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腾讯登录Science：对癌症基因数据提出技术质疑
| 导读 | <img class="aligncenter" src="http://olpaper.xplus.com/papers/shcb/20110926/cb15b926c_1.jpg" alt="" width="450" height="311" />
据美国国立癌症研究所的一位... |
<img class="aligncenter" src="http://olpaper.xplus.com/papers/shcb/20110926/cb15b926c_1.jpg" alt="" width="450" height="311" />
据美国国立癌症研究所的一位病理学家David Levens称，在PubMed数据目录上有超过25,000篇关于Myc基因的论文，这种基因与转移性癌症有关，但是现在由于一项最新研究成果，因此都需要重新再评估，这项研究指出了Myc的致癌作用比大多数人认为的都要更广泛，而目前的实验方法具有缺陷，也许会造成Myc研究倒退十年。
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MYC有助于细胞活化，在这一过程中细胞快速成熟并分裂。例如在一种免疫应答过程中，白细胞被激活帮助对抗感染。如果激活没有得到适当地调控，那么细胞就会失控生长导致癌症。研究人员已经知道异常高水平的MYC可以导致癌症，但直到现在也没有人能够解释它是如何导致如此多不同种类的癌症的。
研究人员在实验室培养皿中追踪白细胞中的MYC，他们选择了白细胞、确切地说是对抗感染的B细胞和T细胞，因为它们经常受到异常MYC的影响，可以转变为淋巴瘤和骨髓瘤细胞。结果他们发现MYC并没有偏爱任何特定的基因类型。反而，MYC蛋白存在于已经表达或开启的几乎所有基因上，而且基因越是活跃，便有越多的MYC聚集在那里。MYC似乎扩大了相对初始表达水平的产率，小幅度增强了低活性的基因，大幅度增强了高活性的基因。
文章作者认为这项研究成果“概况了他们过去五年间所许多的各种关键概念”，研究组分析了几乎所有的基因表达研究结果，这是一项不可能完成的任务，因为这种方法已经在整个生物学研究领域获得了广泛应用，在一个公共数据库里就有超过750,000个基因表达数据。
Levens和另外一位参与研究的分子生物学家：Richard Young一年前就开始尝试更好的解释突变Myc如何促发癌症的，由于他们的努力，196年诺贝尔生理/医学奖得主James Watson敦促2011年召开了Myc会议。
就是在这个会议上，Levens“恐吓性的”提出了致癌因子Myc并不会如这许多年大家认为的，激活特异性基因，而是一种“通过细胞中所有基因表达，提高RNA转录的通用性开关”，有两项各自独立的研究证明了这一点。而最新研究则证明了这种通用性基因活化比想象的更为常见。
当然并未所有人都赞同这一观点，宾州大学Abramson癌症中心的主任，Myc研究专家Chi Van Dang认为有些相关报道被夸大了，他尤其反对Levens用“普遍”来形容Myc促进基因RNA转录，在Dang看来，至少有10%受到致癌基因影响的基因被抑制了。而来自Broad研究院的癌症研究人员Todd Golub则认为，从更广泛的议题上来说，认为“所有之前报道的基因表达研究都受到怀疑”这是错误的。
也有科学家站在Levens这一边，来自加州Buck研究所的分子生物学家Simon Melov表示，他常和其他人说“文献中80%的表达研究都不可信”，因为实验设计不合理。而Young和 Levens提到的这一具体问题——各个细胞中基因表达差异大，RNA分析需要规范化——其实是“显而易见”的，Melov说。
Cancer Gene Data Casts Doubt on Popular Research Method
Eliot Marshall
The online catalog PubMed contains more than 25,000 biology papers about Myc, a gene linked to aggressive cancers, says David Levens, a pathologist at the National Cancer Institute in Bethesda, Maryland. But most of this work now needs to be reevaluated, according to Levens and a colleague, molecular biologist Richard Young of the Whitehead Institute for Biomedical Research in Cambridge, Massachusetts. They argue that Myc's cancerous effects are much broader than most people have assumed, and that a flawed experimental method may have thrown off a decade's worth of Myc research.
文献链接：<a href="http://www.sciencemag.org/content/338/6107/593.short">http://www.sciencemag.org/content/338/6107/593.short</a>
<br/>来源：生物通
据美国国立癌症研究所的一位病理学家David Levens称，在PubMed数据目录上有超过25,000篇关于Myc基因的论文，这种基因与转移性癌症有关，但是现在由于一项最新研究成果，因此都需要重新再评估，这项研究指出了Myc的致癌作用比大多数人认为的都要更广泛，而目前的实验方法具有缺陷，也许会造成Myc研究倒退十年。
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MYC有助于细胞活化，在这一过程中细胞快速成熟并分裂。例如在一种免疫应答过程中，白细胞被激活帮助对抗感染。如果激活没有得到适当地调控，那么细胞就会失控生长导致癌症。研究人员已经知道异常高水平的MYC可以导致癌症，但直到现在也没有人能够解释它是如何导致如此多不同种类的癌症的。
研究人员在实验室培养皿中追踪白细胞中的MYC，他们选择了白细胞、确切地说是对抗感染的B细胞和T细胞，因为它们经常受到异常MYC的影响，可以转变为淋巴瘤和骨髓瘤细胞。结果他们发现MYC并没有偏爱任何特定的基因类型。反而，MYC蛋白存在于已经表达或开启的几乎所有基因上，而且基因越是活跃，便有越多的MYC聚集在那里。MYC似乎扩大了相对初始表达水平的产率，小幅度增强了低活性的基因，大幅度增强了高活性的基因。
文章作者认为这项研究成果“概况了他们过去五年间所许多的各种关键概念”，研究组分析了几乎所有的基因表达研究结果，这是一项不可能完成的任务，因为这种方法已经在整个生物学研究领域获得了广泛应用，在一个公共数据库里就有超过750,000个基因表达数据。
Levens和另外一位参与研究的分子生物学家：Richard Young一年前就开始尝试更好的解释突变Myc如何促发癌症的，由于他们的努力，196年诺贝尔生理/医学奖得主James Watson敦促2011年召开了Myc会议。
就是在这个会议上，Levens“恐吓性的”提出了致癌因子Myc并不会如这许多年大家认为的，激活特异性基因，而是一种“通过细胞中所有基因表达，提高RNA转录的通用性开关”，有两项各自独立的研究证明了这一点。而最新研究则证明了这种通用性基因活化比想象的更为常见。
当然并未所有人都赞同这一观点，宾州大学Abramson癌症中心的主任，Myc研究专家Chi Van Dang认为有些相关报道被夸大了，他尤其反对Levens用“普遍”来形容Myc促进基因RNA转录，在Dang看来，至少有10%受到致癌基因影响的基因被抑制了。而来自Broad研究院的癌症研究人员Todd Golub则认为，从更广泛的议题上来说，认为“所有之前报道的基因表达研究都受到怀疑”这是错误的。
也有科学家站在Levens这一边，来自加州Buck研究所的分子生物学家Simon Melov表示，他常和其他人说“文献中80%的表达研究都不可信”，因为实验设计不合理。而Young和 Levens提到的这一具体问题——各个细胞中基因表达差异大，RNA分析需要规范化——其实是“显而易见”的，Melov说。
Cancer Gene Data Casts Doubt on Popular Research Method
Eliot Marshall
The online catalog PubMed contains more than 25,000 biology papers about Myc, a gene linked to aggressive cancers, says David Levens, a pathologist at the National Cancer Institute in Bethesda, Maryland. But most of this work now needs to be reevaluated, according to Levens and a colleague, molecular biologist Richard Young of the Whitehead Institute for Biomedical Research in Cambridge, Massachusetts. They argue that Myc's cancerous effects are much broader than most people have assumed, and that a flawed experimental method may have thrown off a decade's worth of Myc research.
文献链接：<a href="http://www.sciencemag.org/content/338/6107/593.short">http://www.sciencemag.org/content/338/6107/593.short</a>
<br/>来源：生物通
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