临床微生物组学前沿周报 | 第九期

概览

· NGS检测阿尔茨海默病患者脑部真菌类别

· SISPA-NGS技术检测汉坦病毒粒子

· 新技术联用确认18世纪末某男性感染死亡病因

· NGS在HPV-相关癌症诊断方面的应用

NGS检测阿尔茨海默病患者脑部真菌类别

患有阿尔茨海默病 (AD) 的患者被证明神经组织存在着真菌蛋白和DNA，脑部出现真菌感染。本研究中使用二代测序技术 (NGS) 鉴定AD患者中央神经系统 (CNS) 的真菌种类。首先提取一例AD患者的CNS 4个不同区域的组织DNA，通过测序鉴定出许多不同种类的真菌，其中4个区域均检测出灰霉病菌和弯曲隐球菌。进一步分析来自另外8例AD患者皮质海马区的真菌种类，结果显示真菌种类多样，但某些种类较为丰富。这9例病人中有5个共同的真菌属：链格孢属、葡萄孢属、念珠菌属、分子孢子菌属和马拉色霉菌属。这些研究结果可以指导AD患者的精准抗真菌治疗，并且每例AD患者的真菌种类存在差异，可以帮助理解临床AD患者的症状存在不同的原因。

原文引用：

Alonso, R., Pisa, D., Aguado, B., & Carrasco, L. (2017). Identification of Fungal Species in Brain Tissue from Alzheimer’s Disease by Next-Generation Sequencing. Journal of Alzheimer's Disease, (Preprint), 1-13. doi: 10.3233/JAD-170058

原文链接：

http://content.iospress.com/articles/journal-of-alzheimers-disease/jad170058

SISPA-NGS技术检测分离的汉坦病毒粒子

汉坦病毒 (HTNV)，从黑线姬鼠中分离鉴定，属于布尼安病毒科、汉坦病毒属，其包含大中小三个片段RNA基因组。 HTNV是肾综合征出血热的主要病因，韩国和中国的致死率在1%-15%之间。测定HTNV的全基因组和分离感染爆发中的感染粒子在鉴定、预防和诊断策略方面意义重大。然而分离HTNV感染病毒粒子，并探究和研发抗病毒药物的困难重重，二代测序技术 (NGS) 提供病毒宏基因组测序的契机。本研究报导了在肾综合征出血热高发地区从黑线姬鼠肺部组织中分离12株HTNV。非序列依赖单引物PCR  (SISPA) 联合NGS技术、RT-PCR和RACE PCR进行分离的HTNV全基因组测序，以HTNV 76-118基因组全长为原型，三个片段覆盖度分别为95.6-99.8%，97.5-100%和 99.4-100%。本研究探究了使用SISPA NGS技术进行HTNV的全基因组测序，开启了对HTNV引发的疾病监测、溯源和肾综合征出血热风险管理的新纪元。

原文引用：

Song, D. H., Kim, W. K., et al. (2017). Sequence-Independent, Single-Primer Amplification Next-Generation Sequencing of Hantaan Virus Cell Culture–Based Isolates. The American journal of tropical medicine and hygiene, 96(2), 389-394. doi: 10.4269/ajtmh.16-0683

原文链接：

http://www.ajtmh.org/content/journals/10.4269/ajtmh.16-0683

新技术联用确认18世纪末某男性感染死亡病因

由于医学知识和技术匮乏，过往的医学史上存在大量神秘的死亡案例。本研究基于保存完好的骨片，运用现代技术去探究一位18世纪末疑似感染致死的年轻男子的病因，在确认样本的基本特性之后，使用激光显微切割选骨片，选取最有“信息价值”的区域进行检测。组织的基因分型确认性别结果与公证员报告一致。16S rRNA 扩增后测序表明变形菌门和放线菌门较拟杆菌门和厚壁菌门细菌种类更多，大多细菌为假单胞细菌科绿脓杆菌属。数据表明该男子很可能死于假单胞菌骨髓炎。该案例提示了新技术可以用于查明早些时代不明感染原因的死亡原因。因此，系统性的储存医学样本有利于案例回溯时的筛查评估，并从标本中获取更多有价值的信息。

NGS技术检测死亡者骨组织的微生物组组成

原文引用：

D’Argenio, V., Torino, et al. (2017). The Cause of Death of a Child in the 18th Century Solved by Bone Microbiome Typing Using Laser Microdissection and Next Generation Sequencing. International journal of molecular sciences, 18(1), 109. doi: 10.3390/ijms18010109

原文链接：

http://www.mdpi.com/1422-0067/18/1/109/html

NGS在HPV-相关癌症诊断方面的应用

大约18%的人类癌症都存在病毒病因学基础。人乳头状瘤病毒 (HPV) 感染被证实是子宫颈癌、头颈癌和肛门癌等的重要致病元凶。近来二代测序技术 (NGS) 和其它的组学技术提供了关于HPV感染导致肿瘤发生的许多全面的病理知识。这些技术揭示了HPV在基因组上的整合位点以及宿主被破坏的基因和信号途径、不同HPV相关癌症中共有的或特殊的基因和表观改变。本研究重点关注在HPV相关的子宫颈癌和头颈癌患者中，HPV在基因组上的整合位点以及宿主被破坏的基因和信号途径所引发的功能性结果。整合NGS、其它组学和临床汇总的多维数据，可以帮助理解每位恶性肿瘤患者的病理生理学，以便选用合适的药物靶点和设计个性化的治疗方案。

原文引用：

Tuna, M., & Amos, C. I. (2017). Next generation sequencing and its applications in HPVassociated cancers. Oncotarget, 8(5), 8877.doi: 10.18632/oncotarget.12830

原文链接：

http://europepmc.org/articles/PMC5352450;jsessionid=3A61F8A9A29BFA8D641C36CEFFDC7072

（转化医学网360zhyx.com）