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腾讯登录Blood：美完成T细胞淋巴瘤基因组分析
| 导读 | 近日，由美国研究者进行的全球首个外周T细胞淋巴瘤（PTCL）全基因组测序分析已完成。该研究团队的成果已于8月1日在线发表于《血液》（<em>Blood</em>）杂志上。
来自明尼苏达州罗切斯特市梅奥医学中心（Mayo Clinic）的研究团队发现，有13种基因组学异常在外周T细胞淋巴瘤中常见。其中有5种异常与p53蛋白相关，未突变的p53蛋白在癌症的抑制中发挥了重要... |
近日，由美国研究者进行的全球首个外周T细胞淋巴瘤（PTCL）全基因组测序分析已完成。该研究团队的成果已于8月1日在线发表于《血液》（<em>Blood</em>）杂志上。
来自明尼苏达州罗切斯特市梅奥医学中心（Mayo Clinic）的研究团队发现，有13种基因组学异常在外周T细胞淋巴瘤中常见。其中有5种异常与p53蛋白相关，未突变的p53蛋白在癌症的抑制中发挥了重要的作用。
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本研究的首席作者、来自梅奥个体化医学中心的Andrew Feldman博士在新闻发布会上表示：“每当我做出外周T细胞淋巴瘤诊断时，我就意识到3例患者中有2例会因此疾病而死亡，这种感觉非常令人难过，因而我也希望我们的研究能够改变这种现状。”
【研究背景】
外周T细胞淋巴瘤具有“侵袭性”特征，恶性程度较高，其5年总体存活率约35%。现今，外周T细胞淋巴瘤治疗预后的改善已受到人类对其基因组学和分子病理学了解不足的制约，这也导致该疾病目前仍缺乏分子治疗的靶点。
因此，研究者们希望能够利用外周T细胞淋巴瘤基因组学的新知识改进其诊断检测方法，并开发出新的靶向治疗手段。但现今在血液系统肿瘤的诊断和治疗方面，仍存在一定盲目性。
T细胞淋巴瘤最常见的是被称作非特指型的类型，这基本上就是一个无意义的诊断，因为未能发现其特异性的基因组学异常而无法将其归入特定的T细胞淋巴瘤亚型，也导致了不同的肿瘤学家所采用的治疗方法也不尽相同。
【研究摘要】
为了解决这一问题，该研究团队开发出了新的生物信息学工具，通过DNA基因组学二代测序分析技术检测患者染色体重排情况。该工具被用于检测外周T细胞淋巴瘤患者的16种组织样本及6种相关细胞系细胞。
在发现的5种p53相关基因异常中，有1种最为常见，即TP63突变。TP63基因重排见于5.8%（190例中有11例）的外周T细胞淋巴瘤患者中，且与患者较低的总体存活率相关。
Andrew Feldman博士的研究团队还发现了TP53突变，并认为与其他恶性肿瘤相比，该突变在外周T细胞淋巴瘤患者中较为罕见。
研究表明，明确疾病的基因组学异常，有助于了解外周T细胞淋巴瘤中p53基因相关性肿瘤抑制功能是如何被阻断的。
本研究得到了Bernard和Edith Waterman的资金支持。
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<img src="http://www.bioon.com/biology/UploadFiles/201208/2012081222363777.gif" alt="" width="113" height="149" border="0" hspace="0" />
<span style="color: #000000;"><a title="" href="http://dx.doi.org/10.1182/blood-2012-03-419937" target="_blank">doi:10.1182/blood-2012-03-419937</a><span style="color: #000000;"><a title="" href="http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2011.10.017" target="_blank"> </a></span></span>
PMC:
PMID:
</div>
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<br/><strong>Genome-wide analysis reveals recurrent structural abnormalities of TP63 and other p53-related genes in peripheral T-cell lymphomas.</strong><br/>
Vasmatzis G, Johnson SH, Knudson RA, Ketterling RP, Braggio E, Fonseca R, Viswanatha DS, Law ME, Kip NS, Ozsan N, Grebe SK, Frederick LA, Eckloff BW, Thompson EA, Kadin ME, Milosevic D, Porcher JC, Asmann YW, Smith DI, Kovtun IV, Ansell SM, Dogan A, Feldman AL.
Abstract
Peripheral T-cell lymphomas (PTCLs) are aggressive malignancies of mature T lymphocytes with 5-year overall survival rates of only ~35%. Improvement in outcomes has been stymied by poor understanding of the genetics and molecular pathogenesis of PTCL, with a resulting paucity of molecular targets for therapy. We developed bioinformatic tools to identify chromosomal rearrangements using genome-wide, next-generation sequencing analysis of mate-pair DNA libraries and applied these tools to 16 PTCL patient tissue samples and 6 PTCL cell lines. Thirteen recurrent abnormalities were identified, of which five involved p53-related genes (TP53, TP63, CDKN2A, WWOX, and ANKRD11). Among these abnormalities were novel TP63 rearrangements encoding fusion proteins homologous to ΔNp63, a dominant-negative p63 isoform that inhibits the p53 pathway. TP63 rearrangements were seen in 11/190 (5.8%) of PTCLs and were associated with inferior overall survival; they also were detected in 2/164 (1.2%) diffuse large B-cell lymphomas. As TP53 mutations are rare in PTCL compared to other malignancies, our findings suggest that a constellation of alternate genetic abnormalities may contribute to disruption of p53-associated tumor suppressor function in PTCL.
<br/>来源：生物谷
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来自明尼苏达州罗切斯特市梅奥医学中心（Mayo Clinic）的研究团队发现，有13种基因组学异常在外周T细胞淋巴瘤中常见。其中有5种异常与p53蛋白相关，未突变的p53蛋白在癌症的抑制中发挥了重要的作用。
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本研究的首席作者、来自梅奥个体化医学中心的Andrew Feldman博士在新闻发布会上表示：“每当我做出外周T细胞淋巴瘤诊断时，我就意识到3例患者中有2例会因此疾病而死亡，这种感觉非常令人难过，因而我也希望我们的研究能够改变这种现状。”
【研究背景】
外周T细胞淋巴瘤具有“侵袭性”特征，恶性程度较高，其5年总体存活率约35%。现今，外周T细胞淋巴瘤治疗预后的改善已受到人类对其基因组学和分子病理学了解不足的制约，这也导致该疾病目前仍缺乏分子治疗的靶点。
因此，研究者们希望能够利用外周T细胞淋巴瘤基因组学的新知识改进其诊断检测方法，并开发出新的靶向治疗手段。但现今在血液系统肿瘤的诊断和治疗方面，仍存在一定盲目性。
T细胞淋巴瘤最常见的是被称作非特指型的类型，这基本上就是一个无意义的诊断，因为未能发现其特异性的基因组学异常而无法将其归入特定的T细胞淋巴瘤亚型，也导致了不同的肿瘤学家所采用的治疗方法也不尽相同。
【研究摘要】
为了解决这一问题，该研究团队开发出了新的生物信息学工具，通过DNA基因组学二代测序分析技术检测患者染色体重排情况。该工具被用于检测外周T细胞淋巴瘤患者的16种组织样本及6种相关细胞系细胞。
在发现的5种p53相关基因异常中，有1种最为常见，即TP63突变。TP63基因重排见于5.8%（190例中有11例）的外周T细胞淋巴瘤患者中，且与患者较低的总体存活率相关。
Andrew Feldman博士的研究团队还发现了TP53突变，并认为与其他恶性肿瘤相比，该突变在外周T细胞淋巴瘤患者中较为罕见。
研究表明，明确疾病的基因组学异常，有助于了解外周T细胞淋巴瘤中p53基因相关性肿瘤抑制功能是如何被阻断的。
本研究得到了Bernard和Edith Waterman的资金支持。
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<span style="color: #000000;"><a title="" href="http://dx.doi.org/10.1182/blood-2012-03-419937" target="_blank">doi:10.1182/blood-2012-03-419937</a><span style="color: #000000;"><a title="" href="http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2011.10.017" target="_blank"> </a></span></span>
PMC:
PMID:
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<br/><strong>Genome-wide analysis reveals recurrent structural abnormalities of TP63 and other p53-related genes in peripheral T-cell lymphomas.</strong><br/>
Vasmatzis G, Johnson SH, Knudson RA, Ketterling RP, Braggio E, Fonseca R, Viswanatha DS, Law ME, Kip NS, Ozsan N, Grebe SK, Frederick LA, Eckloff BW, Thompson EA, Kadin ME, Milosevic D, Porcher JC, Asmann YW, Smith DI, Kovtun IV, Ansell SM, Dogan A, Feldman AL.
Abstract
Peripheral T-cell lymphomas (PTCLs) are aggressive malignancies of mature T lymphocytes with 5-year overall survival rates of only ~35%. Improvement in outcomes has been stymied by poor understanding of the genetics and molecular pathogenesis of PTCL, with a resulting paucity of molecular targets for therapy. We developed bioinformatic tools to identify chromosomal rearrangements using genome-wide, next-generation sequencing analysis of mate-pair DNA libraries and applied these tools to 16 PTCL patient tissue samples and 6 PTCL cell lines. Thirteen recurrent abnormalities were identified, of which five involved p53-related genes (TP53, TP63, CDKN2A, WWOX, and ANKRD11). Among these abnormalities were novel TP63 rearrangements encoding fusion proteins homologous to ΔNp63, a dominant-negative p63 isoform that inhibits the p53 pathway. TP63 rearrangements were seen in 11/190 (5.8%) of PTCLs and were associated with inferior overall survival; they also were detected in 2/164 (1.2%) diffuse large B-cell lymphomas. As TP53 mutations are rare in PTCL compared to other malignancies, our findings suggest that a constellation of alternate genetic abnormalities may contribute to disruption of p53-associated tumor suppressor function in PTCL.
<br/>来源：生物谷
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