【即将开播】空间转录组学技术及算法在线研讨会,7月16日下午两点,大咖云集,欢迎收看!
导读 | 7月16日(周六)14:00 准时开播,欢迎观看! |
会议背景
空间转录组学是2020年Nature methods评选的年度方法,是当前单细胞组学研究领域的新方向,在肿瘤学、病理学、免疫学、发育生物学等诸多临床领域具有广泛的应用前景。
近年来,研究者开发了多种空间转录组技术,可以在保留组织空间位置的同时获得基因表达特征、表观调控等组学信息,在传统测序技术的基础上增加了空间信息维度,使得研究者可以从更精细的角度分析生物信息。
但目前空间转录组技术存在两个不足,一是基于测序的空间转录组技术无法实现真正意义上的单细胞分辨率;二是基于成像空间转录组的技术能检测到的基因通量有限。
为了突破技术的局限性,生物信息学家设计了多种算法整合空间转录组与单细胞转录组数据,预测细胞类型的空间分布和/或单个细胞的完整转录组信息。这些算法大大加深了人们对空间转录组学数据及相关生物学和病理过程的理解。
然而,由于不同算法的工作原理和适用范围存在显著差异,使得研究者很难选择最佳算法用来预测细胞类型和基因表达的空间分布。为此瀚因生命团队收集了45对同一组织来源的空间转录组与单细胞转录组数据集,和32个模拟数据集,并设计了多种指标,从准确性、鲁棒性、计算资源耗时等多维度系统性评估了16种整合算法的性能,以解决空转分析难的问题。相关成果于近日发表在Nature Methods。
为了更好的理解空间转录组学技术、分析算法以及相关科研应用,我们很荣幸邀请到了10x Genomics 中国区高级市场经理赵琳琳、中国科学院动物研究所研究员刘峰教授、中国科学院数学与系统科学研究院研究员张世华教授、同济大学生命科学与技术学院博士生导师王晨飞教授以及瀚因生命研发VP郭闯博士为大家分享空间多组学技术产品及应用进展、脊椎动物造血干细胞扩增的时空分析、智能空间的转录组学、单细胞和空间多组学的计算重建以及空间组学研究的机遇。
专家简介
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