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腾讯登录罗氏GS Junior测序帮助确认新型冠状病毒出现
| 导读 | 今年世界卫生组织确认了一个由新型冠状病毒引起的急性呼吸系统感染事件。第一个病人在中东地区发病后回到英国后被确诊，第二起病人在沙特阿拉伯确诊。世界卫生组织因此对全球发出警报，要求监控是否还有其他由这一新型冠状病毒引起的其他病例。
科学家对从病例中分离出了的冠状病毒株，利用GS Junior对其进行全基因组测序，并完成病毒基因组的拼接，通过进一步的基因进化分析，确认了这次感染的是一个新型的冠状病... |
今年世界卫生组织确认了一个由新型冠状病毒引起的急性呼吸系统感染事件。第一个病人在中东地区发病后回到英国后被确诊，第二起病人在沙特阿拉伯确诊。世界卫生组织因此对全球发出警报，要求监控是否还有其他由这一新型冠状病毒引起的其他病例。
科学家对从病例中分离出了的冠状病毒株，利用GS Junior对其进行全基因组测序，并完成病毒基因组的拼接，通过进一步的基因进化分析，确认了这次感染的是一个新型的冠状病毒（HCoV-EMC），可独立为一个新的beta冠状病毒种系。该病毒与蝙蝠冠状病毒更为接近，而与在2002年造成全球非典型性肺炎（SARS）爆发的冠状病毒（SARS-CoV）差异较大。<!--more-->
冠状病毒是一种RNA病毒，其基因组大小在26-32Kb之间，相对其他的RNA病毒来说其基因组较大。能够感染人类的冠状病毒很少，在2002年SARS爆发之前，仅有两种（HCoV-229E，HCoV-OC43），主要造成上呼吸道以及消化道的感染。而引起SARS爆发的冠状病毒能够导致上下呼吸道、消化道的同时感染，在SARS事件后又发现了两个新的冠状病毒（HCoV-NL63，HCoV-HKU1）。而这次发现的，可以说是第5种能够感染人类的冠状病毒。
科学家从在约旦因呼吸道窘迫症（ARDS）及多组织衰竭（MODS）死亡的60岁男性病人血液中分离出病毒，但实验发现其与已知冠状病毒、腺病毒、肠道病毒均不相同。于是，决定对该病毒进行de novo基因组测序以获取这一未知病毒的基因组信息。利用GS Junior进行的鸟枪法测序，获得了9万多条序列，覆盖90%的病毒基因组序列，覆盖深度达到1000x以上。进一步的分析发现其氨基酸序列与已知冠状病毒的相似度<80%，由此确认为一新的C系beta冠状病毒（betacoronavirus lineage C ），其中病毒复制酶基因进化分析显示该病毒与蝙蝠冠状病毒最为相似。
从此次事件中可以看到GS Junior可以快速用于新型病毒研究，获得基因组序列。454测序长度长的特点帮助了更高完整度的基因组拼接，从而可以进行氨基酸序列的比较，这对于确认一个新型病毒极为重要。GS Junior的快速测序、简单生物信息分析需求适合于此类急性传染性、爆发性事件的快速分子生物学检测。
1. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. Zaki AM, van Boheemen S, Bestebroer TM, Osterhaus AD, Fouchier RA. N Engl J Med. 2012 Nov 8;367(19):1814-20. doi: 10.1056/NEJMoa1211721. Epub 2012 Oct 17.生物通 www.ebiotrade.com
2. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. van Boheemen S, de Graaf M, Lauber C, Bestebroer TM, Raj VS, Zaki AM, Osterhaus AD, Haagmans BL, Gorbalenya AE, Snijder EJ, Fouchier RA. MBio. 2012 Nov 20;3(6). pii: e00473-12. doi: 10.1128/mBio.00473-12.
<br/>来源：生物通
科学家对从病例中分离出了的冠状病毒株，利用GS Junior对其进行全基因组测序，并完成病毒基因组的拼接，通过进一步的基因进化分析，确认了这次感染的是一个新型的冠状病毒（HCoV-EMC），可独立为一个新的beta冠状病毒种系。该病毒与蝙蝠冠状病毒更为接近，而与在2002年造成全球非典型性肺炎（SARS）爆发的冠状病毒（SARS-CoV）差异较大。<!--more-->
冠状病毒是一种RNA病毒，其基因组大小在26-32Kb之间，相对其他的RNA病毒来说其基因组较大。能够感染人类的冠状病毒很少，在2002年SARS爆发之前，仅有两种（HCoV-229E，HCoV-OC43），主要造成上呼吸道以及消化道的感染。而引起SARS爆发的冠状病毒能够导致上下呼吸道、消化道的同时感染，在SARS事件后又发现了两个新的冠状病毒（HCoV-NL63，HCoV-HKU1）。而这次发现的，可以说是第5种能够感染人类的冠状病毒。
科学家从在约旦因呼吸道窘迫症（ARDS）及多组织衰竭（MODS）死亡的60岁男性病人血液中分离出病毒，但实验发现其与已知冠状病毒、腺病毒、肠道病毒均不相同。于是，决定对该病毒进行de novo基因组测序以获取这一未知病毒的基因组信息。利用GS Junior进行的鸟枪法测序，获得了9万多条序列，覆盖90%的病毒基因组序列，覆盖深度达到1000x以上。进一步的分析发现其氨基酸序列与已知冠状病毒的相似度<80%，由此确认为一新的C系beta冠状病毒（betacoronavirus lineage C ），其中病毒复制酶基因进化分析显示该病毒与蝙蝠冠状病毒最为相似。
从此次事件中可以看到GS Junior可以快速用于新型病毒研究，获得基因组序列。454测序长度长的特点帮助了更高完整度的基因组拼接，从而可以进行氨基酸序列的比较，这对于确认一个新型病毒极为重要。GS Junior的快速测序、简单生物信息分析需求适合于此类急性传染性、爆发性事件的快速分子生物学检测。
1. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. Zaki AM, van Boheemen S, Bestebroer TM, Osterhaus AD, Fouchier RA. N Engl J Med. 2012 Nov 8;367(19):1814-20. doi: 10.1056/NEJMoa1211721. Epub 2012 Oct 17.生物通 www.ebiotrade.com
2. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. van Boheemen S, de Graaf M, Lauber C, Bestebroer TM, Raj VS, Zaki AM, Osterhaus AD, Haagmans BL, Gorbalenya AE, Snijder EJ, Fouchier RA. MBio. 2012 Nov 20;3(6). pii: e00473-12. doi: 10.1128/mBio.00473-12.
<br/>来源：生物通
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