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腾讯登录盘点：基因组测序的最新成果
| 导读 |
近日，the scientist杂志发表文章盘点了最近发布的几项基因组测序成果，一起来看看吧。
种属：火炬松（Pinus taeda）
基因组：22.18 billion bp
火炬松基因组项目的研究者们公布了迄今为止最大的基因组，达到2.18 billion bp的火炬松基因组。三月二十日研究人员分别在Genome Biolo... |
近日，the scientist杂志发表文章盘点了最近发布的几项基因组测序成果，一起来看看吧。
种属：火炬松（Pinus taeda）
基因组：22.18 billion bp
火炬松基因组项目的研究者们公布了迄今为止最大的基因组，达到2.18 billion bp的火炬松基因组。三月二十日研究人员分别在Genome Biology和Genetics杂志上发表了两篇文章，解析了火炬松的巨大基因组，并介绍了他们解码这一基因组所用的方法。之前最大基因组的记录保持者是挪威云杉（Picea abies），其基因组只有19.6 billion bp。（详见：Nature公布云杉超大基因组草图）
加州大学的Charles Langley及其同事，对单个雌配子体样本（松子的单倍体组织）进行了全基因组鸟枪测序。为了组装这个巨大的基因组，研究团队先将末端配对的序列读取进行分组，形成更长的“超级读取”，然后再进行组装。
研究显示，与许多植物一样，火炬松基因组的很大部分由重复元件组成，这也使测序和组装工作更为艰难。“这一基因组是真正的挑战，我们好不容易才得到了有质量的结果，”文章的共同作者，加州大学的David Neale说。最后，研究团队在火炬松基因组中鉴定了与抗病性、应激反应和木材形成有关的基因。
种属：黑琴鸡（Tetrao tetrix）
基因组：近1.2 billion bp
瑞典Uppsala大学的研究人员采用参考基因组引导的组装策略，于三月六日在BMC Genomics杂志上发布了黑琴鸡（Tetrao tetrix）的基因组草图。此前有观点认为，X染色体（即禽类的Z染色体）比常染色体进化得更快，而且主要组织相容性复合体MHC中的基因比其他基因组区域的基因更不稳定。研究人员对黑琴鸡、鸡、火鸡的基因组进行了比较，找到了支持上述观点的新证据。
研究团队在上述三个基因组中发现，约有一百万单核苷酸多态性SNP和106个基因组区域表现出高度差异。“我们的测序研究，在参考基因组的帮助下生成了非模式物种的基因组草图，”作者在文章写道。
种属：紫背浮萍（Spirodela polyrhiza）
基因组：158 million bpRutgers大学科学家领导的研究团队，于二月十九日在Nature Communications杂志上发布了紫背浮萍（Spirodela polyrhiza）的基因组和转录组。研究显示，紫背浮萍的基因组只有约158 million bp，是目前测序的基因组最小的单子叶植物。
“紫背浮萍是泽泻目的一种基本单子叶植物，是研究单子叶植物谱系的宝贵基因组资源，”作者在文章中写道。研究人员还强调，理解紫背浮萍的基因组可以帮助人们处理污水、生产生物燃料和作为药物使用的重组蛋白。
“这项基因组测序工作，拓展了水生植物的分子生物学研究”文章的共同作者Joachim Messing说。因为紫背浮萍是一种基础的单子叶植物，“它将为所有开花植物提供新的参照。”
种属：栽培种辣椒Zunla-1（Capsicum annuum L.）；野生辣椒Chiltepin (C. annuum var. glabriusculum)
基因组：3.35 billion bp; 3.48 billion bp
今年一月份，有研究团队发布了辣椒品种Criolo de Morelos 334的基因组。三月份，中国科学家又在美国国家科学院院刊PNAS杂志上发表文章，公布了对栽培种辣椒Zunla-1和野生辣椒Chiltepin的基因组分析。研究人员通过比较栽培种辣椒和野生辣椒的基因组，鉴定了人工选择的分子足迹，找到了一系列候选驯化基因。
研究人员指出，这项研究不仅为辣椒基因组和茄科基因组的进化研究提供了关键信息，还有助于人们开展更有效的辣椒育种项目。
来源：生物通
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