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Nature重磅: 揭秘小鼠失活X染色体结构特征

首页 » 研究 » 组学 2016-07-26 转化医学网 赞(23)
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导读
2016年7月18号,安诺优达与法国居里研究所等机构合作,利用Hi-C技术解析了小鼠失活X染色体结构特征,相关的研究成果发表在国际顶级期刊Nature上。

  2016年7月18号,安诺优达与法国居里研究所等机构合作,利用Hi-C技术解析了小鼠失活X染色体结构特征,相关的研究成果发表在国际顶级期刊Nature上。
  X染色体失活(XCI)引起X染色体结构重塑,转变成沉默的异染色质;在雌性哺乳动物发育中,X染色体失活由两条X染色体中一条的非编码RNA Xist发生上调引起。
  本文在小鼠神经前体细胞(NPCs)和胚胎干细胞中,研究了失活X染色体的结构和基因表达情况;发现在失活的X染色体结构重塑中Xist和含有DXZ4边界发挥着重要作用,在失活的X染色体中,除了“逃脱”沉默的基因附近,其他位置失去了有活性和失活的区室(compartmentA/B)以及拓扑结构域(TADs)。
  材料和方法
  材料:小鼠高度多态性克隆神经前体细胞(NPCs)和胚胎干细胞
  方法:Hi-C测序、ATAC-seq和RNA-seq
  信息分析:CompartmentA/B 分析;TAD分析;Hi-C和RNA-Seq联合分析。
  研究结果
  1、失活X染色体的结构特征
  为了研究失活X染色体的结构,选取来源于高度多态性F1代小鼠胚胎干细胞的神经前体细胞做等位基因特异的Hi-C分析。首先,在胚胎干细胞中做Hi-C分析,ES细胞中还没有发生X染色体沉默;发现活跃的X染色体含有明显的活跃、失活区室化(compartment A/B),也没有拓扑结构域结构(TADs)(图1)。


图1 胚胎干细胞染色质三维结构特征
  但是,在失活的X染色体中没有A/B compartment(图1),而是由含有DXZ4微卫星的200kb铰链区域分割成两个大的相互作用区域;此外,在失活的X染色体中也没有拓扑结构域(TADs)(图2)。

图2 失活的X染色体结构特征
  2、FISH技术在单细胞水平验证失活X 染色体的结构
  利用DNA荧光原位杂交技术(FISH),在单细胞水平研究一个Mb级区域内(探针a-b)和跨区域(探针b-c)的染色质空间结构;虽然细胞之间有很大的差异,但是在一个Mb级别结构域内,与活跃X染色体相比,失活的X染色体有更强的重叠;但是,在跨域边界的区域中,失活的X染色体重叠弱些(图3)。

图3 FISH验证失活X染色体的结构特征
  3、Xist在失活X染色体特殊的三维结构重塑中的作用
  在未分化的雄性小鼠ES细胞中诱导Xist表达,Hi-C分析发现诱导Xist 48小时导致X染色体结构发生明显变化(图 4a-b);但是在不含A重复区域的Xist突变样品中,基因不发生沉默,染色体三维结构没有变化。野生型Xist诱导不会导致TAD结构的显著改变,但是会导致染色体相互作用频率的增加(图4d),Mb级别的结构域分割边界用RNA/DNA FISH验证是正确的(图4c)。

图4 Xist在失活X染色体特殊的三维结构重塑中的作用
(转化医学网360zhyx.com)

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