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腾讯登录Science：朱健康等植物DNA去甲基化调控研究获进展
| 导读 | 6月15日，国际权威学术期刊<em>Science</em>在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心、中科院上海生命科学研究院植物生理生态所朱健康课题组的研究论文A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in Arabidopsis。该研究揭示了编码一个组蛋白的乙酰化酶IDM1在植物去甲基... |
6月15日，国际权威学术期刊<em>Science</em>在线发表了中科院上海植物逆境生物学研究中心、中科院上海生命科学研究院植物生理生态所朱健康课题组的研究论文A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in Arabidopsis。该研究揭示了编码一个组蛋白的乙酰化酶IDM1在植物去甲基化作用机制中的重要作用，是近年来表观遗传领域的一项重大突破。
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DNA甲基化修饰是一种重要的表观遗传学标志，在基因表达、细胞分化和生长发育过程中均发挥着重要的调节作用，同时也是植物逆境响应的重要机制。DNA甲基化的水平主要有甲基化和去甲基化这两个方向来协同调控，目前在植物中对甲基化途经的研究已经比较清楚，但是对DNA去甲基化的调控机制仍然不是很明确。2002年，朱健康研究组通过遗传学的方法第一个克隆了植物体内的去甲基化酶ROS1，并提出在植物中DNA去甲基化是通过ROS1家族介导的碱基切除修复机制来实现的（Gong et al.， Cell， 111： 803-814， 2002）。后续的研究证明，DNA磷酸酶ZDP能和ROS1相互作用，并影响其中一部分ROS1调控位点的甲基化水平（Martínez-Macías &Qian et al.， Molecular Cell， 45： 357-370， 2012）。但是通过对ros1功能缺失突变体的研究发现，ROS1只调控某些特殊位点的甲基化水平，而对全基因组的甲基化水平影响不大。所以，ROS1如何调控成为去甲基化领域一个很重要的问题。
该研究通过ros1突变体全基因组甲基化的分析和CHOP PCR分子标记的应用建立起一种新的突变体筛选方法，研究发现一个组蛋白的乙酰化酶IDM1对调控ROS1的去甲基化具有重要作用。IDM1是一个编码多个功能域的酶。这个蛋白能识别多个表观遗传学的标志，包括组蛋白的甲基化以及DNA的甲基化等，同时能对相应位点的组蛋白进行乙酰化，从而改变这个特定的区域的染色体的结构。ROS1本身或相互作用的蛋白就能够识别这种染色体结构的改变，接着对这个区域的DNA进行去甲基化。研究还表明，很多ROS1的靶位点基因的表达也受去甲基化途经的调控。
这一研究工作填补了植物去甲基化调控机制的一个重要空白，为进一步研究ROS1在植物生长发育及对环境响应过程中的作用奠定了基础。
文章的通讯作者是美国科学院院士朱健康教授，为世界著名的植物生物学家、植物抗逆分子生物学领军人物，在逆境、表观遗传学领域做出了卓越的贡献。2011年入选中央“千人计划”顶尖人才并回国筹建“中科院上海植物逆境生物学研究中心”。中心的成立得到了中国科学院、上海市和相关部委的大力支持，上海生科院以及植物生理生态研究所更是在实验空间，公共平台、人才引进等方面给予了全力保障，使得朱健康教授研究团队能在短时间内筹建好实验室和开展工作。
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<img src="http://www.bioon.com/biology/UploadFiles/201206/2012061511581386.jpg" alt="" width="113" height="149" border="0" />
<a title="" href="http://dx.doi.org/doi:10.1126/science.1219416" target="_blank">doi:10.1126/science.1219416</a>
PMC:
PMID:
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<br/><strong>A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in Arabidopsis</strong><br/>
Weiqiang Qian1,2,*, Daisuke Miki1,*, Heng Zhang1,2, Yunhua Liu2,3, Xi Zhang4, Kai Tang2, Yunchao Kan5, Honggui La1,2, Xiaojie Li6, Shaofang Li7, Xiaohong Zhu2, Xiaobing Shi4, Kangling Zhang8, Olga Pontes9, Xuemei Chen7, Renyi Liu7, Zhizhong Gong6, Jian-Kang Zhu1,2,†
Active DNA demethylation is an important part of epigenetic regulation in plants and animals. How active DNA demethylation is regulated and its relationship with histone modification patterns are unclear. Here, we report the discovery of IDM1, a regulator of DNA demethylation in Arabidopsis. IDM1 is required for preventing DNA hypermethylation of highly homologous multicopy genes and other repetitive sequences that are normally targeted for active DNA demethylation by Repressor of Silencing 1 and related 5-methylcytosine DNA glycosylases. IDM1 binds methylated DNA at chromatin sites lacking histone H3K4 di- or trimethylation and acetylates H3 to create a chromatin environment permissible for 5-methylcytosine DNA glycosylases to function. Our study reveals how some genes are indicated by multiple epigenetic marks for active DNA demethylation and protection from silencing.
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DNA甲基化修饰是一种重要的表观遗传学标志，在基因表达、细胞分化和生长发育过程中均发挥着重要的调节作用，同时也是植物逆境响应的重要机制。DNA甲基化的水平主要有甲基化和去甲基化这两个方向来协同调控，目前在植物中对甲基化途经的研究已经比较清楚，但是对DNA去甲基化的调控机制仍然不是很明确。2002年，朱健康研究组通过遗传学的方法第一个克隆了植物体内的去甲基化酶ROS1，并提出在植物中DNA去甲基化是通过ROS1家族介导的碱基切除修复机制来实现的（Gong et al.， Cell， 111： 803-814， 2002）。后续的研究证明，DNA磷酸酶ZDP能和ROS1相互作用，并影响其中一部分ROS1调控位点的甲基化水平（Martínez-Macías &Qian et al.， Molecular Cell， 45： 357-370， 2012）。但是通过对ros1功能缺失突变体的研究发现，ROS1只调控某些特殊位点的甲基化水平，而对全基因组的甲基化水平影响不大。所以，ROS1如何调控成为去甲基化领域一个很重要的问题。
该研究通过ros1突变体全基因组甲基化的分析和CHOP PCR分子标记的应用建立起一种新的突变体筛选方法，研究发现一个组蛋白的乙酰化酶IDM1对调控ROS1的去甲基化具有重要作用。IDM1是一个编码多个功能域的酶。这个蛋白能识别多个表观遗传学的标志，包括组蛋白的甲基化以及DNA的甲基化等，同时能对相应位点的组蛋白进行乙酰化，从而改变这个特定的区域的染色体的结构。ROS1本身或相互作用的蛋白就能够识别这种染色体结构的改变，接着对这个区域的DNA进行去甲基化。研究还表明，很多ROS1的靶位点基因的表达也受去甲基化途经的调控。
这一研究工作填补了植物去甲基化调控机制的一个重要空白，为进一步研究ROS1在植物生长发育及对环境响应过程中的作用奠定了基础。
文章的通讯作者是美国科学院院士朱健康教授，为世界著名的植物生物学家、植物抗逆分子生物学领军人物，在逆境、表观遗传学领域做出了卓越的贡献。2011年入选中央“千人计划”顶尖人才并回国筹建“中科院上海植物逆境生物学研究中心”。中心的成立得到了中国科学院、上海市和相关部委的大力支持，上海生科院以及植物生理生态研究所更是在实验空间，公共平台、人才引进等方面给予了全力保障，使得朱健康教授研究团队能在短时间内筹建好实验室和开展工作。
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<a title="" href="http://dx.doi.org/doi:10.1126/science.1219416" target="_blank">doi:10.1126/science.1219416</a>
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<br/><strong>A Histone Acetyltransferase Regulates Active DNA Demethylation in Arabidopsis</strong><br/>
Weiqiang Qian1,2,*, Daisuke Miki1,*, Heng Zhang1,2, Yunhua Liu2,3, Xi Zhang4, Kai Tang2, Yunchao Kan5, Honggui La1,2, Xiaojie Li6, Shaofang Li7, Xiaohong Zhu2, Xiaobing Shi4, Kangling Zhang8, Olga Pontes9, Xuemei Chen7, Renyi Liu7, Zhizhong Gong6, Jian-Kang Zhu1,2,†
Active DNA demethylation is an important part of epigenetic regulation in plants and animals. How active DNA demethylation is regulated and its relationship with histone modification patterns are unclear. Here, we report the discovery of IDM1, a regulator of DNA demethylation in Arabidopsis. IDM1 is required for preventing DNA hypermethylation of highly homologous multicopy genes and other repetitive sequences that are normally targeted for active DNA demethylation by Repressor of Silencing 1 and related 5-methylcytosine DNA glycosylases. IDM1 binds methylated DNA at chromatin sites lacking histone H3K4 di- or trimethylation and acetylates H3 to create a chromatin environment permissible for 5-methylcytosine DNA glycosylases to function. Our study reveals how some genes are indicated by multiple epigenetic marks for active DNA demethylation and protection from silencing.
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