NIH资助研究癌症基因组云系统
导读 | 美国国立卫生研究院近日宣布了一项资助计划,该项目将利用国家癌症研究所的癌症基因组云技术,并帮助该机构进一步评估和完善其数据管理。 |
传统上,基因组数据分析需要将数据下载储存在多个地方,然后协调这些数据,之后才能在本硬件上进行计算。然而,涉及下一代测序技术的大规模项目的生物医学数据,已经使这种模式显得十分笨拙。
为了解决这个问题,2014年NCI启动了一项构建基因组数据储存库的项目,该项目由于扩大了癌症研究的群体,使研究变得更加便捷与广泛。作为努力的一部分,NCI主动联络了Broad研究所,该研究所主要研究系统生物学和Seven Bridges基因组,其开发了一套基础设施,并将其作为访问,搜索和分析分子数据的工具。虽然他们是通过一个商业云提供商实现的这一切,但是根据NCI的说法,这些癌症基因组云技术在系统设计上,数据呈现和资源分析上,还是具有一定的差异。
NIH表示,该研究计划于2016年发布这个系统,其在当前的资助项目中,可能包括一到多个系统,其正在寻求各方面的建议,以评估NCI针对基因组数据基础设施的使用和指导。
在他们的研究中,成功的方案必须包括至少一个,或者更多个云系统。根据NIH的说法,建议可能包括,但不限于安装新的分析工具,其可以在一个或者多个云系统中对大基因组数据或者构建新的研究进行测试;本地可以将本地生成的基因组数据上传到一或者多个云系统,其可以和癌症基因图谱(TCGA)中的数据进行混合分析;并且可以在使用任意一个云系统或者私人工具执行TCGA数据的运行和分析。
NIH补充道,需要显著的修改云系统以适应他们自己的研究目标的项目,是不会被接受的。此外,受控访问TCGA的数据也是不可以的。
NIH表示,其希望接受应用程序的研究人员,缴纳4万美元的花费,但是它补充说,这些费用并没有超过其本身运营产生的实际费用。并且该申请必须在10月18日之前提交。(转化医学网360zhyx.com)
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