Nature子刊：揭开癌症生物标志物的“潘多拉宝盒”

  近日，来自密歇根大学综合癌症中心的研究人员刊登在国际杂志Nature Genetics上的一篇研究论文揭示了他们发现的成千上万个新型潜在的癌症生物标记物；文章中，研究者分析了此前未被研究过的长链非编码RNAs（lncRNAs）的基因组信息，这一巨大的成分曾经被认为是基因组中的暗物质，很少被研究过。如今最新研究显示lncRNAs或许在癌症发生过程中扮演着重要的角色，而更好地理解lncRNAs的作用对于开发改善癌症诊断、预防和治疗的策略非常关键。

  医学博士Arul M. Chinnaiyan指出，我们都知道编码蛋白的基因，但其在基因组中仅占到了1%至2%，而关于非编码基因组的生物学机制目前科学家知之甚少，而且研究人员也并不清楚在人类疾病如癌症中非编码基因组所起到的功能。

  本研究中，研究者对25个独立数据库中的7256个RNA序列样本进行了研究，研究数据来自公共资源，比如癌症基因组图谱计划；研究者利用高通量RNA测序技术在正常组织和一系列常见的癌症组织中鉴别出了超过5.8万个lncRNAs基因；研究者Chinnaiyan说道，我们利用所有的数据解析了癌症组织及其不同组织中的基因组蓝图，这就为研究者揭开了包含各种lncRNAs的潘多拉宝盒以便寻找潜在的生物标志物。

  与此同时，研究人员发现了一种名为SChLAP1的lncRNA或许是恶性前列腺癌的潜在生物标志物，SChLAP在转移性前列腺癌中的表达水平要明显高于疾病早期，而且SChLAP最初仅在前列腺癌细胞中被发现，这或许就可以帮助研究人员开发一种非侵入性的检测技术来帮助检测SChLAP1，而这样一种新型检测技术或许可以用于帮助医生开发出治疗早期前列腺癌的靶向性疗法。

  有些长链的非编码RNAs在癌症中更趋向于具有特殊性，而蛋白编码基因却并非如此，这就使得lncRNAs可以作为一种潜在的靶点来帮助开发生物标志物，后期研究人员希望针对lncRNAs进行更多的研究来揭开装满lncRNAs的宝盒，为寻找潜在的癌症生物标志物及开发新型靶点疗法提供希望，相关研究由美国国家癌症研究所等机构提供资助。（转化医学网360zhyx.com）

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The landscape of long noncoding RNAs in the human transcriptome
Nature Genetics doi:10.1038/ng.3192
Matthew K Iyer, Yashar S Niknafs, Rohit Malik, Udit Singhal, Anirban Sahu, Yasuyuki Hosono, Terrence R Barrette, John R Prensner, Joseph R Evans, Shuang Zhao, Anton Poliakov, Xuhong Cao, Saravana M Dhanasekaran, Yi-Mi Wu, Dan R Robinson, David G Beer, Felix Y Feng, Hariharan K Iyer & Arul M Chinnaiyan
Long noncoding RNAs (lncRNAs) are emerging as important regulators of tissue physiology and disease processes including cancer. To delineate genome-wide lncRNA expression, we curated 7,256 RNA sequencing (RNA-seq) libraries from tumors, normal tissues and cell lines comprising over 43 Tb of sequence from 25 independent studies. We applied ab initio assembly methodology to this data set, yielding a consensus human transcriptome of 91,013 expressed genes. Over 68% (58,648) of genes were classified as lncRNAs, of which 79% were previously unannotated. About 1% (597) of the lncRNAs harbored ultraconserved elements, and 7% (3,900) overlapped disease-associated SNPs. To prioritize lineage-specific, disease-associated lncRNA expression, we employed non-parametric differential expression testing and nominated 7,942 lineage- or cancer-associated lncRNA genes. The lncRNA landscape characterized here may shed light on normal biology and cancer pathogenesis and may be valuable for future biomarker development.