陈荣:医疗与科研数据化的浪尖之人
导读 | 如果说大数据将要裹挟着互联网席卷整个理疗健康产业,那么陈荣陈荣一定是一位站在这浪潮顶点的科学家。 |
如果说大数据将要裹挟着互联网席卷整个理疗健康产业,那么陈荣陈荣一定是一位站在这浪潮顶点的科学家。
职业生涯初见端倪
1997年,离开中科院上海有机所的陈荣来到美国波士顿大学攻读生物信息学博士学位。或许正是从这时开始,陈荣的科学慢慢的变得再也离不开数字。
2003年,在软件公司BIOVIA担任蛋白工程科学家的陈荣通过Discovery Studio(DS)蛋白建模完成了高通量基因结构预测和功能分析软件GeneAtlas的开发。
在随后的2004年,陈荣供职于美国制药巨头安根尼克斯期间完成了抗体高质量原子结构建立技术的开发。该技术基于测序,用于肿瘤治疗性抗体的研发。在陈荣离职安根尼克斯之后的2006年,这家公司被安进以22亿美元的高价收购。
在随后几年里,陈荣分别供职诊断公司Quest以及斯坦福大学等产业与学术机构,担任生物信息学软件开发督导与生物信息科学家。从事遗传学、基因组学、流行病学等综合学科数据库的建立并完成了多种临床及科研诊断技术的开发。
在美连续创业,推动医疗研究数据转型
2010年,陈荣的代表作“Developed diagnostic assays on Cancer of Unknown Primary Origin, Thyroid Carcinoma, Prostate Carcinoma, and Liver Fibrosis。”正式发表于顶尖医学杂志柳叶刀。也正是基于这篇文章以及相关的研究,陈荣与测序行业领袖人物John West在硅谷创立了测序诊断公司Personalis并组建基因诊断专业技术团队并对健康人群以及罕见病患者做出深入研究。现在,诊断公司Personalis就坐落在Facebook旁边。
后来,陈荣同时担任了诊断公司Tute Genomics和Bina Technologies科学顾问,后者在2014年底被罗氏制药收购。
2013年6月,陈荣加入纽约西奈山医院伊坎医学院担任遗传学与基因组学助教一职。同时,陈荣在该医学院组建并领导了一支由10位生物信息学科学家与软件工程师组成的临床基因组信息学团队,投入与个性化癌症疗法的研究。在陈荣的领导下,该团队完成了癌症样本测序、分析以及注释技术流程的开发。为多种癌症的个性化治疗、临床试验以及疫苗开发建立了临床报告创立方案。“我的工作主要包括做临床基因诊断的产品,收集基因组大数据等。我们有近400万名患者的临床电子病历,其中2万名患者还包括了他们的基因组信息,所以我们就结合临床电子病历,对这些基因大数据进行信息挖掘和精准医疗研究以及用于下一步的新药研发。”陈荣博士告诉记者。
2014年3月,在纽约西奈山医院任职的陈荣和他的同事们发起并筹建了互联网移动医疗公司LifeMap Solution,通过移动互联网传播生命科学前沿技术及知识,帮助医疗服务供应商为病人提供更好的服务。
颠覆性研究引殊荣
今年4月11日,著名科学杂志Nature的子刊Nature Biotechnology发表了一片文章,对陈荣团队的快创性工作做了一定介绍。他们检索了近600,000个健康成人基因序列的数据及相关临床资料,从中发现了13个对孟德尔遗传病产生免疫的“基因超级英雄”。虽然纽约时报等美国大众媒体并没有在对这一事件的报道中提到陈荣博士的名字,但是包括陈荣在内旅美中国科学家们在大数据以及临床基因诊断方面做出的巨大贡献是无可否认的。
“新近发表的这篇论文就是遗传学家们讨论和梦想多年的研究方向的初步成果。直到现在,虽然包含受试者基因测序信息的庞大数据库中数据不断积累,科学家们仍未能找到符合该标准的人。”美国国家人类基因组研究所所长Eric D.Green如此评论陈荣团队这一或将改写教科书的研究成果。
今年6月1日,陈荣团队的最新研究成果被业内著名杂志Genome Medicine刊登(Development and clinical application of an integrative genomic approach to personalized cancer therapy)。该研究通过对数名癌症患者的深入研究从根本上证实了癌症个性化治疗的必要性。
“我们从以下四个方面研究转化生物信息学和个性化医疗:1.整合基因组测序、外显子组测序和RNA测序数据,驱动个性化癌症治疗。2.整合个人疾病风险预测性基因组测序、电子医疗记录和环境因素驱动疾病研究。3.集成公共存储库中的各种分子测量指标,将之转化为生物标志物并用于疾病诊断。4.发现因果变异、信号通路并通过整合基因组学机制阐明人类疾病。”陈荣实验室的简介如此写道。
二代测序的普及促使临床数据发生了爆炸增长。当医疗信息逐渐可以用0和1进行归纳的时候,医疗与科研数据化时代也即将到来。而陈荣作为无数打拼于美国生物技术学术与产业界华人科学家中的一员,或许将成为最早拥抱这一时代的人。(转化医学网360zhyx.com)
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