盘点便携式测序仪MinION从发布到吐槽，究竟谁更靠谱？

  Oxford Nanopore公司自2013年11月启动MinION测序仪的早期试用计划以来，一直受到人们的关注。今年2月，Oxford Nanopore挑选了部分申请者。4月份，MinION陆续达到申请者的手中。然而，除了少数人在推特上晒出照片之外，再没有更多的声音。9月，陆续有试用者发表对MinION的不同态度，并且他们都有研究结果来支持自己的观点。本文为大家盘点一下最近有关MinION的那些“争吵”。
  之前在AGBT 2014上，Oxford Nanopore公布了MinION的测序数据，但并非用户生成的。在刚刚结束的英国基因组科学大会（UKGS2014）上，伯明翰大学的Nick Loman作为早期试用者之一，介绍了使用MinION的体会。他表示：自2014年5月以来，我们参加了Oxford Nanopore的MinION试用计划（MinIon Access Program，MAP）。MinION是一款USB供电和连接的便携式单分子测序仪，能够在核苷酸穿过纳米孔时检测它们。测序数据的实时分析为传染病的诊断开辟了新的机会。
  在这次演讲中，Loman介绍了参与MinION试用计划的体会，并描述了平台特有的优势和劣势。他们还将MinION应用于爆发肠炎沙门氏菌的医院和社区。Loman认为，这个平台将来有望用于传染病的宏基因组学诊断。
  也是在近日，日本冲绳科学技术大学院大学的研究人员在《Molecular Ecology Resources》上发表文章，表达了不同的看法。他们表示目前MinIon数据并不适合大多数的测序应用领域。该文章的第一作者，冲绳研究所生态与进化实验室的助理教授Alexander Mikheyev和他的研究团队参加了MAP，但是在上周的时候公司终止了计划，表示“从根本上偏离了MAP计划以及其他参与者的目的和宗旨”。他们进行了3个实验：重测序48Kb 长的λ噬菌体基因组，测序已做过分析的毒蛇转录组扩增产物以及从头测序一个昆虫基因组。昆虫基因组的数据很差，没有写入文章中。测序结果中，大约90%的MinIon 读长（reads）跟参考序列没有同源性。剩余的能与参考序列有几百bp同源序列的reads，错误率大约是20%。
  他们认为，利用MinION来开展大的测序项目是不可行的。如果不增加准确性，MinION的实际应用似乎很有限。文库制备需要分子实验室，其复杂度和成本与其他的新一代测序平台相似。“MinION是迈向单分子测序的激动人心的一步，但它需要大幅度降低错误率，才能实现它的承诺。”
  然而，几位MinIon仪器早期试用者并不同意该文章的结果和结论，他们表示，由于日本研究者采用了过时的化学试剂以及不恰当的比对工具，使文章的数据结果比较差。
  Nick Loman以及另外一位MinIon的早期使用者表示，日本团队报道的结果和他们的结果差别很大。Loman指出，日本研究者使用了老版本化学试剂R6，现在已经被R7所代替，用R7的结果会好很多。
  Warp Drive Bio 的首席科学家，同样是MinIon 早期试用者的Keith Robison说：“日本研究所的研究人员代表了不适应测序技术快速发展的科研人群”。Robison认为，MinION无疑是一个突破性的技术，仍处于非常早期的阶段，就像第一部电话一样，有着高度可变的性能。因此看到一篇论文通篇都在说“不要买它”的时候，真是有点奇怪。对于结论部分提到的“准确性并没有随时间而改变”， Robison博士认为这被严重夸大。Oxford正在迅速更替平台的每一方面：文库制备、操作、流动槽和碱基检出。事实上，第二批流动槽的性能相对于第一批有明显改善。日本研究人员忽略了文库制备对MinION平台上的序列质量有着更大的影响。
  日本研究人员在MinIon 测序结果上的失败，另一个原因是没有选用最佳的比对工具。另一位早期试用者，德国马克斯-普朗克研究所的Detlef Weigel认为日本团队的研究结果较糟糕。日本团队的问题在使用不同的比对工具，一些实验室在reads错误率达20%~30%仍能够比对上50% ，因此应该会有更好的分析结果。
  该文章指出，MinIon的错误类型主要是插入和确实错误。另外该文章提及，在应用方面，由于Minlon是手提式仪器，在某些诊断领域将会更加有用。MinIon 仪器的另一个测序优势是不需要模板DNA的PCR扩增，可以用于难扩增的样品测序。但是，低的reads产出数目以及建库DNA需求量较大。结合其他更精确的短的read数据，MinIon 可以辅助构建更长的scaffold。
  目前Oxford Nanopore公司还没有对文章做出评论。无论如何，纳米孔测序都是一种全新的技术，带给我们一个完全不同的测序平台。MinION的试用也不像之前的产品那样，仅针对Broad、Sanger、BGI等大型实验室，而是让每个感兴趣的人都有机会去使用。它大大降低了测序的门槛，至于性能如何，还需要更多数据来证明。