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腾讯登录研究特异位点甲基化的ddPCR有助于预测头颈部癌症的复发情况
| 导读 | 肿瘤学家研究发现，通过手术位点边缘来检测表观遗传指标能够预测癌症的复发情况。但是使用活检进行的深度分析能够改变这些位点，并导致问题回到原来的起点。在人体内，只需要有几个流氓癌症细胞就可以导致复发，而这也可能是组学活检不能预测复发的原因。 |
约翰霍普金斯大学医学院的研究人员最近研发了一种使用Bio-Rad的Droplet Digital PCR平台的方法，这个平台适合分子方法，因为其只需要在外科手术进行范围内的一个小样本就可以完成检测。
具体地说，该研究最近发表在了《Cancer Prevention Research》上，科学家们检测了PAX5基因甲基化的表观遗传标记，这个基因之前就已经确定其对癌症有特异性，并且发现，其可以用于在头颈部鳞状细胞癌，或HNSCC移除之后用于原位肿瘤复发的预测。在具有82名志愿者参加的预实验中，如果肿瘤具有甲基化的PAX5基因，外科手术后残留的甲基化细胞的存在，能够预测局部区域的非复发生存期。而那些在手术后没有接受放射治疗的患者中，ddPCR的方法将PAX5标记物的检测率从29%增加到了71%。
相比较于传统的甲基化分析，ddPCR的方法还可以减少假阴性的数量。重要的是，研究的作何指出，在这项研究中，该方法可以由一个人在三小时内完成。因此，其可以在传统手术重建阶段之前完成，这就可以使外科医生检测手术部位边缘是否还有甲基化的细胞。
作者总结道，未来个性化的肿瘤学工作也会在术前使用甲基化检测或者甲基化测序来确定患者的甲基化水平，并设计可以用于在手术中进行边缘甲基化细胞检测的引物和探针。
Bio-Rad的发言人补充道，越来越多的研究人员正在使用该公司的数字化PCR平台进行甲基化研究。
“从最近的出版物判断，使用ddPCR的方法检测甲基化的成功率正在逐步增加，”Bio-Rad的数字生物中心的科学事务部的主任George Karlin-Neumann这样表示。
她引用了最近一项叫做“癌化”的检测的研究，即在肿瘤周围的粘膜细胞的存在，可能会携带有与癌症相关的恶性潜能的遗传或者表观遗传改变。
那项研究，7月份发表在了《Epigenetics》上，其主要关注结直肠癌，该研究表明，MethyLight ddPCR相比较使用同一技术的传统PCR，能够建筑降低极限检测比。这项研究的作者表示，ddPCR能够帮助在成千上万表观遗传变化的细胞中检测到1到2个与癌变相关的变化。
相较于传统qPCR，灵敏度的增加“可以更好的转化成甲基化标记物在临床上的敏感性和特异性，这会使我们更加接近其临床使用，”Karlin-Neumann表示。
他进一步指出另一个发表在《Diabetes》上的研究，这项研究对血液中游离的非细胞DNA的甲基化和非甲基化进行了绝对测量，这可以为1型糖尿病提供更好的治疗建议。
这个结果“表明ddPCR可以用于绝对数量的检测，而不仅仅是相对数量。”
位于北卡罗来纳州的生物制药公司Islet Sciences也在使用非细胞的DNA甲基化的状态来跟踪胰腺Beta细胞的死亡情况。这个公司从耶鲁大学的一个实验室获得了基于ddPCR的表观遗传检测的授权，其代表表示，从去年起，Islet公司就在努力实现其检测的商业化。
Bio-Rad数字技术中心的全球市场主任Viresh Patel告诉我们，该公司目前并没有专门的市场化的甲基化应用程序，但是Bio-Rad坚持与客户一起为实验设计，样本兼容性和数据分析工作。
“对于ddPCR，这是一个新兴的应用，我们希望研究人员持续发表他们的研究突破，这样我们也能够获得动力，”Patel这样表示。（转化医学网360zhyx.com）
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