医疗新革命：基因组学在临床研究的进展

在近日举行的2013年生物IT世界亚洲会议上，科学家和临床医生讨论他们如何在临床基因组学领域更好地协作，以促使基因组学信息应用于临床研究。

Kinghorn癌症中心Garvan医学研究机构Marcel Dinger称，基因组学将能“彻底改变我们对自身遗传代码的认识”。

基因组学研究从基础做起

就职于新加坡基因组研究所和基因组科学&政策研究所（杜克-新加坡医学院）的Patrick Tan教授的起始演讲内容是，描述他如何利用外显子测序对亚洲特有的多种癌症内部的分子机制进行研究。

这些研究让Tan教授识别出肿瘤发生相关的新基因和新途径。Tan教授指出，细胞黏附途径和染色质修饰途径容易导致胃癌发生，这有助于识别药物研发的效用靶点，并为患者提供更多的治疗方案。

外显子组测序数据表明，现有药物的治疗范围可被拓展。Tan教授研究发现，一种风湿关节炎的药物可用于治疗外周T细胞淋巴瘤和NK / T细胞淋巴瘤；已用在胰腺导管腺癌患者的治疗方案对胆管癌患者也有效。

基因组学走向临床

临床基因组学可用于诊断遗传性疾病（尤其是罕见的遗传疾病）。Jimmy Lin创建了非营利的罕见基因组研究所（RGI）去帮助那些患有罕见遗传疾病的儿童，Lin称，3亿多患者遭受7000多种罕见遗传疾病的困扰，而仅有不到5%的患者接受治疗。为了让更多患者寻求适当治疗，RGI研究所在合作者国际联盟（international network of collaborators）的帮助下利用外显子测序去帮助识别患者的疾病类型。

肿瘤基因组学是基因组学的另一个重要应用，能够对肿瘤进行基于病例机制的分类，从而有利于设计治疗方案。创建临床基因组测序中心的Dinger称，临床医生治疗肿瘤的手段是分子分型而非组织分型。

全岛普及基因组测序

来自法罗群岛卫生部的Bogi Eliasen描述了将基因组学应用于个体化最佳医疗的意愿，以强调疾病预防、疾病治疗、价格低廉和测序普及，从而推动基因组学更进一步发展。

Eliasen主管的FarGen项目致力于对法罗群岛全部民众（5万人）进行全基因组测序并应用于医疗中，这一关系紧密的社会群体因规模小、隔离性强以及透明度高而具有可供挖掘丰富遗传数据的优势。

法罗群岛花费8年时间搭建道德体系，包括对个人权利保护的生物库法，而泄漏个人遗传遗传的FarGen项目如今却获得政府和公众强有力的支持，此外，公共卫生、行政和教育三大体系联合多个国际学术机构一起推动FarGen项目的开展。

仍处于试验阶段的FarGen项目需要进行优化以获得工作流程原型，今年该项目的测序目标是1000个基因组。

基因组学仍处于解读阶段

Marcel Dinger认为在临床基因组学领域一个最大的挑战是做决定，尤其当可用信息是新的或者是不完整时。做决定要依据的环节很多，从参与者选择、研究设计到数据分析以及报告模型选择。此外，不同的研究小组因具有不同的目标而增加了过程标准化的难度；临床试验准则虽处于严格监管之下却随着技术进步不断发展。

大多数发言者指出，成本仍是一个主要问题。虽然测序成本下降显著，但是基于海量数据库的计算机分析、人工分析以及数据存储是耗时的而且是昂贵的。

为了重新评估以及改进治疗方案，记录病人临床的基因型-表型数据是必要的，不过，这些医疗记录在语言方面应该是规范的，否则会增加对治疗方案分析的难度。

对于Lin关于“基因组学处于解读阶段”的见解，所有的发言者都赞同。为了促进基因组学发展， Dinger认为需要包括其它学术团体在内的国际合作和参与，以招募更多的研究队伍，从而实现将基因组学应用于临床医疗这一终极目标——这一精确的、个体化的医疗体系主要使命是医疗优化而非病情危急管理。



来源：生物探索