NAR：新型分析模型或加速人类疾病的预测

  近日，来自新加坡A*STAR研究所的研究人员通过研究开发了一种新型的分析模型和计算机工具，其可以帮助预测任何基因组或人工核苷酸序列中R环成形序列的发生和位置(RLFSs)，R环是一种由三股RNA和DNA的混合结构，其对于机体的正常生物学过程非常重要，而且和诱发突变、DNA破碎及疾病发生也直接相关；这些混合结构或可作为一种新型的靶点来帮助开发诊断和治疗多种疾病的疗法，比如治疗癌症、自身免疫疾病以及神经变性疾病等，相关研究发表于国际杂志Nucleic Acids Research上。
  1976年科学家首次描述了R环结构，而且很多年来研究者们认为R环仅和一系列特殊基因直接相关，然而近些年来研究者们才开始通过深入研究来解密R环的功能和其在基因组中的流行度。
  文章中，研究者开发了一种寻找R环成形序列的定量模型，利用这种模型，研究者发现75%已经被标注的基因都含有R环成形序列，同时这种模型也可以预测任何基因组序列中R环成形序列的位置，准确率在80%至90%之间；较高的准确率可以明显加速R环的检测率，同时也可以帮助有效降低花费，相比当前的实验方法要更为快速有效。
  目前仅有一种实验方法来用于进行R环的全基因组位置分析，其可以在基因组水平上被应用于单细胞系中，这种方法和当前的基因组水平上的实验性方法在检测R环上都需要花费较长时间，而且成本较高。而这种寻找R环成形序列的定量模型则可以有效加速基因组中R成环的寻找检测，从而对于开发新型的靶向疗法将带来巨大帮助。
  研究者Vladimir Kuznetsov说道，我们开发的这种预测工具正如我们所预见的一样，其可以用于R环的快速寻找，同时也可以帮助我们理解R环形成机制以及其相应的功能，对于更好地预测及治疗多种疾病将非常重要。目前这种新型模型已经被全球超过20个国家的使用者访问了超过1200次，相信该模型在后期可以帮助更多的科学家们进行相关的研究。（转化医学网360zhyx.com）
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QmRLFS-finder: a model, web server and stand-alone tool for prediction and analysis of R-loop forming sequences
Nucl. Acids Res    doi: 10.1093/nar/gkv344
Piroon Jenjaroenpun†, Thidathip Wongsurawat†, Surya Pavan Yenamandra and Vladimir A. Kuznetsov*
The possible formation of three-stranded RNA and DNA hybrid structures (R-loops) in thousands of functionally important guanine-rich genic and inter-genic regions could suggest their involvement in transcriptional regulation and even development of diseases. Here, we introduce the first freely available R-loop prediction program called Quantitative Model of R-loop Forming Sequence (RLFS) finder (QmRLFS-finder), which predicts RLFSs in nucleic acid sequences based on experimentally supported structural models of RLFSs. QmRLFS-finder operates via a web server or a stand-alone command line tool. This tool identifies and visualizes RLFS coordinates from any natural or artificial DNA or RNA input sequences and creates standards-compliant output files for further annotation and analysis. QmRLFS-finder demonstrates highly accurate predictions of the detected RLFSs, proposing new perspective to further discoveries in R-loop biology, biotechnology and molecular therapy. QmRLFS-finder is freely available at http://rloop.bii.a-star.edu.sg/?pg=qmrlfs-finder.