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腾讯登录Foundation Mdcicine研究根据基因组标记物对食道癌进行分类
| 导读 | 来自Foundation Mdcicine的研究人员使用该公司的靶向下一代检测实验，从超过300名食道癌患者的样品中获得的组学信息，并鉴定了基因组改变的模式，这些改变能够将这种疾病区分为两个亚型。 |
此外，研究小组还发现，超过90%的样品存在着潜在的药物变异。
相关工作近日发表在了《Oncologist》上，研究人员在这篇文章中写到，“该研究表明了针对食道癌治疗的新的分子途径。”食道癌每年在全球会导致超过40万人死亡，而其中的两个亚型占据了其中的绝大多数：食管腺癌和食管鳞状细胞癌。两种亚型通常都接受放疗或者手术治疗，“绝大多数的晚期患者，会在治疗开始的头两年就死于该疾病，”作者写道。
对于食管腺癌，抗ERBB2靶向疗法是通过患者的ERBB2基因进行扩大的。相比之下，食管鳞状细胞癌患者没有对应的靶向药物，同时这种亚型的患者一般不会检测ERBB2的状态。
在研究中，研究人员评估了从患有食管鳞状细胞癌的71名患者和具有食管腺癌的231名患者的肿瘤样品，这些样品是使用 FoundationOne 进行检测的，这种检测可以测序315个基因的编码区和癌症中进场出现重排的28个基因的内含子。所有的患者皆出于癌症3期或者4期。
研究人员发现，71名ESCC患者中的61人（94%）和231名EAC患者中的215人（93%）至少有一处可操作的突变。Foundation Medicine定义的临床可操作突变是指能够被批准药物作为靶标的突变，即使这个靶标是针对不同的癌症类型或者还是处在可改变的临床实验阶段。平均而言，ESCC肿瘤平均具有2.6个临床可操作突变，而EA肿瘤则平均有2.7个。
有趣的是，不同亚型具有不同的突变模式。ESCC肿瘤更有可能包含PIK3CA，PTEN和NOTCH突变-其发现率分别为24%，11%和17%，而在EA中则分别只有10%，4%和4%。
EAC肿瘤中更可能含有KRAS和ERBB2突变-其在EAC肿瘤中都占23%，相比较而言，在ESCC肿瘤中分别只占6%和3%。此外，HPV-16和-18在ESCC中的检出率都是3%，而在EAC中则没有发现。
不同的基因改变频率“反映了ESCC和EAC之间远距离生物信号通路的激活”，作者写道。对于ESCC群体，PIK3/AKT/MTOR信号通路，表观遗传调节，纤维母细胞生长信号，Keap/NRF2和Notch信号通路通常是相关的。而在EAC群体中，改变的信号通路包括ERBB，转化生长因子信号，RAS/MEK/MAPK。细胞周期通路基因在这两种类型癌症中都发生了同样的改变。
研究人员还发现了每个亚型肿瘤的一系列药物靶点。在ESCC群体中，治疗相关的靶点包括PTEN，其在样品中的改变率是11%；EGFR，其在样品中的改变率是8%；和FGFR，其在样品中的改变率是7%。这些基因都有相对应的已经批准的疗法，但是还没有针对食道癌的相关药物获得批准。
EGFR突变在EAC患者中也占有显著的部分，比例高达14%，这表明他们对于EGFR抑制剂可能是敏感的。对于EAC患者，靶向ERBB2的疗法已经建立了，事实上，23%的患者都出现了该基因的变化。在EAC患者中其他发现的靶点包括FGFR2，其改变率为5%，PIK3CA，其改变率为10%，和MET，其改变率为4%。而具有MET扩大效应的患者对于crizotinib是有反应应答的，并且其能够持续两个月，这表明需要进一步研究靶向具有MET扩大效应的患者对靶向疗法的作用。
“在我们一系列的临床相关的基因组改变的频率变化，凸显了增加直接相关分子临床试验的需要，这可以确认我们在案例中观察到的改善的情况，”作者写道。（转化医学网360zhyx.com）
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