2篇Nature：跨越1000个癌基因组

小儿髓母细胞瘤（Medulloblastoma），也称为成神经管细胞瘤，是最常见的儿童恶性脑肿瘤。近期德国癌症研究中心等研究机构同时公布了“Subgroup-specific structural variation across 1,000 medulloblastoma genomes”等两篇文章，报道了1087个独立成神经管细胞瘤样品基因组，从中发现了亚型特异性结构差异，以及序列差异，相关成果公布在Nature杂志在线版上。

<!--more-->

成神经管细胞瘤的多种亚型
成神经管细胞瘤是儿童恶性脑肿瘤，这种一种侵袭性生长的肿瘤起源于小脑和延髓/脑干中，具有显著的生物学和临床表现的异质性。尽管最近在治疗上获得进展，仍有约40%儿童患者的肿瘤复发，死亡率也相对高，在美国每年约有400名的儿童和青少年确诊患上这一疾病。目前针对这种疾病主要采用的是非特异性细胞毒性疗法，比如外科手术，全脑放射性治疗，以及攻击性化疗等。

 
但是这种癌症具有多种亚型，这就造成了不少差异。尽管几乎所有wingless (WNT)亚型的患者都能存活，第3亚型的髓母细胞瘤患者在确诊后三年却只有60%的生存。WNT髓母细胞瘤是因肿瘤亚型中破坏的信号而得名。人们对于第3和第4亚型肿瘤其分子特点还了解不多，也最缺少有效的治疗方法。人们目前仍不清楚，是什么遗传突变造成了这些亚型之间的独特差异。
索取lncRNA芯片的详细资料

 
1000个成神经管细胞瘤基因组
在“Subgroup-specific structural variation across 1,000 medulloblastoma genomes”这篇文章中，研究人员报道了1087个独立成神经管细胞瘤样品中的体细胞拷贝数突变（somatic copy number aberrations，SCNA），SCNAs在成神经管细胞瘤中很常见，主要出现在亚型聚集处。其中最常见的区域来自一个称为SNCAIP基因的随机重复。

SNCAIP基因是一个与帕金森综合症相关的基因，主要出现于4α亚型中，而第3亚型则是由PVT1基因的重复易位造成，这包括了PVT1-MYC和 PVT1-NDRG1。这也就为这两种亚型的针对性治疗提出了新希望。
另外一篇文章中，研究人员分析了125各成神经管细胞瘤患者与正常人配对样本的测序。研究人员发现在第3和4肿瘤亚型中，形成四倍体被认定为频繁的早期事件，而且病人的年龄和突变率之间呈正相关。

研究人员还指出，有些基因（DDX3X，CTDNEP1，KDM6A TBR1）的突变以前没有发现与此类肿瘤的关联。这就加强了研究人员对成神经管细胞瘤的基因组复杂性和异质性的了解，也为研发相关治疗新方法新疗法，提出了新思路。
41种新发现基因

此前，也有研究人员对37名的成神经管细胞瘤年轻患者进行完整的正常和癌症基因组测序，发现了136个在体细胞中存在突变的基因，研究人员然后又在56例成神经管细胞患者中对这些突变基因进行测序验证。结果新发现了41个过去未知与成神经管细胞瘤相关的基因突变。
其中一些基因突变的靶点涉及不同的患者子群的表观遗传调节组成部分，如在成神经管细胞瘤患者子群3和4中的H3K27和H3K4三重甲基化的调节因子；成神经管细胞瘤患者Wnt信号亚型中的CTNNB1相关的染色质重构因子等。

研究人员通过实验诱导小鼠菱形唇祖细胞的某些基因突变，以生成Wnt信号子群肿瘤，发现了保持细胞系（DDX3X）的基因，以及在肿瘤发生过程中启动CDH1基因或与PIK3CA基因相互作用的基因突变。这些数据揭示了不同子群成神经管细胞瘤患者的重要发病机理并为近一步的靶向性治疗提供了重要参考。

<br/>来源：生物通