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腾讯登录PLoS Bio:高通量DNA测序法可绘制全脑神经连线图
| 导读 | 美国神经科学家团队提出了一种全新的革命性方法，以获得小鼠的全脑神经元连接图。相关研究成果刊载于10月23日《公共科学图书馆·生物学》杂志上。
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该研究小组由冷泉港实验室安东尼·扎多教授领导，旨在提供一个完整的神经元连接图。目前获取此种高精度信息的唯一方法，是利用电子显微镜检查单个细胞间的突触。但这是一种速度慢、价格贵和劳动密集型的方法。扎多提出的方法是... |
美国神经科学家团队提出了一种全新的革命性方法，以获得小鼠的全脑神经元连接图。相关研究成果刊载于10月23日《公共科学图书馆·生物学》杂志上。
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该研究小组由冷泉港实验室安东尼·扎多教授领导，旨在提供一个完整的神经元连接图。目前获取此种高精度信息的唯一方法，是利用电子显微镜检查单个细胞间的突触。但这是一种速度慢、价格贵和劳动密集型的方法。扎多提出的方法是，利用高通DNA(脱氧核糖核酸)测序，以单个神经元的解析度来探求神经回路的连接。
之前，美国科研团队在哺乳动物的大脑映射连接上已取得一些进展。他们利用注射示踪染料或病毒的方法，以“中等”分辨率追踪脑区的神经纤维来描绘神经元连接图。其他研究小组则是基于用电子显微镜按比例放大的方法。
扎多表示，他们将以目前现有的高通量基因组测序仪可读的数据格式，来呈现神经元的连接。为此，他们开发了一种被称为“单个神经元连接条形码”(BOINC)的新工艺。
扎多团队旨在以超越“中等”的精度，即以一对独立神经元间的突触级别来追踪大脑中的神经连接。扎多表示，正在接受概念论证测试的BOINC条形码技术，可直接观察到神经回路进行的计算。实际上，目前大多数神经计算还无法在这样的精度上被理解，主要是因为无法在哺乳动物身上获得详尽的回路信息。
BOINC方法由三个步骤组成。首先，每个神经元都用特定的DNA条形码标定。仅包含20余个随机DNA“字母”的一个条形码，就可标定一万亿个神经元，这个数字已超过了小鼠大脑中存在的神经元数量。第二步着眼于由突触连接的神经元，并将其条形码与另一个联系起来。做到这一点的方法之一是利用一种病毒，如伪狂犬病病毒，它能跨越突触移动遗传物质。为了共享跨突触的条形码，病毒必须被设计成在其基因序列中携带这个条形码。病毒跨突触扩散后，每个神经元以条形码包的形式有效终结，这个条形码包中包含有自身以及来自突触耦合伙伴的代码。第三步则是将突触连接神经元的条形码连起来，形成一个单独的DNA片段，然后用现有的高通量DNA测序方法读取。这些双条形码序列经计算分析，就可显示出大脑突触接线图。
扎多表示，如果BOINC目前正在进行的概念论证测试能获得成功，其将提供一个显著廉价和快速的方法来组装神经元连接体，甚至是哺乳动物复杂的大脑。
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<img src="http://www.bioon.com/biology/UploadFiles/201210/2012102600314141.jpg" alt="" width="114" height="138" border="0" />
<a title="" href="http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1001411" target="_blank">doi:10.1371/journal.pbio.1001411</a>
PMC:
PMID:
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<br/><strong>Sequencing the Connectome</strong><br/>
Anthony M. Zador, Joshua Dubnau, Hassana K. Oyibo, Huiqing Zhan, Gang Cao, Ian D. Peikon
Connectivity determines the function of neural circuits. Historically, circuit mapping has usually been viewed as a problem of microscopy, but no current method can achieve high-throughput mapping of entire circuits with single neuron precision. Here we describe a novel approach to determining connectivity. We propose BOINC (“barcoding of individual neuronal connections”), a method for converting the problem of connectivity into a form that can be read out by high-throughput DNA sequencing. The appeal of using sequencing is that its scale—sequencing billions of nucleotides per day is now routine—is a natural match to the complexity of neural circuits. An inexpensive high-throughput technique for establishing circuit connectivity at single neuron resolution could transform neuroscience research.
<br/>来源：科技日报
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该研究小组由冷泉港实验室安东尼·扎多教授领导，旨在提供一个完整的神经元连接图。目前获取此种高精度信息的唯一方法，是利用电子显微镜检查单个细胞间的突触。但这是一种速度慢、价格贵和劳动密集型的方法。扎多提出的方法是，利用高通DNA(脱氧核糖核酸)测序，以单个神经元的解析度来探求神经回路的连接。
之前，美国科研团队在哺乳动物的大脑映射连接上已取得一些进展。他们利用注射示踪染料或病毒的方法，以“中等”分辨率追踪脑区的神经纤维来描绘神经元连接图。其他研究小组则是基于用电子显微镜按比例放大的方法。
扎多表示，他们将以目前现有的高通量基因组测序仪可读的数据格式，来呈现神经元的连接。为此，他们开发了一种被称为“单个神经元连接条形码”(BOINC)的新工艺。
扎多团队旨在以超越“中等”的精度，即以一对独立神经元间的突触级别来追踪大脑中的神经连接。扎多表示，正在接受概念论证测试的BOINC条形码技术，可直接观察到神经回路进行的计算。实际上，目前大多数神经计算还无法在这样的精度上被理解，主要是因为无法在哺乳动物身上获得详尽的回路信息。
BOINC方法由三个步骤组成。首先，每个神经元都用特定的DNA条形码标定。仅包含20余个随机DNA“字母”的一个条形码，就可标定一万亿个神经元，这个数字已超过了小鼠大脑中存在的神经元数量。第二步着眼于由突触连接的神经元，并将其条形码与另一个联系起来。做到这一点的方法之一是利用一种病毒，如伪狂犬病病毒，它能跨越突触移动遗传物质。为了共享跨突触的条形码，病毒必须被设计成在其基因序列中携带这个条形码。病毒跨突触扩散后，每个神经元以条形码包的形式有效终结，这个条形码包中包含有自身以及来自突触耦合伙伴的代码。第三步则是将突触连接神经元的条形码连起来，形成一个单独的DNA片段，然后用现有的高通量DNA测序方法读取。这些双条形码序列经计算分析，就可显示出大脑突触接线图。
扎多表示，如果BOINC目前正在进行的概念论证测试能获得成功，其将提供一个显著廉价和快速的方法来组装神经元连接体，甚至是哺乳动物复杂的大脑。
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<a title="" href="http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1001411" target="_blank">doi:10.1371/journal.pbio.1001411</a>
PMC:
PMID:
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<br/><strong>Sequencing the Connectome</strong><br/>
Anthony M. Zador, Joshua Dubnau, Hassana K. Oyibo, Huiqing Zhan, Gang Cao, Ian D. Peikon
Connectivity determines the function of neural circuits. Historically, circuit mapping has usually been viewed as a problem of microscopy, but no current method can achieve high-throughput mapping of entire circuits with single neuron precision. Here we describe a novel approach to determining connectivity. We propose BOINC (“barcoding of individual neuronal connections”), a method for converting the problem of connectivity into a form that can be read out by high-throughput DNA sequencing. The appeal of using sequencing is that its scale—sequencing billions of nucleotides per day is now routine—is a natural match to the complexity of neural circuits. An inexpensive high-throughput technique for establishing circuit connectivity at single neuron resolution could transform neuroscience research.
<br/>来源：科技日报
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