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腾讯登录全基因组测序来了，外显子测序还能活多久？
| 导读 |
随着药明康德公司和诺禾致源两家公司采购Illumina HiSeq X Ten测序仪，在2014年第3季度，国内的“人全基因组测序+分析”（WGS,whole genome sequencing）的价格就会降到2万元人民币左右。
目前的“人外显子组测序+分析”(WES, whole exome sequencing)的市场价格约在1.5万元... |
随着药明康德公司和诺禾致源两家公司采购Illumina HiSeq X Ten测序仪，在2014年第3季度，国内的“人全基因组测序+分析”（WGS,whole genome sequencing）的价格就会降到2万元人民币左右。
目前的“人外显子组测序+分析”(WES, whole exome sequencing)的市场价格约在1.5万元到1.8万元之间。也就是说全基因组与外显子在价格上已相差很少。
就有许多朋友问我：那么外显子组测序还有存在的意义吗？
我们先来比较一下两种测序方法：
数据量：
全基因组，90G；覆盖深度，30X
深度不够深，但对于先天性突变（germline mutation,也就是胎里带来的基因突变），可以足够好地分析
外显子组，5~10G；覆盖深度，50~100X
深度更深，在对肿瘤等somatic mutation的检测中，对低频突变(low allele frequency)的有更好的灵敏度
全基因组，90G；覆盖深度，30X
深度不够深，但对于先天性突变（germline mutation,也就是胎里带来的基因突变），可以足够好地分析
外显子组，5~10G；覆盖深度，50~100X
深度更深，在对肿瘤等somatic mutation的检测中，对低频突变(low allele frequency)的有更好的灵敏度
测序所用时间：
全基因组，7个工作日，其中：1~2天建库，3天测序（基于HiSeq X Ten），1~2天数据分析
外显子组，20个工作日，其中：1~2天建库，3天捕获，12天测序（基于HiSeq 2000 PE100模式），1~2天数据分析
外显子组，20个工作日，其中：1~2天建库，3天捕获，12天测序（基于HiSeq 2000 PE100模式），1~2天数据分析
有效数据的覆盖均一性：
全基因组，99.8%以上的区域会有15倍上以的上覆盖深度，而且覆盖高度均一
外显子组，因为杂交捕获过程造成覆盖不均一，平均100X的测序深度，可能会有10%的区域的覆盖深度不足15X
外显子组，因为杂交捕获过程造成覆盖不均一，平均100X的测序深度，可能会有10%的区域的覆盖深度不足15X
可以检测到的突变内容：
全基因组
点突变，SNP、单碱基突变
小片段插入、缺失，indel
大片段的拷贝数变异（增加或减少），CNV（copy number variation）
外显子
点突变，SNP、单碱基突变
小片段插入、缺失，indel
不容易准确地测到CNV，因为外显子的覆盖深度变化太大，导致对原拷贝数的变异不敏感
点突变，SNP、单碱基突变
小片段插入、缺失，indel
大片段的拷贝数变异（增加或减少），CNV（copy number variation）
外显子
点突变，SNP、单碱基突变
小片段插入、缺失，indel
不容易准确地测到CNV，因为外显子的覆盖深度变化太大，导致对原拷贝数的变异不敏感
实验操作的复杂度：
全基因组，实验操作方便，只有抽DNA、建库、测序，一共三步
外显子组，比全基因组多了一个杂交捕获的过程，导致操作的复杂度高许多
外显子组，比全基因组多了一个杂交捕获的过程，导致操作的复杂度高许多
结论：
全基因组测序：更快、更均一、操作更方便，但同样成本条件下深度不够。
2014年下半年，全基因组测序会大范围地替代外显子组测序
2014年下半年，全基因组测序会大范围地替代外显子组测序
外显子组测序：只有测序深度一项上还略有优势。
在未来1~2年时间内，会在肿瘤的科研、诊断中占有一小片地盘
随着全基因组测序成本的不断下降，可能在3年后，完全退出测序市场
在未来1~2年时间内，会在肿瘤的科研、诊断中占有一小片地盘
随着全基因组测序成本的不断下降，可能在3年后，完全退出测序市场
作者：陈巍
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