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长read测序将颠覆测序界,或只是昙花一现?

首页 » 产业 » 行业 2014-10-12 测序中国 赞(2)
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导读
随着Illumina Hiseq X Ten的问世,千元基因组的构想已经实现,但是我们又得到了什么呢,二代测序技术又将何去何从?本文将带领你去发现长read测序的崛起。

  随着Illumina Hiseq X Ten的问世,千元基因组的构想已经实现,但是我们又得到了什么呢,二代测序技术又将何去何从?本文将带领你去发现长read测序的崛起。

  在去年一次和 Pacific Biosciences的CEO  Mike的访谈中我第一次听到了“长read测序”的说法,我问他:“你怎么和有明显优势的 Illumina去竞争?”,他说:“短序列测序有明显的不足。”

  毫无疑问,Illumina已经成为一个经典的成功案例,他们把测序价格降到1碱基只需要0.15美金,稳稳坐在测序老大的位置上,而且稳占诊断行业。这在测序业界已是公认的事实。

  但是 PacBio的长序列测序却鲜为人知。 PacBio有一个艰难的开始,他们在通量上不敌 Illumina以致于失去了测序市场。事实上,PacBio不仅通量不够,而且错误率比较高。

  然而,近几年我们却发现越来越多的科学家倾向于使用PacBio,他们不仅用它来进行无参考基因组的测序和组装,而且用于预测未知序列。近年来已经有越来越多的相关文章发表,从转录组到精确的人类基因组。

  牛津大学的便携式纳米孔测序仪minION,以其长read测序给minION的试用者们带来震撼。在山景城的 Genia技术公司也在干同样的事情, Genia的 CEO表示他们的新技术能使每个run的读长达到百万碱基。

  测序长度的增加将对科学研究有带来哪些革命性的改变?

  带着这个问题我们访问了来自斯坦福大学的 Mike Snyder教授。

  他已经使用PacBio测序技术研究转录组,并且发表了一些列文章。他的文章中指出使用 PacBio的长read测序,得到的序列完整覆盖一个RNA分子,从而弥补一些使用普通测序技术无法发现的区域。

  一个目前大家关心的问题:PacBio的高错误率怎么办?
  事实证明,即使 PacBio的错误率相对较高,但是测序错误是随机的,通过高深度测序便可以提高准确性。

  随后我们访问了 PacBio的前CSO Eric Schadt,他最近正致力于把测序技术引用到临床诊断中。在他看来:“长read测序在完善基因组方面非常有帮助。我们忽略了很多基因组的结构特征,而这些特征和单碱基突变一样对人类疾病很重要,但是使用目前的短序列测序很难发现一些结构性的变化”

  为了更好的帮助理解转录组和染色体的结构,我们使用长read测序进行了HLA的测序。 Dan Geraghty已经对HLA研究了很多年,他认为长read测序将会改变测序市场的游戏规则。

  目前长read测序主要是被 PacBio公司统治。但是所有的科学家们都很乐意看到有新的长read测序技术的出现。目前还有牛津大学的纳米测序, Genia以及一些其他的公司。

  那么,长read测序对二代测序的未来意味着什么,真的能够带来新的科学发现,还是只是昙花一现?(转化医学网360zhyx.com)

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