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【美国】文特尔研究所获$25M用于感染源基因组检测

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导读
美国克雷格·文特尔研究所(J.CraigVenter Institute,JCVI)今天报道说:JCVI已经获得美国国家过敏症与传染病研究所(NationalInstitute of Allergy and Infectious Diseases,NIAID)的一个项目资助,该项目周期为5年资助经费25,000,000美元,所获经费将用于建设一个病原...

美国克雷格·文特尔研究所(J.CraigVenter Institute,JCVI)今天报道说:JCVI已经获得美国国家过敏症与传染病研究所(NationalInstitute of Allergy and Infectious Diseases,NIAID)的一个项目资助,该项目周期为5年资助经费25,000,000美元,所获经费将用于建设一个病原体基因组中心。
病原体基因组中心(GenomeCenter for Infectious Diseases,GCID)将采用DNA测序和生物信息分析方法对病原体的性质、毒理、耐药性、免疫逃避、宿主-菌群作用关系等方面展开研究。研究所得到的数据结果按照病原体的类型即病毒、细菌、寄生虫,进行分类建档,这样能更好地为其他科研机构服务。
病原体基因组中心将在这三个方面重点进行研究:病原体的耐药性、耐药菌株的侵染过程、菌群进化与疾病的关联。通过这些研究希望能发现病原体侵染过程以及感染后所造成的危害程度,同时了解病原体是如何应对人体免疫系统和肠道菌群。GCID的科学家还要了解病原体的毒害程度和感染后引发的基因组变化,此外还要研究人体对于常见感染疾病疟疾和流感的免疫反应。
JCVI得创始人Venter在一份声明中说:“JCVI在成立之初,就把对全世界造成重大生命财产损失的病原物作为研究对象,重点研究它们的基因组和疾病关联。
项目重点实施内容有:核心技术参数的摸索,数据的管理和分析方法,项目管理办法,三个具体的研究计划包括细菌的免疫应答、人体对于不同基因型的寄生虫产生的免疫反应、通过病毒基因组来认识疾病。
研究工作按照各自所长分为:测序、原始数据分析、比对与功能分析,其中测序方法包括全基因组测序、目标序列测序、转录组测序、宏基因组测序、转录宏基因组测序。将引进六个技术平台完成测序工作,包括illumina的MiSeq 和 HiSeq高通量测序, IonTorrent半导体测序, ABI 3730x一代测序, 罗氏454 , 和太平洋生物的RSH系统。
除JCVI外,还有来自全球50个合作机构共同协助完成本项目。在这次NIAID的项目资助之前,JCVI作为微生物测序中心和感染病基因检测中心就已经开展过相关研究。

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