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兰州大学第一医院发表基于GenoCare测序平台的Phelan-McDermid综合征案例研究成果

首页 » 研究 » 组学 2021-01-07 真迈生物赞(49)

导读	该研究展示了一项基于真迈生物GenoCare测序平台开展的染色体疾病Phelan-McDermid综合征案例分析，通过单分子测序发现了与该染色体异常相关的新的致病基因。

近日，兰州大学第一医院与真迈生物在BMC Medical Genomics杂志合作发表了题为“Fraternal twins with Phelan-McDermid syndrome not involving the SHANK3 gene: case report and literature review”的研究论文。研究展示了一项基于真迈生物GenoCare测序平台开展的染色体疾病Phelan-McDermid综合征案例分析，通过单分子测序发现了与该染色体异常相关的新的致病基因。

该研究中的病例是一对7岁异卵双胞胎，二人均具有智力残疾、严重语言发展障碍、行为异常等临床表现，在5岁时诊断为Phelan-McDermid综合征。最初采用的遗传分析手段是串联质谱和核型分析，但都没有得到任何可靠的结果，随后进行CNV-seq检测发现在22号染色体的22q13.31-22q13.33区间存在一段杂合的缺失，男孩和女孩的染色体分别存在一段6.36Mb和6.34Mb的缺失区域。
Phelan-McDermid综合征又名22q13缺失综合征，主要的临床表现包括智力残疾、全面发展延迟、肌张力低下、自闭症谱系障碍、颅面部畸形等，是由于染色体22q13区域缺失而导致的一种染色体缺失综合征。SHANK3基因被认为是与该病最密切相关的致病基因。

为获得更精确的染色体异常情况，本研究采用单分子基因测序平台GenoCare 1600对这两名患者以及他们的父母进行染色体异常的检测，采集外周血后进行测序。测序结果显示，两名患者具有一个完全相同的缺失位点，是一段6Mb的杂合缺失（图1），而他们的父母在该位点则是正常的，在这6Mb的缺失区域中，包含了45个蛋白编码基因但却不包括SHANK3基因。患者与其父母的CNV结果对比表明这是一个新发突变（de novo mutation）。此外，在其母亲的同一条染色体上检测到了一个小的0.6Mb的缺失（图2）。

图1：GenoCare 1600检测结果（双胞胎患儿）

图2：GenoCare 1600检测结果（患儿母亲）

该研究中，两名患儿的染色体异常均源于胚胎，可能以嵌合的形式存在，通过传统的方法无法很好地进行产前诊断，而已有的一些研究显示，基于单分子基因测序仪的检测体系对低至20%的胚胎异常嵌合可成功检出，因此更高精度的检测技术有望在产前实现胚胎的染色体疾病检测，使得染色体疾病可以更早的被发现，早发现早应对早治疗。
相比于核型分析、CMA等传统检测手段，单分子基因测序平台GenoCare 1600进行分析能获得更精确的检测结果，更快速地发现遗传病相关的致病位点，辅助诊断与治疗。

GenoCare 1600 采用基于全内反射光学原理的单分子荧光测序技术，对碱基的光学信号进行识别，实现边合成边测序，具有准确、易用、快速、经济等优势，支持多个领域的检测应用和数据分析。目前，在生殖遗传和病原快检领域，GenoCare 1600已在多个医院的科研实验室、测序服务公司以及疾控中心获得测序数据，为后续研究和临床应用提供参考和依据。