共同努力抗击在中国爆发的SARS-CoV-2疫情

  2019年末在中国武汉，人们在一群不明原因的肺炎患者体内分离出一种前所未知的β冠状病毒，起初命名为2019-nCoV, 后来从2020年2月11日起WHO把这种病毒命名为SARS-CoV-2。截至2020年3月2日，在中国SARS-CoV-2 病毒已经感染了8万多名患者，其中1万多名患者为重症COVID-19病例,同时在中国境外有9千多名COVID-19病例。中国政府，学术届和技术公司通力合作，从病原体的识别，流行病学调查和疫情控制等各个方面对疫情进行全面的控制。第一例新冠肺炎患者在武汉被报道，由于湖北武汉及周边地区是本次疫情爆发的中心地区，3万多名中国医学工作者从全国各地齐聚武汉抗疫。尽管SARS-CoV-2病毒确诊和疑似病例数不断增加，对SARS-CoV-2病毒及时地识别，分离和全基因组测序为有效地控制这种全新的病毒感染奠定了扎实的基础。到文章发表时，中国国家卫健委已经更新SARS-CoV-2的治疗指南至第六版。

  1. 新技术可以促进对疾病的快速反应

  在疾病爆发的初期，对于疾病信息的及时掌握对于有效地评估疾病风险和控制疫情具有十分重要的意义。此外，来自疾病爆发地的相关报道、疾病前驱期症状总结、流行病学资料、病原信息、特别是遗传学信息对于疾病的诊断方法的建立、选择有效的治疗方法和今后的疾病的预防都起到十分重要的作用。回顾21世纪新发和罕见的病毒性疾病，通常要花几个星期到几个月的时间去发现病原体：比如SARS-CoV和MERS-CoV就是花了5个月的时间找到病原；西非零号病人体内分离出来的埃博拉病毒花了两个月的时间才完成基因组测序。

  但是对于SARS-CoV-2来说，在报道第一例确诊病例两个星期之内，中国疾病控制中心（中国CDC) 就于2020年1月11日在 Global Initiative on Sharing All Influenza Data 数据库发表了六组SARS-CoV-2的基因组序列。在接下来发表的新英格兰医学杂志文章中，中国新冠病毒调查和研究小组（由中国疾病控制中心和多所医院共同领导）发表了新冠病毒的分离过程，种系发生分析结果以及透射电镜拍摄的病毒结构等。正如上文所说，这种新型病毒的快速识别，基因组序列的获得，得益于二代测序技术，此测序技术已经用于临床病原微生物的检测，而这在从前是十分困难的。

  继中国疾病控制中心发布了新冠病毒的基因组序列之后，多个遗传学研究中心迅速对新冠病毒进行了遗传学分析并开发出相应的诊断方法。数天之内多个研究机构和技术公司就根据已经发表的SARS-CoV-2的基因组序列开发出了快速诊断试剂盒。作为中国基因技术的巨头，华大基因BGI, 迅速开发出了实时定量PCR诊断试剂盒，同时又在China National GeneBank (CNP0000881) 数据库发表了另外四组SARS-CoV-2基因组序列，这四组序列直接来源于未经分离和扩增的临床标本，使用的是华大基因自主研发的DNBSEQ-T7测序平台。截至2020年2月25日，已经有六种实时定量PCR诊断试剂盒，一个二代测序分析系统和两个IgM/IgG联合检测试剂盒通过了中国国家医学产品委员会对病毒检测产品的快速审核。

  尽管掌握SARS-CoV-2基因组序列是了解和控制疫情爆发的第一步，疾控中心的快速反应和新测序技术的快速应用无疑是对当下和将来抗击疫情的强有力支持。

  2. 多中心广泛深入的合作

  在传统的流行病学模式中，传染性疾病的发生起源于病原微生物离开它的上一个储存宿主，通过某种传播途径，然后到达被感染群体。掌握SARS-CoV-2基因组序列有益于在群体中进行流行病学追踪，这是医学和科研工作者对疫情的爆发进行彻底研究（包括新病毒的天然宿主，传播模式，潜伏期和易感人群）的必要前提。

  柳叶刀杂志发表的两篇文章对此疾病早期如何爆发提供了重要信息。JasperFuk-Woo Chan及同事通过对一家族聚集性感染的研究得出人传人的结论：此家族有到武汉的旅游史，然后回到广东省深圳市。此外，Xintian Xu 及同事通过对SARS-CoV-2病毒S蛋白结构模式的研究进一步证实了SARS-CoV-2的人传人模式和SARS-CoV-2病毒的强大粘附力。另外，Chaolin Huang 及同事对41例在武汉入院的SARS-CoV-2的确诊病例进行了详细的临床研究，总结了临床表现，实验室检查，放射学检查，年龄，性别，并提供了估测的潜伏时间。在COVID-19中国医学治疗专家组新近发表的文章中入选了1099个病例，文章对新冠肺炎的临床表现和流行病学信息都进行了更新，重点强调了COVID-19和SARS及MERS的区别。临床描述性研究和流行病学研究覆盖了影像学表现，临床症状，病理和传播等各个方面。所有文章都经过了快速审阅，然后在线发表，对精细调节抗疫措施和对将来风险的评估提供了一手的依据。

  随着病例数的增加，更多实时的信息不断出现，改变了我们对SARS-CoV-2爆发的认知，同时加强了对疾病控制反应的精细调节。SARS-CoV-2基因组显示与蝙蝠冠状病毒有密切关系，提示是动物传人。华南海鲜批发市场接触史在最初的流行病学研究中被认为很重要，但是随着调查的继续，这个结论逐渐受到了质疑。在Science 杂志发表的一篇短文对武汉海鲜市场是全球新型冠状病毒发源地的结论发出了质疑，理由是在最早感染的41例新冠病毒患者中有13人没有武汉海鲜市场接触史，提示此新型病毒有其它的发源地。对新型病毒的研究和疫情爆发引起的隔离行动已经有几个星期的时间了，但是对此新型病毒起源和早期传播途径的研究会持续较长时间，非常需要多中心持续广泛的合作。

  3. 机遇和挑战

  2020年2月28日，WHO把对SARS-CoV-2病毒的风险评估设为很高等级。随着病毒疫情的加重，在抗击SARS-CoV-2病毒的战斗中机遇和挑战并存。大量医疗物资和设备需求量在中国和全世界急增。由于生产目前已经获批的PCR和二代测序诊断世纪盒需要大量的技术人员和时间，血清和核酸检测也可以对COVID-19的快速诊断发挥作用。优化目前的检测方法，同时研发新的检测技术对SARS-CoV-2的快速诊断都十分重要。

  尽管目前WHO和中国联合工作组的报告显示在全世界不同地区的104个SARS-CoV-2病毒基因组有99.9%的同源性，没有明显的突变，但是，病毒突变的可能和超级传播者的存在仍是对人类的威胁。作为一个RNA病毒，SARS-CoV-2有遗传性的高突变率，这为此新型病毒得以被发现，从动物传染给人，具有高感染性和致病性提供了可能。密切检测此病毒基因组变化，控制疫情不仅在中国，在全世界都十分重要。作为指定的病毒检测和突变检测第三方机构，BGI利用其最新的高通量测序平台，DNBSEQ-T7, 对SARS-CoV-2基因组进行测序。然而，世界范围内的合作和信息分享对风险的评估十分重要。