元码基因启动肿瘤样本免费三代测序结构变异检测计划

肿瘤的临床诊疗方案中，靶向治疗、免疫治疗、联合治疗已经逐渐成为主流治疗方案。而通过基因测序为临床肿瘤提供更加精准的伴随诊断和个体化用药指导，已经成为必不可少的手段。

现行的主要的基因检测技术包括：PCR方法、一代测序、二代测序等，二代测序因其高通量、高性价比、技术成熟、一次性同时检测大量的肿瘤突变，而越来越被临床所接受，更多基于NGS的IVD产品也将逐步获批。元码基因基于自主研发的NGS技术建立了完整的覆盖肿瘤的早筛早诊、精准用药和实时监控的完整临床解决方案，尤其是济全 ^TM （519基因）大panel检测涵盖靶向、免疫、遗传变异的所有位点以及MSI、TMB等分子标志物。但是，任何技术都有其局限性，二代测序因测序读长较短对于基因组结构变异（Structure Variations，简称SVs）检测灵敏度不及三代测序。三代纳米孔测序（Nanopore ）技术因其长读长的测序特点（最长的纳米孔测序达到2Mb以上）的优势，突破了NGS无法测量较大SVs的技术瓶颈。肿瘤的基因组结构变异是多种靶向药如劳拉替尼（ALK基因结构变异）的靶点，所以准确检测肿瘤的基因组结构变异是辅助诊断和精准用药非常重要的一步，并且具有巨大的研究潜力。

基于以上进展，元码基因经过两年的技术攻关和产品孵化，打通了三代测序结构变异检测技术，并经过大量临床样本的验证，为了更好的服务临床，现推出济全 ^TM 三代测序结构变异检测计划。

计划概要

1. 针对使用元码基因济全 ^TM (519基因) Panel肿瘤组织检测判断为阴性的患者，经过医学评估后，免费进行三代测序结构变异检测计划入组。

2. 针对特殊案例，将与临床医生展开深度合作研究，共同推进三代测序结果的临床解读和成果转化。

3. 为保证每个项目的科学性和严谨性，元码基因将配备专门医学技术团队，针对每个参与者进行医学咨询。

4. 2019年8月8日起，该计划在全国范围内正式实施。

本活动解释权归元码基因所有。

在一项北京协和医院、医科院肿瘤医院的多中心联合研究中，我们发现一例已知发生EML4-ALK融合的样本，在并行的NGS检测判断为假阴性。在具体分析NGS检测为阴性的原因时，我们发现该样本的断点位置位于EML4基因13号内含子区域的散在重复序列区域（SINE/LINE），如下图UCSC基因组浏览器所示， 在序列分析时会出现EML4端序列比对到多种不同基因的不同位置的情况，该种非唯一比对的序列，常常被过滤掉，造成假阴性的结果。但基因的融合本就大量发生在重复序列区域，这种情况难以避免，只有测序序列能够长到足够覆盖整个重复序列区域才能避免。

因此，研发人员将此样本使用自主研发的NGS+三代测序的实验和分析流程，分别测试了不同的富集方案，例如探针捕获和长片段PCR，以及直接全基因组测序，结果显示三代测序的长读长，能够很好的跨越重复序列区域，得到稳定的阳性检测结果。因此，对于NGS检测为阴性的样本，使用三代测序对肿瘤结构变异相关的基因进行检测，我们认为对临床有非常的价值。

详见：【三代纳米孔专题】之进阶篇—Nanopore助力ALK融合基因检测

关于元码基因

元码基因是一家集精准医疗新技术研发、产品转化和基因检测服务为一体的高新技术企业。聚焦于搭建临床肿瘤精准医疗平台，以基因组学及生物信息学为核心致力于将先进的基因组学技术应用于临床实践，为用户提供更可靠的精准医疗解决方案。公司依托完整的技术平台，在肿瘤领域成功推出济康、济克、济安系列肿瘤产品线。涵盖肿瘤早筛早诊、精准用药和实时监控的全时段管理，最大限度地满足不同阶段肿瘤患者的需求。此外，元码基因自主研发出UCap、DeCap和TCap核心技术，并成功开发出“10KTM”系列液体活检产品，实现肿瘤无创检测，为用户提供更为安全、便捷、有效的检测服务，并率先提出“四定液体活检”（“定量”、“定性”、“定位”、“定序”）的新一代液体活检理念，为临床无创肿瘤基因检测开启了全新模式。（转化医学网360zhyx.com）

参考文献

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[2]. Futreal, P.A. et al. A census of human cancer genes. Nat Rev Cancer 4, 177-183 (2004).

[3]. Mardis, E.R. & Wilson, R.K. Cancer genome sequencing: a review. Hum Mol Genet 18, R163-168 (2009)

[4]. Oxford Nanopore Technologies：https://nanoporetech.com/

[5]. （Lu H , Giordano F , Ning Z . Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly[J]. Genomics Proteomics & Bioinformatics, 2016, 14(5):265-279.

[6]. Hefan Miao, Jiapeng Zhou, Qi Yang, et al. Long-read sequencing identified a causal structural variant in an exome-negative case and enabled preimplantation genetic diagnosis. bioRxiv preprint first posted online May. 21, 2018.