Bioinformatics：新型的在线生物信息学工具可以有效对多种基因组进行分析

  近日，一项发表于国际杂志Bioinformatics上的研究论文中，来自英国的研究者开发了一种新型的生物信息学流水线，其可以针对多个基因组物种进行自动化的引物设计，从而明显缩短了出具报告的时间。
  进行基因组学研究的关键一方面就是在育种上进行合适的个体选择，因为这有可能关乎物种的DNA以及其物理特性或表型，同时也可以帮助鉴别优秀特质的DNA区域，比如高产或对疾病耐受等。文章中，研究者开发的这种名为PolyMarker的流水线可以促进多倍体基因组特殊引物的设计，一旦被鉴别出来，这些引物就可以被用于确定是否单一物种存在同给定特定相关的遗传突变。
  作为一种开放性的工具，研究者和谷物培育者就可以将他们的数据上传至PolyMarker中，随后在线工具就会给予反馈，来设计好引物用于鉴别不同作物样本的遗传突变，相比常规方法而言，新方法可以明显缩短出具结果的时间。
  研究者Ricardo Ramirez-Gonzalez说道，目前PolyMarker已经在很多领域阐明了其所具有的应用价值，当然PolyMarker也可以应用于研究项目中，来帮助鉴别出对小麦病原体—条形柄锈菌有耐受性的遗传改变，这样就可以帮助研究者们提前做出防范来降低小麦等作物的病死率。
  最后研究者指出，PolyMarker的开发是一种多学科研究所带来好处的一个典型例子，利用一种新的软件工具我们就可以应用先进的算法来进行基因组尺度的研究。（转化医学网360zhyx.com）
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PolyMarker: A fast polyploid primer design pipeline
Bioinformatics    doi: 10.1093/bioinformatics/btv069
Ricardo H. Ramirez-Gonzalez1,*, Cristobal Uauy2,3 and Mario Caccamo1
Summary: The design of genetic markers is of particular relevance in crop breeding programs. Despite many economically important crops being polyploid organisms, the current primer design tools are tailored for diploid species. Bread wheat, for instance, is a hexaploid comprising of three related genomes and the performance of genetic markers is diminished if the primers are not genome specific. PolyMarker is a pipeline that generates SNP markers by selecting candidate primers for a specified genome using local alignments and standard primer design tools to test the viability of the primers. A command line tool and a web interface are available to the community.
Availability and implementation: PolyMarker is available as a ruby BioGem: bio-polyploid-tools. Web interface: http://polymarker.tgac.ac.uk.
Contact: Ricardo.Ramirez-Gonzalez{at}tgac.ac.uk
Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.