Nat Commun：全基因组测序剖析肾癌形成的遗传结构

  近日，来自麦基尔大学等处的研究人员通过研究揭示了肾癌发病的遗传结构，或为揭示马兜铃酸暴露和肾癌的发生率之间的关系提供一定的依据，相关研究刊登于国际杂志Nature Communications上。
  文章中研究人员主要对一种名为透明细胞癌的肾癌进行研究，透明细胞癌占所有成人细胞癌的2.4%，每年超过14万患者因透明细胞癌死亡，近年来该病在中欧的发病率不断增长。这项研究中研究人员对来自四个国家（捷克、罗马尼亚、俄罗斯、英国）共94名肾癌患者进行研究，对患者肿瘤组织样本和血液分离的DNA进行全基因组测序，同时对肿瘤组织和匹配的正常组织样本进行RNA测序。
  研究者Yasser Riazalhosseini表示，最引人注意的就是我们在罗马尼亚患者的组织中发现了高频率的特殊突变模式的存在，对围绕在这些突变周围的特殊序列及优势非转录DNA链存在的分析我们就可以假设，这些突变是由于患者在其一生中暴露于马兜铃酸而引起的。研究者在尿道癌相关的巴尔干地方性肾病病人机体中发现了相同的突变模式，而巴尔干地方性肾病的发生被认为是摄食了被铁线莲状马兜铃污染的小麦粉所致，马兜铃酸通常在亚洲部分地区作为中草药用。
  随后研究人员确定了一种名为PI3K/mTOR的信号通路，其在肾癌患者中调节水平明显增高，研究者进一步研究又发现了一种粘着斑相关的通路，其可以被许多病人机体的分子异常所影响；因此开发针对PI3K/mTOR信号的靶向疗法或许就可以应用于治疗肾癌疾病中，帮助改善患者的机体状况。
  最后研究者Ghislaine Scelo说道，肿瘤的基因组计划非常特殊，由于其基于对不同国家的样本的分析，在很多风险因子上都存在潜在的多样性，而本文研究正阐明了通过大量测序对肿瘤DNA的系统性剖析或许就可以帮助我们鉴别出许多之前未发现的致癌原因。（转化医学网360zhyx.com）
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转化医学网推荐的原文摘要：

Variation in genomic landscape of clear cell renal cell carcinoma across Europe
Nature Communications     doi:10.1038/ncomms6135
Ghislaine Scelo, Yasser Riazalhosseini, Liliana Greger, Louis Letourneau, Mar Gonzàlez-Porta, Magdalena B. Wozniak, Mathieu Bourgey, Patricia Harnden, Lars Egevad, Sharon M. Jackson, Mehran Karimzadeh, Madeleine Arseneault, Pierre Lepage, Alexandre How-Kit, Antoine Daunay, Victor Renault, Hélène Blanché, Emmanuel Tubacher, Jeremy Sehmoun, Juris Viksna et al.
The incidence of renal cell carcinoma (RCC) is increasing worldwide, and its prevalence is particularly high in some parts of Central Europe. Here we undertake whole-genome and transcriptome sequencing of clear cell RCC (ccRCC), the most common form of the disease, in patients from four different European countries with contrasting disease incidence to explore the underlying genomic architecture of RCC. Our findings support previous reports on frequent aberrations in the epigenetic machinery and PI3K/mTOR signalling, and uncover novel pathways and genes affected by recurrent mutations and abnormal transcriptome patterns including focal adhesion, components of extracellular matrix (ECM) and genes encoding FAT cadherins. Furthermore, a large majority of patients from Romania have an unexpected high frequency of A:T>T:A transversions, consistent with exposure to aristolochic acid (AA). These results show that the processes underlying ccRCC tumorigenesis may vary in different populations and suggest that AA may be an important ccRCC carcinogen in Romania, a finding with major public health implications.