提高你的表现。”

对于常识性的建议也很无语

好的,明白了。那么基因测试会帮助我找到我最佳的饮食和训练方案吗?一句话:不。

我得到的提示几乎是通用的。比如看看Kinetic Diagnostics给出了什么样的建议?对如何补偿肌肉痉挛风险的增加,他们说:“运动前后做适当的伸展和肌肉暖身”。

DNA Fit的建议如何做弥补,以帮助我从耐力训练中收益更多呢?“保持充足的水分”。

Kinetic Diagnostics说我的高血压风险升高,DNAFit说我可能会遇到较少的血压问题。据称是针对我的基因型,他们都提供了相同的建议,那就是:运动。(当我后来问他们这个建议,这些公司承认这样的建议可以有益于任何人,但坚持说,我这种基因型的人会发现它特别有用。)

似乎最具体的提示来自简化遗传学,它建议我将我的每周运动划分为三个高强度锻炼,如冲刺或阶梯类,以及一个低强度锻炼,如瑜伽或远足。

但我发现这个建议也不可信,因为它仅是基于分析一个单一基因组的两个变量。(简化遗传学CEO Kurt Johnsen告诉我,两个遗传指征为客户提供了一个切入点。)

该公司还制定了为期一周的膳食安排,Johnsen说,根据我的基因型和性别优化脂肪,蛋白质和碳水化合物的分布。周一早餐冰沙,星期二火鸡沙拉午餐,以及星期三晚餐吃罗非鱼和藜麦。

这一切听起来都非常健康,毫无疑问,但我很难相信一个单一的基因,能够使这个特别的菜单更适合我,因为其他菜单里品种丰富的食物肯定更健康。

矛盾层出不穷

然后一个个解释苍白无力,彼此矛盾。这些测试各自针对我的基因组的不同位置。这可能是为了将自己与他们的竞争对手区别开来,但其本身表明这个领域发展还不成熟。因此,比较每家公司的完整结果是不可能的。

但在数据点的分数中,我发现有20个基因变量在两个或更多的测试结果中同时出现。这些公司给了我这些变量的相同基因读数,所以我很怀疑他们是否正确地分析了我寄给他们的脸颊拭过的细胞。然而,在这六个案例中,我从一家公司得到的解释直接发现了,其与另一家公司的解释相矛盾。
基因测试的矛盾频现

在一个案例中,两家公司引用同一篇杂志文章来支持他们的反对结论。在他们对被称为COL5A1的基因的分析中,其功能是调节肌腱和韧带组织中蛋白质的产生的数量。报告的三个测试同意我有TT的基因型。这是一个相对罕见的染色体,根据Orig3n所说,仅有不到10%的人口有这种染色体。

DNAFit说,这一基因使我会更容易肌腱损伤,还援引了一些研究结果。Kinetic Diagnostics引用了另一份2012年的研究报告,也同意说我肌腱损伤风险较大。

但Orig3n采用了同一篇2012年的研究报告,却得出相反的结论:我在可能受肌腱损伤时会进行自我保护。

就这一点,我已经被弄晕了。所以我与2012年研究的作者联系,他们说,他们的研究结果“对于能做出有信度的解释方面来说还太粗浅”,尤其是,对于我的TT基因型就意味着受伤的风险这样的情况来说。

但是更令我惊讶的是,Orig3n首席执行官Robin Smith承认他的公司可能犯了错误。

在我告诉Smith 我的发现后,他说他的团队回顾了文献,并得出结论,很可能,我肌腱损伤的风险更大。他承诺通过电子邮件向具有相同TT基因型的其他客户发送更正。他告诉我,他的团队将研究另一个基因型的数据,这项数据中Orig3n的解释,与另一家公司的测试结果也相互矛盾。

当我问到其他公司,对于这些相矛盾的地方,他们又是如何回应的呢?DNAFit给了我一个2,000字的文件,为自己对我的基因型的解释辩护。文件甚至包括科学研究的报价,以加强其解释,并反驳我从其他公司得到的矛盾的结果。(我向那些坚持这项任务的DNAFit员工道歉。)

Kinetic Diagnostics 没有回应我关于矛盾的具体问题。它已经撤回了我从市场上的测试,将其描述为一个“飞行员”,并正在努力改进其业务模式。

一个重要的信息披露

在我的结果中,还有一些更离谱的东西。我的Kinetic Diagnostics测试结果告诉我,我的DNA使我更可能尝试抽烟。(然而我的记录是我从来不抽烟。)

我从Orig3n订购的一个补充基因评估,一项名为“超级英雄”的测试,告诉我“要花更长时间学习新语言”。(说实话,会西班牙语和意大利语还不是我在学校的强项)

我也收到了一些重量级的信息,那是我没有预料到的。几个月前,我收到了一份报告,使被测试的运动员有时要做出的一些棘手的决定,测试两个称为APOE的染色体,APOE是最好预估阿尔茨海默氏患病风险的基因。

我就知道,对于这个信息,我从来也不想知道。然后我发现我的APOE状态,毫无悬念的,在Orig3n的Fitcode测试页面中看到,作为一个指标,其预示我是多么可能会超重。我立即注意到,我携带一个相对罕见的变体——已经足够罕见了,我知道,与增加或减少阿尔茨海默症的风险相关联。我的心开始在我的胸腔里打鼓。

当我做了一个快速的搜索后,我悬着的一颗心才慢慢放下来,我了解到我携带的染色体似乎对一些人口中的阿尔茨海默病还略有保护。但我仍然有一种奇怪的感觉,这些信息虽然很私密,但并不是我想获知的信息。

Orig3n是唯一没有在其网站上公布它将寻找的特定基因列表的公司。Smith说,该公司不对包括APOE在内的基因报告表示担心,因为报告没有在阿尔茨海默病的背景下分析,但相关测试报告告诉我,我有正常的胆固醇代谢。

那么,这样的基因测试使我发生了怎样的改变呢?我没有建立在周三晚上食用奎奴亚藜的习惯。我的锻炼日程也没有改变太多。但在每次运动前,我可能会花更多的时间做伸展运动。因为这肯定对我无害。

精准医学的热情,从白宫到日常医生,正处于一个历史最高的时期。但是,用于解释患者基因谱的数据库的严重问题可能导致“不适当的治疗”与“毁灭性后果”,研究人员在Mayo诊所周一警告说。

他们的报告中描述了大约二十个案例,这些被测试对象被告知他们有可能患致命的疾病,并且需要手术植入心脏除颤器,但事实证明,完全不需要。在一个年轻的亲属死于心脏综合征后,其家庭成员接受了基因测试。测试结果表明,它们在心脏相关基因中携带突变——测试公司使用的数据库表明,这一基因突变会导致严重的疾病。

然而,Mayo的遗传心脏病学家Michael Ackerman博士,和具有更现代的遗传数据库的同事的再分析表明,实际上基因突变是无害的,并且侵入性治疗也没有必要。“这是遗传测试和精确医学众所周知的阴暗面,”Ackerman说。因为公司用于解读DNA测试的数据库充满错误,“我们开始看到很多蠢货”,患者告诉说,DNA错拼会导致诊断为疾病,而实际上并没有患上疾病。

其他专家也对数据库表示关切和担忧。“这不是一个新的问题,”美国医学遗传学和基因组学的执行董事Michael Watson说。他说最近大多数遗传学研究只针对美国和西欧的人群,其产生的数据可能不适用于其他人口。可能在一个种族群体中引起疾病的DNA变异体,在其他群体中可能不会产生疾病。

这些问题引起了高度关注,用“精确”方法治疗将误诊,或给予受测对象无用或甚至有害的治疗。

“获得DNA测序是很容易的部分,”Ackerman说,“这是阿基里斯脚踝性质的遗传测试分析。”他估计,长QT基因中至少有10%,已被确定是因为错误的拼写,而致使预测结果为会引起疾病,这将会混淆视听,并可能因为错误诊断被定罪。

除了心脏病学,他补充说,“多达30%的与疾病相关的基因会突变,而不会保持不变。我们将要做大量的清理工作,”需要清理数据库中的错误信息。否则基于DNA的精确医学的梦想可能会成为错误诊断的噩梦。(转化医学网360zhyx.com)
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