5月份以来生物信息学最新进展简报

生物信息学领域最新进展包括临床测序试验协议、ALS数据的贡献、NGS开发程序和新的高性能存储方案等。

Maverix Biomics 已任命Paul J. Pickering为首席运营官，之前他就职于Life Technologies公司数字PCR业务部。Pickering将主管基于客户认知度的所有商业活动，包括NGS云计算分析平台和高通量基因组数据的售后服务。致力于直接服务那些没有编程背景和生物信息学技能的科研人员，Maverix分析平台利用了开源算法以及基于期刊论文的预先设定的应用。

Metabiomics公司和中国临床测试实验室Kindstar Global进行合作（Kindstar通过测序微生物DNA标记进行了对结肠息肉瘤和大肠癌的无创检测），这两家公司已签署了许可和分销协议以开发结肠息肉瘤和大肠癌的全球首个微生物检测法，上述协议在新兴的中国医疗市场发起了关于临床验证和快速商业化的全球性战略，其利用Metabiomics公司正在申请专利的下一代测序技术平台和微生物生物标记，以及Kindstar公司的临床试验技能、市场营销和分销渠道。通过在北京、上海和武汉设立3个中心实验室，Kindstar目前在中国的服务对象包括3300多家医院。

Prize4Life 和 Knopp Biosciences已达成协议让Knopp为Prize4Life PRO-ACT数据库提供关于肌萎缩性硬化症（ALS）的一个最大的临床试验数据库，根据该协议，Knopp为PRO-ACT数据库提供的临床数据来自处于第三阶段的dexpramipexole治疗ALS患者的468安慰剂对照组， 此外，dexpramipexole对于ALS患者的治疗数据也是Knopp计划提供的。

DNAnexus已发起一个新的研发项目，让生物信息学家和软件工程师可接触到技术和支持资源，以在DNAnexus平台上创建和整合数据分析应用。该平台允许科学家组装和分析由下一代测序系统（利用基于网络的安全环境）产生的基因组数据。而研究小组，不论规模多大，都能分享项目中的分析流程和数据集合；有DNAnexus和第三方开发者创建的应用程序可提供附加工具以方便定制化的、拓展性的基因组数据分析。

数据分析公司CollabRx将目光集中在分子诊断测试的临床注解上，近来签署了2份合作协议去推动临床测序：和GeneInsight公司的合作致力于提供独特的医疗信息解决方案以注解和报告在测序中发现的遗传变异，最初集中在肿瘤学领域之后推广到临床试验领域；和芝加哥医疗中心签署的胸腔肿瘤科计划将为医生提供整合遗传数据的分析结果，以观察可为肿瘤治疗方案提供参考的独特遗传图谱。

伊利诺伊大学Juan R. Perilla是HIV病毒衣壳仿真项目的主要研究人员之一，将于7月11日举办一个围绕模型技术的网络研讨会，致力于用Kepler GPU揭示HIV病毒衣壳蛋白结构。

新产品

Xyratex已推出价格适宜的、高性能存储的ClusterStor 1500产品，其为HPC和大数据提供最新的数据存储方案。ClusterStor 1500具有的独特结构能汇集之前分离的服务器、网络和存储平台，利用不同的软件层将它们整合成一个集成化的、可扩展的存储模块。该系统还具有的特点是，硬件复杂性的降低换来了可靠性、可用性和可维护性的提高，而运行性能由1.25GB扩展到110GB / s。

加州大学圣地亚哥分校的计算生物学家和计算机科学家推出了系统生物学方面的、可视化的第3版Cytoscape软件，其允许科研人员观察分子互作网络和生物途径，以及利用注解方法整合基因表达谱和其它数据。新Cytoscape软件具有的新特点包括边缘弯曲、结合可视化、网络注释、高级搜索、分组节点和相关教程。

Ceiba Solutions已推出一系列信息技术创新解决方案，其涉及的3个领域是 IT基础设施管理、多对象应用服务&支持以及信息分析。研发机构利用这套解决方案可简化操作，从而让科学家花费更多的时间在研究和其它核心活动上。

PerkinElmer推出了最新的Lead Discovery 5.1软件，其允许科学家和科研人员通过化学结构筛选试验数据集合，从而在医学组合化学工程中锁定有前景的化学结构。用户如今可挖掘化学数据库以发现更多的、具有相似化学结构的化合物，从而扩大了基于已知特性的潜在化合物分子。PerkinElmer还公布了将与Blaze Bioscience合作致力于提供针对外科肿瘤学的实时的近红外荧光成像应用，最终目标是将这一颠覆性的解决方案应用于临床。



来源：生物探索