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腾讯登录基于高通量测序技术的新方法，可有效分离SARS-CoV-2！快速进行分析！
| 导读 | 为了尽快分离出SARS-CoV-2核糖核酸，与下一代测序（高通量测序）技术合作，提供一个对监测和研究SARS-CoV-2有用的工具，加拿大麦克马斯特大学的研究团队快速设计了诱饵捕获平台，用于无培养和无扩增的SARS-CoV-2下一代测序 |
导语：自疫情发生以来，中国科学家以惊人的速度确定了病原体，并且测定了病毒的全基因组，受到各国科学家和世界卫生组织（WHO）的肯定。从新冠病毒的快速检测技术上，中国的实力同样是领先的。当然检测技术本身，仍有进步的空间。快速诊断对于疾病的管控和治疗非常关键。
新型冠状病毒的RNA核心，外由蛋白质外壳包裹，表面突出的是刺突蛋白（S Protein），它是侵染宿主细胞关键。2月20日《科学》杂志发文，科学家利用冷冻电镜技术解析了刺突蛋白的分子结构，并发现它跟SARS病毒一样，与人体细胞的ACE2受体作用从而入侵细胞。
但它与ACE2的亲和力是SARS病毒的10~20倍，这很可能是导致高度传染性的原因。且突变率很高（每年每个位点约10-4个核苷酸替代），全基因组监测对于正确的分子流行病学至关重要（即，跟踪整个基因组的变化）。虽然二代PCR技术是目前最主要的监测SARS-CoV-2方法，但无扩增和无培养方法的应用，分离SARS-CoV-2 RNA，与高通量测序技术一起，将提供监测和研究SARS-CoV-2的更有效的工具。
高通量测序技术又称“下一代”测序技术，以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。因其高通量、不依赖于已知核酸序列和具有更高的灵敏度，在新型冠状病毒的鉴定、分型、溯源、诊断等方面都展现了重要作用。
尽管已经存在用于有针对性地富集多种病毒的探针组，但该团队提出了一个专门针对当前SARS-CoV-2暴发的探测装置。对于基于广泛的病毒多样性的探针集，需要关注离靶杂交、导致脱靶浓缩和增加工作流程的时间和成本，而考虑到离靶杂交和平衡复盖长度和深度的重要性，该探针装置在检测与抗生素耐药性相关的罕见DNA方面有所改进。旨在最大限度地提高特异性和敏感度。
目前，为了对SARS-CoV-2进行测序，需要进行一个培养步骤，如果没有用于培养该病毒的设施，则很难对SARS-CoV-2进行分析， 使用小型纳米孔测序仪诱捕SARS-CoV-2，然后进行NGS诱饵捕获提供了一个更简单的选择。 靶向SARS-CoV-2 RNA富集通过从复杂的患者样品中物理分离靶RNA来促进富集，从而使大多数测序片段成为靶标，从而减少了所需的宏基因组学测序工作。也减少了总体周转时间和成本，并能够快速进行遗传分析。
参考文献
Rapid design of a bait capture platform for culture- and amplification-free next-generation sequencing of SARS-CoV-2 https://www.preprints.org/manuscript/202002.0385/v1
（转化医学网360zhyx.com）
为了尽快分离出SARS-CoV-2核糖核酸，与下一代测序（高通量测序）技术合作，提供一个对监测和研究SARS-CoV-2有用的工具，加拿大麦克马斯特大学的研究团队快速设计了诱饵捕获平台，用于无培养和无扩增的SARS-CoV-2下一代测序，从复杂样本中发现基因，通过有样本验证，将有助于防治目前的疫情爆发。
新型冠状病毒的RNA核心，外由蛋白质外壳包裹，表面突出的是刺突蛋白（S Protein），它是侵染宿主细胞关键。2月20日《科学》杂志发文，科学家利用冷冻电镜技术解析了刺突蛋白的分子结构，并发现它跟SARS病毒一样，与人体细胞的ACE2受体作用从而入侵细胞。
但它与ACE2的亲和力是SARS病毒的10~20倍，这很可能是导致高度传染性的原因。且突变率很高（每年每个位点约10-4个核苷酸替代），全基因组监测对于正确的分子流行病学至关重要（即，跟踪整个基因组的变化）。虽然二代PCR技术是目前最主要的监测SARS-CoV-2方法，但无扩增和无培养方法的应用，分离SARS-CoV-2 RNA，与高通量测序技术一起，将提供监测和研究SARS-CoV-2的更有效的工具。
高通量测序技术又称“下一代”测序技术，以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。因其高通量、不依赖于已知核酸序列和具有更高的灵敏度，在新型冠状病毒的鉴定、分型、溯源、诊断等方面都展现了重要作用。
尽管已经存在用于有针对性地富集多种病毒的探针组，但该团队提出了一个专门针对当前SARS-CoV-2暴发的探测装置。对于基于广泛的病毒多样性的探针集，需要关注离靶杂交、导致脱靶浓缩和增加工作流程的时间和成本，而考虑到离靶杂交和平衡复盖长度和深度的重要性，该探针装置在检测与抗生素耐药性相关的罕见DNA方面有所改进。旨在最大限度地提高特异性和敏感度。
目前，为了对SARS-CoV-2进行测序，需要进行一个培养步骤，如果没有用于培养该病毒的设施，则很难对SARS-CoV-2进行分析， 使用小型纳米孔测序仪诱捕SARS-CoV-2，然后进行NGS诱饵捕获提供了一个更简单的选择。 靶向SARS-CoV-2 RNA富集通过从复杂的患者样品中物理分离靶RNA来促进富集，从而使大多数测序片段成为靶标，从而减少了所需的宏基因组学测序工作。也减少了总体周转时间和成本，并能够快速进行遗传分析。
与SARS-CoV-2基因组对齐的探针覆盖图
通过去除可能与人类或其他物种杂交的候选探针，增强对SARS-CoV-2的敏感性，然而，在电子比对工具中不能准确地识别真核生物、细菌或古细菌的RNA或DNA。在溶液中的反射杂交，该研究团队所提出的探针组完全有可能与其他冠状病毒（如SARS-CoV和MERS-CoV）杂交，这是该探针装置目前的不足之处，当然，近年来，该团队的成员已经使用诱饵捕获分离和序列分析了黑死病的病因，并于最近设计和验证了用于 NGS 检测的准确和灵敏的浓缩平台。该研究团队也表示，他们会继续努力，争取早日发布正式的针对SARS-CoV-2研究的技术。参考文献
Rapid design of a bait capture platform for culture- and amplification-free next-generation sequencing of SARS-CoV-2 https://www.preprints.org/manuscript/202002.0385/v1
（转化医学网360zhyx.com）
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