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腾讯登录啊？听说中国医学科学院又搞事情！建了一个癌症单细胞和空间数据库？！这么好用，是谁还没get!
| 导读 | 数据库包含来自21个肿瘤组织的空间转录组数据和来自千万细胞的单细胞转录组数据，涵盖395种癌症亚型，涵盖各种组织、类器官和细胞系。 |
1.数据库包含来自21个肿瘤组织的空间转录组数据和来自千万细胞的单细胞转录组数据，涵盖395种癌症亚型，涵盖各种组织、类器官和细胞系。（这么多数据种类和庞大数量的“癌症数据宇宙”，说不定其中就能轻松挖到你需要的宝藏呢！）
2.数据库提供了多种功能模块，可以解决多个层次的癌症研究问题，不管是细胞筛选还是代谢分析，统统不在话下，简直就是研究癌症的绝佳帮手，还能够分析生物标志物表达模式和细胞发育轨迹。（这也太厉害了吧！有了它，癌症研究还不轻松拿下！是不是超酷！）
3.数据库还提供基于34种最先进的组学技术的多维数据集的综合分析，帮助大家深入挖掘和理解细胞异质性和空间位置。（以前那些让人头疼的细胞位置谜团，现在在这个数据库面前，都能被轻松搞定，是不是超级厉害！）
题目：SCAR:单细胞和空间分解的癌症资源
杂志：Nucleic Acids Research
影响因子：IF=11.14
发表时间：2023年9月
研究背景
单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）技术已实现各种组织在不同条件下的转录及空间景观。随着全球大量单细胞数据集的快速涌现，研究人员需能够获取并解读大规模的癌症基因组学资源。基于此背景，中国医学科学院团队构建了单细胞和空间分辨癌症资源（SCAR）数据库（http://scaratlas.com），涵盖了广泛的癌症相关资源。该数据库有两个不同部分：SCAR_ST包含21个肿瘤组织数据的空间转录组图谱；SCAR_Atlas涵盖395个癌症亚型的单细胞图谱。该数据库平台还设计了用于筛选肿瘤生物标志物及分析基因表达模式的其他模块。
研究思路
其团队通过手动收集并整合多个公共数据库中大量的单细胞和空间转录组数据，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）技术，整合单细胞基因表达数据和细胞空间信息，开发出SCAR数据库在线平台，并在文中对各个模块的使用操作方法进行了说明。
研究结果
1.SCAR_ST模块
SCAR_ST模块提供来自人类、小鼠和斑马鱼三个物种的 41 个空间转录组数据集，用户可以通过单击与人类、小鼠和斑马鱼解剖结构相对应的解剖学标签或单独搜索基础表，轻松查询所选数据集中特定基因的空间表达模式，获得数据集中表达的所有基因，以及所选基因的空间表达模式图和源信息。
SCAR_Atlas模块包含人、小鼠、类器官和细胞系等四种类型的癌症单细胞图谱，涵盖395种癌症亚型的523个scRNA-seq 数据集。用户可以获得包括低维的细胞信息和基因表达、任意两个基因的基因共表达、不同细胞类型的小提琴图/箱线图、细胞类型组成的比例图以及多达 50 种基因表达模式的气泡图/热图等的可视化基因的基因表达谱和基因的细胞类型信息。
SCAR_CT模块由肿瘤微环境中的T 细胞、B 细胞、树突状细胞、单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、嗜碱性粒细胞、肥大细胞、成纤维细胞和内皮细胞等 10 种细胞类型组成。用户可以访问有关细胞类型的更多信息，还可以跟踪数据集的来源。
SCAR_Meta模块允许用户筛选SCAR_Atlas中每种独特细胞类型的代谢特征，涵盖28个类别的所有癌症类型，选择特定的癌症类型后会以表格形式列出该癌症类型中包含的所有癌症亚型。
SCAR_Survival模块绘制了 31 种癌症类型中每个测试基因的生存曲线。BM_Atlas模块从LiqBioer数据库收集各种癌症生物标记物，要通过分层选择物种、癌症类型、亚型和数据集ID来选择特定的scRNA-seq数据集。
SCAR_Regulon模块中，用户可以在人类和鼠癌scRNA-seq数据集中筛选不同细胞类型的遗传调控网络。SCAR_TRACE模块中，用户可以探索基于scRNA-seq数据集的分化状态预测。CytoTRACE_Plot图将显示该细胞类型的预测分化程度。
最后的两个模块(SCAR_TSA和SCAR_TCR)使用户能够筛选TSA获取不同T细胞群的TCR分布。还提供泛癌症分析，用户可以调查多种癌症类型之间基因表达模式的异同，以及泛生存分析，还可以查询和比较特定基因在多种癌症类型中的生存曲线。
综上所述，SCAR是开放便捷的数据库，用于综合发现和分析癌症背景下的空间分辨和单细胞转录组数据。把空间转录组数据和单细胞测序数据完美结合，给分析癌细胞转移和侵袭送上了超级可靠的“助攻”，这也太酷了吧！而且还收录了超多的癌症亚型，各种功能模块一应俱全。不管是想看看可视化的效果，还是做各种分析，它都能满足需求。不同细胞类型的差异分析更是让人眼前一亮，能探索癌症微环境的方方面面，还能开发特定细胞类型的基因表达模式。（转化医学网360zhyx.com）
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