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Nature新闻:是谁阻碍了基因组测序的临床应用

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导读
测序整个人类基因组能为人们揭示与疾病有关的突变,这样的信息很可能挽救患者的生命。不过这一技术也存在着一些缺陷,本周发表的一项研究发现,目前的测序技术并不总能捕捉到完整的基因组。这篇文章向人们展示,为患者全面解读他们的基因组数据还面临着不小的挑战。 “还有许多问题必须得到解决,这样才能保证从测序数据中获得最大的医疗价值,”未参与这项研究的医生W...

测序整个人类基因组能为人们揭示与疾病有关的突变,这样的信息很可能挽救患者的生命。不过这一技术也存在着一些缺陷,本周发表的一项研究发现,目前的测序技术并不总能捕捉到完整的基因组。这篇文章向人们展示,为患者全面解读他们的基因组数据还面临着不小的挑战。

“还有许多问题必须得到解决,这样才能保证从测序数据中获得最大的医疗价值,”未参与这项研究的医生William Feero说。


近年来,随着测序成本的大幅降低,对于普通人来说全基因组测序也不再遥不可及。日前,斯坦福大学的研究人员对志愿者们进行了全基因组测序,以此判断这一技术是否能够鉴定健康人的患病风险。这项研究于三月十一日发表在美国医学会杂志JAMA(Journal of the American Medical Association)上。


心脏病专家Euan Ashley和Thomas Quertermous领导的研究团队,对十二名未诊断出遗传疾病的人进行了全基因组测序,以寻找可能致病的遗传突变。结果他们在每个人的基因组内都检出了2-6个这样的突变。其中一位女性发现自己携带有BRCA1基因上的突变,由于这种突变与卵巢癌和乳腺癌发病风险高有关,结果她选择将自己的卵巢切除。

不过研究人员也发现,在已知与疾病相关的基因中有10–19%并未得到充分测序。而这种情况可能会使医生们遗漏这些基因中的有害突变。另外,对于疾病相关基因中的增加或缺失突变,不同公司给出的结果有三分之二不一致。这项研究使用的是Illumina公司和Complete Genomics公司的基因组测序服务。


解读上述测序结果的临床意义并不容易。举例来说,出现到某一突变是否意味着患者应改接受进一步的检查呢?该研究团队中的临床医生们常会给出不一样的意见。
“人们普遍认为基因组测序能够为医学界带来重要转变,对此我们也非常兴奋,”Ashley说。“不过这一技术的临床应用仍需谨慎,在对待测序结果时我们应当认真区分哪些信息是可靠的,哪些信息还需要进一步的分析。”


令人高兴的是,研究人员发现全基因组测序比预期的成本还低。据Ashley估计,测序一个人的基因组并解读数据,大约花费了一万一千美元。而且后续测试的成本也低于一千美元/人。


尽管目前全基因组测序还没有推广到绝大多数人群,不过斯坦福大学刚刚在自己的附属医院里启动了一个测序试点项目。首批能用上这一技术的患者,将是那些出于某种原因需要进行遗传检测的人。因为这类检测的成本现在已经与全基因组测序的花费差不多了。“如果价格相差不远,毫无疑问后者是更好的选择,”Ashley说。



来源:生物通


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