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90分钟完成全基因组序列分析,靠谱吗?

首页 » 研究 » 组学 2015-02-02 qynode 赞(5)
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导读
“仅用七天便完成1088个全基因组样本的分析,并确定了数以百万计的新的遗传变异。”这样的效果,而且,这些分析,居然能够使用一台笔记本就能搞定!这位Peter White是何方神圣呢?

  小编最初看到这篇文章,觉得以前偷偷开发的那些加速算法,还没有做到“仅用七天便完成1088个全基因组样本的分析,并确定了数以百万计的新的遗传变异。”这样的效果,而且,这些分析,居然能够使用一台笔记本就能搞定!

  这位Peter White是何方神圣呢?我们先来看看Dr. White的团队。

  显然这个团队的人数不是很多,但是在美国很多的科研单位里面的研发小组都是几个人,何况生物信息分析的团队历来都是以少胜多的。图片中最左边的就是这位神圣的Dr. White。

  这位四十出头的PI,1998年在剑桥大学拿了博士学位以后,连续在不同地方做了两个博后(其中一个还是在罗门哈斯公司做的博后),才到宾夕法尼亚大学医学院做了技术主管,2008年成为美国国家儿童医院的一名PI,目前也是分子生物信息学的头。细细看White以往发表的文献,40篇SCI文章和5本学术专著,做过45场的学术报告,以及一大堆的大学授课,可以说是硕果累累。分子生物学背景的Dr. White,从负责TCGA项目的一名成员至今,对癌症基因组以及生物信息学的医学应用,可以说是无人出其右了。
  而最近这篇备受关注的文章里面,引用Peter的Churchill流程对计算机的最低配置要求:双核16G内存,2T硬盘,这不就是目前我手上的这台苹果电脑配置吗?所以说,广大的生物科研工作者有福了。能不能说,如果花上几天时间来学习搭建这套流程,以后的分析工作就能自己搞定啦?
  姑且不说这套流程已经出来了,每个人其实就能够直接下载,下载地址是:http://churchill.nchri.org/download-churchill, 但是且慢,能不能这么简单就能用啊?貌似目前只能是作为学术研究来使用,如果想要用作商业化,那就要问问Peter本人了,而且Peter已经有了合作很愉快的公司,咱们可以看看:

  GenomeNext公司已经获得Churcill流程的商业应用授权
  看到了吧,exclusively licensed! 看来GenomeNext公司这招很狠。
  但是,广大的科研工作人员还是可以免费使用,不过Churchill流程需要掌握一定技能的生物信息基础的人才能使用,我们奇云诺德春节以后就会推出一系列免费和收费的生物信息技能培训,保证几天就能在自己笔记本上面跑上这套Churchill流程。当然,关注我们公众号和下载了APP的小伙伴们,这些培训的视频都能免费获得。(转化医学网360zhyx.com)


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