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腾讯登录【会议预告】纳米孔测序大会London Calling 2022 Collection，免费注册，欢迎观看
| 导读 | 2022年06月09日09:00开播，不见不散！ |
Oxford Nanopore开发了新一代具有颠覆性的测序技术，近来纳米孔测序技术的数据通量和准确性不断攀升，加上其独有的测序任意长度的读长序列片段、无扩增直接测序天然DNA/RNA分子，帮助了解人类、植物、动物、细菌、病毒和环境，以及癌症等疾病。
本次会议，将会有来自Oxford Nanopore的全球产品与项目高级副总裁Rosemary Dokos带来最新技术更新介绍，并精选4位科学家分享他们在大流行中的群体基因组学、植物基因组学、表观遗传学、癌症研究、转录组免疫学等成就，与大家共同深入探讨纳米孔长读长测序带来的崭新机遇。
报告语言：英文
2022年6月9日（周四）09:00-11:10，我们云端相会！
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会议日程
讲者介绍与演讲摘要
Abigail Stack
拜耳作物科学公司
Abigail Stack（Abbie）在美国加利福尼亚州的拜耳作物科学公司的蔬菜研发部门工作。Abbie的两个专业领域是植物病害分子诊断和植物病毒学的测试和创新实施。她最近被选为拜耳最年轻的研发科学研究员，她还是科学界妇女协会当地分会的代理主席。Abbie拥有普渡大学的理学学士学位和加利福尼亚大学戴维斯分校的理学硕士学位。摘要：
细菌性叶斑病是一种对全球番茄来说具有经济重要性的种源性疾病。有四个已知的黄单胞菌种（种族）可以引起该疾病。物理种族分型是工业上的一个瓶颈，因为它涉及到对接种植物进行冗长、复杂的表型分析。同样，四个种族的基因组是高度保守的，所以之前的分子诊断尝试并不成功。我们在Flongle测序芯片上使用纳米孔测序，成功获得了可用于区分的基因解析。这使诊断所需的时间减少了75%，让我们能够为田地做出重要的害虫管理决策。
关键词：
鉴定；微生物学；群体基因组学；MinION Mk1C；Flongle
Chad Niederhuth
密歇根州立大学
Chad Niederhuth在密苏里大学师从John Walker博士，获得了生物科学博士学位。之后在佐治亚大学跟随Bob Schmitz博士做博士后。随后，Chad于2018年加入密歇根州立大学担任助理教授，他所在的实验室研究植物表观基因组的进化和功能。摘要：
结构变异是多样性和适应性分化的一个主要来源。尤其是大型染色体倒位减少了重组，维持了适应性变体的联系，形成所谓的“超级基因”。这些倒位的复杂性和大尺寸限制了我们对其结构和进化的理解。Mimulus guttatus的沿海种群进化出了晚花的多年生生活史，而内陆种群则演变出了早花的一年生生活史。利用Oxford Nanopore长读长序列，我们组装了两个种群的基因组，并确定了这些种群之间广泛的结构变异，包括一个与主要适应性QTL相关的近5.5 Mb的染色体倒位。
关键词：
组装；植物基因组学；结构变异；R10测序芯片
Kieran O’Neill
加拿大迈克尔·史密斯基因组科学中心/不列颠哥伦比亚癌症研究所
Kieran是一名全职科学家职员，在加拿大其中一家最大的测序中心工作，该中心隶属于省级癌症机构。他的工作主要是为使用新测序平台的项目（尤其是Oxford Nanopore测序）提供生物信息学支持、指导和TechD。其中包括几篇关于结构变异识别和印记表征的发表论文。在过去，他开发了用于拼接基因组scaffold、本体浏览、流式细胞术分析等的软件，并利用一系列生物数据对白血病的各个方面进行了研究。摘要：
自2012年以来，我们的中心就成功地为晚期癌症患者进行了个性化肿瘤基因组学（POG）试验。我们使用短读长全基因组和转录组分析肿瘤，为临床决策提供信息。但纳米孔测序可以提高结构变异的分辨率，同时提供相位和甲基化信息。为了评估这些能力，我们已经对POG试验中的七个肿瘤进行了测序和分析。我们将展示这些结果，并强调生物信息学工具开发的机会。我们最近对另外182个病例进行了测序，重点是那些怀疑有表观基因组失调和复杂结构变异的病例。我们将展示这些研究的初步结果。
关键词：
生物信息学；癌症研究；临床研究；表观遗传学；基因表达；人类基因组学；单核苷酸变异和定相；结构变异；全基因组测序；PromethION P24/P48；R9测序芯片
Michael Dean
美国国家癌症研究所
Michael Dean博士是转化基因组学实验室的高级研究员。他在波士顿大学获得博士学位。Michael对肿瘤中的遗传和体细胞基因突变感兴趣，并参与克隆了涉及遗传性癌症的基因（PTCH、VHL）。他的研究重点是人乳头瘤病毒（HPV）和宫颈癌，同时还在继续研究美国和拉丁美洲癌症健康差异的遗传成分。摘要：
我们研究了人乳头瘤病毒（HPV）与宫颈癌细胞系和肿瘤，使用超高分子DNA和全长直接RNA测序来确定HPV在几个位置的整合位点，包括已知的超级增强子热点、染色体外DNA和出现改变的DNA甲基化位置。Pore-C揭示了HPV和人类基因组之间的广泛互动。HLA I类测序发现了MHC单倍型的广泛缺失，以及HPV E5蛋白（一种HLA抑制蛋白）具有丰富的强结合肽。利用线粒体基因组学，我们正在探索癌症能量学和线粒体变异。总之，长读长测序为了解癌细胞的复杂表型提供了令人兴奋的新数据。
关键词：
癌症研究；染色质构象；表观遗传学；基因表达；人类基因组学；免疫学；传染性疾病；剪切变异；靶向测序；转录组学；超长读长序列；全基因组测序；GridION；EPI2ME；R9测序芯片；自适应采样
Christian Stevens
美国西奈山伊坎医学院
Christian是Benhur Lee实验室的医学博士/哲学博士候选人。他的工作重点是新兴人畜共患病毒（如尼帕病毒和SARS-CoV-2）、为基因编辑提供工具的病毒工程，以及拓展Lee实验室的生物信息学能力。他还对科学政策和沟通感兴趣，并努力了解如何能让外科医生-科学家成功成为最好的倡导者。摘要：
在这项研究中，我们采集了接种过MMR增强剂后的浆母细胞和记忆B细胞，并通过scRNA-Seq进行了表征。在单个细胞中，我们成功地识别并配对了全长的重链和轻链。我们合成了一个子集，并评估了它们针对活病毒的抗原结合效力。此外，我们对供体的种系V/D/J/C基因进行了测序，这些基因构成了他们的个性化免疫组库，这对识别这些基因位点中对建立强大免疫反应很重要的基因具有影响。我们还发现了已知影响抗体糖基化表型和效应功能的基因的表达差异。我们的分析流程大大拓展了个性化免疫学的可能性。
关键词：
组装；生物信息学；基因表达；人类基因组学；免疫学；传染性疾病；微生物学；单细胞；靶向测序；GridION；PromethION P24/P48；Q20+；R10测序芯片；R9测序芯片；自适应采样；双链读长
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