遗传疾病连锁分析定位研究方案

在遗传病家系研究中，连锁分析定位是一种稳定可靠的方法。使用基因芯片对家系样本进行分型，并使用连锁分析将遗传病相关基因定位于一段基因区域中，随后再进行测序寻找这段基因区域内的遗传变异，可将候选范围缩小至数个位点。连锁分析通常用于单基因遗传病研究，或者用于定位复杂疾病中致病性高的遗传变异。

研究案例

连锁分析和外显子测序在Dowling-Degos病例中确定致病基因

Dowling-Degos病是一种色素性疾病，为常染色体显性遗传，特征为身体屈侧有网状色素沉着、显著的粉刺样皮疹和凹陷性瘢痕。本研究使用了患有Dowling-Degos病的家系作为研究对象，患者样本数量为19个。作者使用了Sanger测序排除了包含已知致病基因ABCB6、POFUT1和POGLUT1突变的样本，使用了上海伯豪提供的Illumina Infinium Human OminiZhongHua-8基因芯片进行基因分型。连锁分析将致病基因定位至12q13.12-12q14.1区域内，LOD值为3.19，定位精度为13.76 cM。随后，对其中一例患者，研究者进行了外显子组测序，平台为Agilent SureSelect，测序深度为100X。在定位区域内发现了KRT5基因起始密码子的突变c.2T>G (p.Met1?)和NEUROD4基因的一个错义突变c.376G>A (p. Ile126Val)。经过使用Sanger测序进行突变与疾病的共分离分析，后者被排除，而前者被证明与疾病相关。

Dowling-Degos病致病基因KRT5的定位。（a）单倍型分析；（b）连锁分析，候选区域LOD值为3.19；（c）Sanger测序验证KRT5基因变异

原文出处：

Li M, Wang J, Zhang J, et al. Genome-wide linkage and exome sequencing analyses identify an initiation codon mutation of KRT5, in a unique Chinese family with generalized Dowling–Degos disease.Brit J Dermatol, 2015, 174(3):663-666.

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