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腾讯登录梅奥团队转向NGS方法来了解HPV在癌症中的作用
| 导读 | 人类乳头瘤病毒（HPV）是已知的在宫颈癌发展中发挥作用的病毒，但是该病毒被发现在越来越多的其他类型的癌症发展过程中也具有作用，包括头部和颈部以及整个肛门-生殖器癌症。 |
虽然HPV已经被发现与如此多的癌症相关，但是其在进展，撰于，和预测方面的作用在很大程度上还是未知的。此外，该病毒在各种类型癌症中是否以同样的方式作用也是未知的。
来自梅奥诊所的研究人员已经开始使用叫做mate-pair测序或者MP-seq的下一代测序方法，这种方法可以低成本的阐明HPV在这些癌症中的作用，并为病人管理带来更好地预测和决策，医学实验和病理学教授David Smith，也是最近一篇在《journal Viruses》上综述的共同作者这样表示。“如果你研究一个癌症，并且检测病毒是否整合，你就可以开始区分这种癌症是否会出现转移，”从而决定该如何治疗病人。
理解HPV在癌症病因学中对一定范围范围癌症的作用是有所帮助的，但是Smith表示，他的团队特别关注口咽癌。因为疫苗的原因，宫颈癌的发病率一直在下降，因为越来越少的人抽烟，大多数头部和颈部癌症的比率也在下降，但是其中的一部分-口咽癌的发病率正在上升。此外，在梅奥口咽癌患者的HPV阳性率已经从过去几十年不足20%，增加到了80%。
病毒整合“可能非常重要”，Smith说，在先进的NGS技术的帮助下，现在有可能更详细的看待这些事件。
Smith的团队正在使用MP-seq，而梅奥另一个由George Vasmatzis领导的团队正在使用一个低通量测序策略，其也是梅奥的生物标记物发现项目的共同领导人之一。Vasmatzis的团队正在研发能够最终用于临床的MP-seq技术。
从本质上讲，MP-seq涉及大约5kb长的DNA片段的分化，并在结合处添加生物素标记。循环的DNA片段化，并且在低覆盖率的条件下进行测序，生物素标记的末端能够用于提供完整的5kb片段的信息。
该策略并不是针对核苷酸水平的，而是提供全基因组的信息。Vasmatzis的团队正在关注使用MP-seq来鉴定重组，这个是基于DNA片段足够长，能够横跨断裂点，但是Smith表示，其也可以用到识别病毒整合位点上。
通过MP-seq技术进行一次基因组测序的花费大约是500美元。
去年，Smith团队使用MP-seq对20口咽癌患者进行了检查，发现其中13个是HPV16阳性。最初的研究表明，HPV相比较于宫颈癌，在口咽癌中可能扮演着不同的角色。例如，在宫颈癌中，HPV通常整合到病人的基因组中。然而，在13个HPV16阳性的口咽癌患者中，Smith团队发现，病毒仅仅在两个患者中整合到了基因组中，同时还有一个患者是HPV16阴性，而具有了HPV26的整合。
除了鉴定了HPV的整合位点，MP-seq还鉴定了染色体内外易位以及拷贝数变化的情况。Smith表示，该团队现在正在研究病毒整合和易位之间是否具有联系，并且这些是如何影响病人的结果的。
Smith表示，当前，大多数关于HPV和癌症的研究都是基于宫颈癌的。但是更好的技术正在改变研究人员对HPV在宫颈癌和其他可能在其他的癌症中扮演的不同角色的理解。例如，先前研究人员认为HPV基因组的整合是发生在随机位置的；然而，在宫颈癌中已经发现了基因组热点。此外，HPV的整合位点对于癌症的发展可能也是十分重要的。
例如，当对Hela细胞进行全基因组测序的时候，HPV的整合是发现在已知的致癌基因c-myc附近的，并且其造成了该基因表达的增加，这可能在一定程度上揭示了为什么Henrietta Lacks的癌症转移性如此之强。
知道病毒是否，在哪里以及多久整合，可以确定癌症的转移性如何，Smith表示。“初步研究表明，插入和重组越多，病人复发的情况越严重，”他说。
在未来，Smith表示，MP-seq对于可能可以代替全息阵列。“它的分辨率是超高的，”并且能够指出，关于基因组变化的重要信息。如果我们能够进行充分的研究，我们将开始获得真正的，关于基因组改变如何纠正癌症的病因和病人的进展的标记物。
虽然信息是相同的，但是通过全基因测序可以获得更多的鉴定结果，MP-seq具有花费少，解释简单，产生较少的数据等优势。在梅奥，患者检测的数据必须储存20年。MP-seq产生更少的数据可以使储存的成本大大减少。
“这是一个简单的描述基因组的方法，”Smith说。“你不需要知道碱基对的结果，但你做的能够知道你的基因组发生了什么，包括可以操作的有些什么，这样的信息，这会使你的临床决策变得更加具有价值。”（转化医学网360zhyx.com）
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