Stem Cell Rep：KeyGenes平台或可帮助确定人类胚胎干细胞的分化命运

  如今对基因活性的快照对于确定器官或组织的类型非常必要，而器官和组织则是一群胎儿干细胞最终将会发育成的形式；近日，来自荷兰的科学家们通过利用一种名为KeyGenes的平台来研究胎儿干细胞中的基因表达，最终就可以鉴别出干细胞所具有的潜能，相关研究或为后期检测由未分化的干细胞组成的干细胞移植物的质量和功能提供了一定的帮助和希望，该研究刊登于国际杂志Stem Cell Reports上。
  文章中，研究者Susana Chuva de Sousa Lopes表示，目前干细胞生物学研究中最困难的一件事情就是确定利用一种特殊的分化方法最终会将细胞转化成为什么形式？我们认为KeyGenes可以帮助我们开发新型的分化步骤来帮助我们确定细胞最终形成的形式。CellNet是一种可以描述干细胞命运的平台，其由波士顿的研究者开发，相比于KeyGenes平台而言，CellNet可以通过比较微阵列的数据，即分析基因表达的情况来推断用于分化人类成体组织的步骤的质量和效果，而KeyGenes平台是基于基因的表达及来自人类胚胎和成体组织的合成性数据来确定分化细胞的“身份指数”。
  通过收集人类胚胎发育期间基因表达的数据，KeyGenes平台就可以允许人类干细胞的衍生物被鉴定，同时给予一个正确的“年龄”等价物；在临床研究中，研究者认为KeyGenes平台对于确定人类胚胎发育出错的位置非常关键，这就可以帮助确定哪些组织存在过量或哪些组织未在合适位置，而类似于KeyGenes的平台同样也可以促进病人机体的干细胞进行准确分化，用于移植或药物检测的目的。
  实验室研究中KeyGenes可以深入剖析决定细胞命运的基因你，而所鉴定的基因总是许多转录因子的混合物，其中有些转录因子还和细胞的吸附和形态直接相关，另外被KeyGenes所鉴定的还有一些长链非编码的RNAs。目前KeyGenes平台可以对许多细胞类型和器官进行检测，研究者的目的是利用这种平台进行遗传数据的分析研究，同时利用该平台来理解是否来自原始器官的表观遗传记忆会持续存在，以及是否其会影响细胞分化成为特定类型细胞的能力。（转化医学网360zhyx.com）
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KeyGenes, a Tool to Probe Tissue Differentiation Using a Human Fetal Transcriptional Atlas
Stem Cell Reports    doi:10.1016/j.stemcr.2015.05.002
Matthias S. Roost, Liesbeth van Iperen, Yavuz Ariyurek, Henk P. Buermans, Wibowo Arindrarto, Harsha D. Devalla, Robert Passier, Christine L. Mummery, Françoise Carlotti, Eelco J.P. de Koning, Erik W. van Zwet, Jelle J. Goeman, Susana M. Chuva de Sousa Lopescorrespondenceemail
Differentiated derivatives of human pluripotent stem cells in culture are generally phenotypically immature compared to their adult counterparts. Their identity is often difficult to determine with certainty because little is known about their human fetal equivalents in vivo. Cellular identity and signaling pathways directing differentiation are usually determined by extrapolating information from either human adult tissue or model organisms, assuming conservation with humans. To resolve this, we generated a collection of human fetal transcriptional profiles at different developmental stages. Moreover, we developed an algorithm, KeyGenes, which uses this dataset to quantify the extent to which next-generation sequencing or microarray data resemble specific cell or tissue types in the human fetus. Using KeyGenes combined with the human fetal atlas, we identified multiple cell and tissue samples unambiguously on a limited set of features. We thus provide a flexible and expandable platform to monitor and evaluate the efficiency of differentiation in vitro.