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腾讯登录【直播倒计时1天】单细胞组学在癌症研究的应用暨 Cytiva 低温组织处理解决方案发布
| 导读 | 8月3日（周四）19:00，相约云端！ |
由于肿瘤细胞存在异质性，导致以往进行传统组学研究总细胞群过程中会掩盖不同细胞之间在基因组和功能上的改变和差异，单细胞组学技术能够分析来自不同组织的单个细胞，可以让研究人员了解单个细胞及其在患病组织中的行为。其中单细胞转录组测序是研究肿瘤组织中不同细胞之间基因差异性表达的一项重要方法，达到从基因层面研究细胞之间变异程度的目的。在单细胞组学研究中，有活力、高完整性的单细胞是实验的基础，Cytiva 的温控型高效能组织处理器VIA Extractor可以针对不同组织样本进行定制化处理，灵活设置不同的孵育温度和消化时间，结合新品低温解离试剂盒，温和高效获得高完整性和高活力的单细胞悬液的同时，降低细胞应激，提高转录组实验结果。
直播主题：单细胞组学在癌症研究的应用暨 Cytiva 低温组织处理解决方案发布
直播时间：2023年8月3日（周四）19:00-21:00
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单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 能够以单细胞分辨率进行转录组分析，生成单个细胞的表达谱。因此scRNA-seq可以提供细胞间基因表达的详细信息，并鉴定异质细胞群中的稀有细胞[1]，从而帮助研究人员在包括免疫学、肿瘤学和神经科学在内的许多不同领域做出有意义的发现。
scRNA-seq主要流程包括组织解离制备单细胞（核）悬液、文库构建、上机测序及数据分析四个步骤。其中组织解离作为整个实验的基础，是最关键的步骤之一。
什么是组织解离？
组织解离的主要分为冷解离和热解离，大多数用于组织解离的酶，包括丝氨酸蛋白酶、胶原酶、蛋白酶和/或透明质脲酶37 ℃活性最佳，所以通常将解离温度设定在37 ℃左右。在这些温度下的组织解离称为热解离。而使用低温活性酶如来自嗜冷土壤细菌地衣芽孢杆菌 (Bacillus licheniformis) 的蛋白酶可以在6 ℃的低温下进行孵育称为冷解离或低温解离[3]。
为什么进行冷解离？
多数研究表明热解离会产生细胞转录水平的表达差异，且这些主要与应激反应有关。如相对4 ℃酶解，成年小鼠肾脏在37 °C酶解下凋亡基因表达显著增加[2]。另一项研究小鼠脑组织在热解离下神经元和神经胶质细胞转录组相对低温解离发生了显著变化。Denisenko等人 (2020) 的研究发现，与冷解离相比，热解离样品中的8个细胞群减少，一些稀有细胞类型几乎完全消失[2]。总之，不同的研究主要得出了两个结论，即组织解离的温度可以诱导转录组的变化，可以影响样品中细胞类型的组成。所以，对于低温解离的研究将有助于促进scRNA-seq的更多前沿研究和发现。
Cytiva新品发布
组织低温解离试剂盒
Cytiva重磅推出组织低温解离试剂盒，可搭配Omics Bundle组织解离系统，实现精准控温，高效解离，帮助您获得更准确的转录图谱。
图1：低温解离试剂盒--肾脏组织
图2：Omics Bundle组织解离系统
Cytiva低温解离试剂盒的优势：
1 提高细胞活力：工作温度4 °C，相比37 °C热解离可以最大限度的减少细胞应激和细胞死亡；
2 减少细胞聚集：搭配Omics Bundle组织解离系统，可以有效实现组织低温解离，减少细胞聚集，改善单细胞转录组谱；
3 较高灵活性：即用型试剂盒，针对肾脏组织优化实验流程，同时用户可根据不同的组织类型优化反应体系。
图3：使用Cytiva低温解离试剂盒对肾脏组织解离后的细胞进行分析。细胞活率高于80%（图A），细胞聚集率低于10%（图B），细胞产量高于2×107/g组织（图C）。
图4：通过单细胞RNA测序比较Cytiva冷解离和常规热解离对于肾脏细胞的影响。UMAP分析使用两种试剂盒均检测出与肾脏相关的所有细胞类型，且粒细胞（包括中性粒细胞、嗜碱性粒细胞和嗜酸性粒细胞）中的所有基因均有表达，而使用Cytiva低温解离检测出更高比例的细胞簇21。
图5：Cytiva冷解离和常规热解离对细胞应激的影响。通过对应激标志物细胞簇10，13，15和19的表达水平分析，常规热解离对细胞的应激显著高于Cytiva低温解离试剂盒。
参考文献
1. Uniken Venema WT, Ramírez-Sánchez AD, Bigaeva E, et al. Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels. Sci. Rep. 2022;12(1). doi:10.1038/s41598-022-13812-y
2. Denisenko E, Guo BB, Jones M, et al. Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows. Genome Biol. 2020;21(1). doi:10.1186/s13059-020-02048-6
3. Adam M, Potter AS, Potter SS. Psychrophilic proteases dramatically reduce single cell RNA-seq artifacts: A molecular atlas of kidney development. Development. 2017. doi:10.1242/dev.151142
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