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OncoCap技术助力肿瘤精准医学：中国医学科学院肿瘤医院发现新药物敏感型ALK融合基因

首页 » 研究 » 组学 2015-07-25 迈基诺赞(12)

导读	2007年，EML4-ALK在肺腺癌中的发现促使肺癌治疗朝向“个体化”的目标迈近了一步。在中国肺癌人群中，大约有3-5%的肺癌患者携带该基因变异。

2007年，EML4-ALK在肺腺癌中的发现促使肺癌治疗朝向“个体化”的目标迈近了一步。在中国肺癌人群中，大约有3-5%的肺癌患者携带该基因变异。

2010年，ASCO大会报道了辉瑞公司pf02341066（crizotinib）化合物 I 期临床试验的结果：82例EML4-ALK融合基因阳性患者入组，其中96%（79/82）是肺腺癌。50例可评价疗效患者的客观有效率达57%，8周时疾病控制率87%，6个月时无进展生存率达到72%，主要不良反应是胃肠道反应，包括恶心、腹泻和呕吐，但均为轻微的不良反应，患者完全可耐受，3～4度不良反应仅见于实验室指标如丙氨酸氨基转移酶和天冬氨酸氨基转移酶的升高。由于有如此的有效率和安全性，美国FDA批准crizotinib直接进入III期临床试验。目前基于EML4-ALK融合基因阳性的肺癌二线或三线的治疗方案已经获得FDA的批准。
在非小细胞肺癌的ALK融合基因家族中，除了最经典的EML4-ALK融合基因外，还新发现了一系列的基因可以和ALK进行融合。最近该家族成员中又增添一个新成员BIRC6，同时拥有该融合的患者对克罗替尼敏感，为肿瘤的成功精准治疗又增加一新的案例，该文章于2015年发表在肿瘤学权威杂志《Journal of Thoracic Oncology》（IF:5.28）(1)。
案例回顾：
中国医学科学院肿瘤医院在2014年2月收治入院一名45岁女性患者，主诉：体检发现双侧胸膜心包积液，8年吸烟史。胸部CT发现：患者左侧肺部有3.1cmx3.4cm的肿块一枚。对患者进行淋巴结活检，结果显示：转移性腺癌。医院病理科专家组对患者进行细胞-分子病理检测，结果：EGFR基因突变阴性，KRAS基因突变阴性，EML4-ALK融合基因阴性。然而该患者的免疫组化（IHC）分析显示ALK基因高表达。
针对ALK基因的两个检测出现不同的结果，医科院肿瘤医院专家与北京迈基诺基因科技有限责任公司（以下简称：迈基诺）联手对此病例进行深度挖掘和分析。利用患者的组织病理样本，通过迈基诺OncoCap技术，发现了ALK基因的新融合基因：BIRC6基因。同时，OncoCap技术精确定位了ALK基因和BIRC6基因上两个断裂点间存在约3MB的臂内染色体倒位。该结果导致了ALK基因的高表达（基因BIRC6的N-末端部分融合到ALK基因的胞内区）。
明确诊断后，患者通过口服Crizotinib药物（Crizotinib的靶点是ALK基因），得到了较好的治疗结果。该案例是非小细胞肺癌中第一例报道BIRC6-ALK融合基因的案例，于2015年6月发表在“J THORAC ONCOL”刊物上（IF:5.28）。
迈基诺OncoCap技术通过设计带有生物素标记的寡核苷酸探针捕获ALK基因的全部外显子和内含子，以及靶向药物相关的基因，将这些DNA片段通过Illumina公司 NextSeq500测序仪进行测序，最后进行生物学分析和数据库分析，发现了新的ALK融合基因BIRC6。通过迈基诺OncoCap技术，不仅可以用于科学研究，同时也能为临床找到更好的基因检测系统解决方案，为医疗工作者提供更加精确的医疗辅助诊断信息，推动精准医疗事业的更高更好的发展。
常规的靶向药物突变检测仅局限对常见的热点突变进行检测。然而，通过迈基诺OncoCap靶药基因捕获测序，不但能够分析热点突变，还能分析融合基因，甚至找到新的药物敏感性融合对象，成为肿瘤个体化治疗崭新的“一站式分子分型方案”。
(1) Ling Shan, et al. BIRC6-ALK, a Novel Fusion Gene in ALK Break-Apart FISH Negative lung Adenocarcinoma, Responds to Crizotinib, Journal of Thoracic Oncology, V10, No.6,e37, 2015.