浙大80后教授发表单细胞RNA测序研究

  基因表达变异是小鼠胚胎干细胞（ESC）的一个重要特征，但人们还不清楚这背后的具体原因。
  浙江大学和哈佛大学的研究人员对小鼠胚胎干细胞进行了单细胞mRNA-seq分析。他们发现，这些细胞表现出的异质性是血清培养造成的。这项研究发表在一月二十一日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学80后教授郭国骥、哈佛大学的Stuart H. Orkin和Guo-Cheng Yuan。
  研究显示，血清培养的小鼠ESC存在显著的异质性。研究人员在其中鉴定了高度变异的基因簇，以及独特的染色质状态。研究指出，双价基因（bivalent gene）更容易出现表达变异。
  此外，研究人员还鉴定了让ESC退出原始态的ESC-priming通路。小鼠ESC可分为原始态 (Na?ve)和始发态(primed)两种状态，始发态多能性是原始态多能性之后的发育阶段，已经为分化做好了准备。在特定条件下这两种状态可以相互转变。
  进一步研究表明，无血清培养可以减少小鼠ESC的异质性和转录组变异。这说明，大部分的细胞内网络变异是由细胞外培养环境造成的。
  除了培养条件，有时候实验员的性别也会影响到实验结果。2014年04月Nature Methods杂志发表的一项研究提出，男性实验员的出现会使小鼠和大鼠感到压力山大，而这样的反应会对研究结果产生显著的影响。鼠类是医学研究中广泛使用的动物模型，但人们往往没有注意到这样的问题。
  自二十世纪九十年代中期以来，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。在这一技术最辉煌的时期，准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。不过随着测序成本的直线下降，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。2015年6月，The Scientist杂志与多位专家共同探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，最终实现华丽转身。
  RNA测序究竟有多可靠呢？由美国FDA牵头的测序质量控制（SEQC）项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估。其初步调查结果发表在2014年09月的Nature Biotechnology杂志上。研究人员用RNA参照样本在全球多个实验室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平台上进行检测，主要评估RNA测序在接头区域和差异性表达谱中的表现，并将其与芯片和定量PCR（qPCR）进行比较。