科学家开发出新型技术平台用于数据分析 或加速科学研究

  发表在国际杂志Genome Biology上的一篇研究论文中，来自辛辛那提儿童医学研究中心的科学家们通过研究开发了一种人性化的一体化平台，该平台可以帮助分析转录组及表观遗传组的“大数据”；研究者表示这种名为BioWardrobe的新型平台可以帮助生物医学研究者回答基本生物学和疾病的相关基本问题。
  基于新一代测序技术的方法可以帮助分析基因表达、染色质结构及蛋白-DNA的相互作用，其也为分子生物学研究打开了新的视角，这些方法就包括RNA测序(RNA-Seq)、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）、DNase I 测序 (DNase-Seq)、微球菌的核酸酶测序(MNase-Seq)、转座酶可访问的染色质测序实验（ATAC-Seq）等。
  来自测序的大量数据需要进行计算机数据分析，然而生物信息学及编程专家所需要的分析通常并不会在标准的生物医学实验室；研究者Artem Barski说道，尽管生物学家们开展了大量实验并且获得了大量数据，但他们往往会缺乏编程专家来开展相应的计算机数据分析；BioWardrobe平台的目的就在于帮助科学家连接研究数据和知识应用之间的缺口。
  Andrey Kartashov希望开发的BioWardrobe平台可以帮助对新生成和公开的可用数据进行分析并且有效利用。目前大量的数据已经存储于公共数据库，比如基因表达数据库或小片段序列集；但目前这部分数据对大部分科学家并没有公开，研究者希望这种新型平台可以帮助生物学家在不学习编程技术的情况下来对大量数据进行分析。（转化医学网360zhyx.com）
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BioWardrobe: an integrated platform for analysis of epigenomics and transcriptomics data
Genome Biology       doi:10.1186/s13059-015-0720-3
Andrey V. Kartashov1 and Artem Barski12*
High-throughput sequencing has revolutionized biology by enhancing our ability to perform genome-wide studies. However, due to lack of bioinformatics expertise, modern technologies are still beyond the capabilities of many laboratories. Herein, we present the BioWardrobe platform, which allows users to store, visualize and analyze epigenomics and transcriptomics data using a biologist-friendly web interface, without the need for programming expertise. Predefined pipelines allow users to download data, visualize results on a genome browser, calculate RPKMs (reads per kilobase per million) and identify peaks. Advanced capabilities include differential gene expression and binding analysis, and creation of average tag -density profiles and heatmaps. BioWardrobe can be found at http://biowardrobe.com.