癌症相关的变异基因数据集问世

据《Cancer Research》报道：国际癌症研究所的科学家们产生了一组癌症相关的变异基因数据集，并将这些数据提供给研究使用。

这将帮助研究者们更好的理解药物应道及抗癌治疗。

Yves Pommier表示：“目前为止，这是全球最大的数据库，包含了60亿个连接药物和基因变异的数据，变异基因数据主要来自于9个器官组织的细胞系，包括胸腺，卵巢，前列腺，结肠，肺，肾，脑，血和皮肤。我们将把这些数据提供给更多的研究者使用和分析。”

Pommier表示：“这个广泛的数据库可以扩展我们对肿瘤发生的理解。”这是一个大好的时机，因为基因组医学正在变成现实，我希望这些有用的信息为我们提供有用的药物信息。”

Pommier和他的同事们对NCI-60人类癌细胞系面板进行了全基因组测序，这个面板集中了60种人类的癌细胞系，生成了一个全面的癌症相关的特异基因的列表。初步研究表明，这些数据具有很大的潜能增强对相关变异基因与药物应答之间的关系的理解，也加速了药物的发展过程。

NCI-60人类癌细胞系面板被广泛用于癌症的研究来发现新的抗癌药物。Pommier和他的NCI团队从60个不同的细胞系中提取了DNA进行了全基因组测序，这些细胞系包括肺，结肠，脑，肾，卵巢，胸腺，前列腺以及白血病细胞和黑色素瘤细胞。这些变异基因主要有两种形式：I型变异：普通人群中发现的变异基因。II型变异：肿瘤的特异性基因。

研究者们然后利用“超级学习算法”来预测具有II型变异基因的细胞对103种FDA批准的抗癌药物的敏感性及207种正在研究的新药的敏感性。他们研究癌症相关的基因与抗癌药物的关系，并预测结果。

这些数据的形成意味着发现新的基因应答及发生药物耐受的机制，并提供了更大的机会发生缺陷基因及克服耐药性。为了实现这些，研究者们提供了这些数据为更广泛的研究。（转化医学网360zhyx.com）

原文链接：

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The Exomes of the NCI-60 Panel: A Genomic Resource for Cancer Biology and Systems Pharmacology

The NCI-60 cell lines are the most frequently studied human tumor cell lines in cancer research. This panel has generated the most extensive cancer pharmacology database worldwide. In addition, these cell lines have been intensely investigated, providing a unique platform for hypothesis-driven research focused on enhancing our understanding of tumor biology. Here, we report a comprehensive analysis of coding variants in the NCI-60 panel of cell lines identified by whole exome sequencing, providing a list of possible cancer specific variants for the community. Furthermore, we identify pharmacogenomic correlations between specific variants in genes such as TP53, BRAF, ERBBs, and ATAD5 and anticancer agents such as nutlin, vemurafenib, erlotinib, and bleomycin showing one of many ways the data could be used to validate and generate novel hypotheses for further investigation. As new cancer genes are identified through large-scale sequencing studies, the data presented here for the NCI-60 will be an invaluable resource for identifying cell lines with mutations in such genes for hypothesis-driven research. To enhance the utility of the data for the greater research community, the genomic variants are freely available in different formats and from multiple sources including the CellMiner and Ingenuity websites

来源： 测序中国