【Nature子刊】2002个原发性肿瘤的蛋白质组学研究，确定出14种癌症中的11种泛癌分子亚型！

阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户网站(UALCAN)于2017年开发并公开使用，作为泛癌组学数据分析的用户友好门户网站，包括转录组学、表观遗传学和蛋白质组学。

癌症是一种复杂的疾病，其起始、进展和转移、向远处器官的扩散，涉及每一类癌症的动态分子变化。除了一些常见的基因组事件外，个体癌症患者还表现出变异。

蛋白质组是在细胞或组织中表达的蛋白质的补充，这些可以通过质谱分析的最新技术进步进行定量测量。在细胞中，DNA制造mRNA，mRNA制造蛋白质，这一过程被称为分子生物学的中心法则。蛋白质是细胞的主要功能基团，在细胞代谢、结构、生长、信号传导和运动中至关重要。

在新的研究中，阿拉巴马大学伯明翰分校（UAB）分子和细胞病理学病理科教授和UAB转化肿瘤学病理学研究项目负责人Sooryanarayana Varambally博士与长期合作者Chad Creighton博士合作。Creighton领导的蛋白质组学研究“Proteogenomic characterization of 2002 human cancers reveals pan-cancer molecular subtypes and associated pathways”发表在《Nature Communications》上，这扩展了2019年和2021年发表的两项早期蛋白质组学研究。

https://www.nature.com/articles/s41467-022-30342-3

之前该团队进行了RNA转录本分析，通过UALCAN向研究人员提供数据，以确定无数形式的癌症用于帮助生长、扩散和侵袭性的途径。通过最近的这项研究，团队进行并纳入了大规模的蛋白质组学分析。数据和结果为进一步研究和可能的治疗干预提供了新思路。

UALCAN蛋白质组数据集中代表的癌症类型包括乳腺癌、结直肠癌、胃癌、胶质母细胞瘤、头颈部癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞状癌、卵巢癌、胰腺癌、小儿脑癌、前列腺癌、肾癌和子宫癌。研究中各癌症类型的肿瘤数量为76～230个，平均143个。有趣的是，目前的研究发现泛癌、基于蛋白酶体的亚型跨越了肿瘤谱系。

蛋白质组学数据集来自17项独立研究。这些肿瘤中的大多数有相应的多组学数据可用，包括mRNA水平、DNA体细胞小突变和插入/缺失以及DNA体细胞拷贝数改变。

研究人员发现肿瘤基因的蛋白表达与相应的mRNA水平或拷贝数改变广泛相关。然而，也有一些值得注意的例外。

他们确定了11种不同的基于蛋白组的泛癌亚型——命名为s1到s11——可以提供对肿瘤中使其癌变的失调途径和过程的见解。

每个亚型都表达特定的基因类别，有些在之前的不太全面的蛋白质组研究中见过。3种亚型表现出新的基因类别：s7亚型具有“轴突导向”和“卷曲结合”基因，s10亚型具有“DNA修复”和“染色质组织”基因，s11亚型具有“突触”、“树突”和“轴突”基因。

在DNA水平上，该研究详细介绍了基于蛋白组的亚型在基因整体拷贝数改变上的差异，以及通过蛋白质组或转录组数据推断的与较高通路活性相关的亚型的体细胞突变。Varambally说：“我们的研究结果为在蛋白质组水平上理解癌症的分子景观提供了一个框架，以整合和比较数据与癌症的其他分子相关性。相关数据集和基因水平关联代表了研究界的资源，包括帮助确定功能研究的基因候选物，并进一步开发候选物作为特定癌症亚群的诊断标志物或治疗靶标。这项研究强化了这样的观念，即癌症应该在蛋白质水平上进行全面的调查，尽管历史上肿瘤上的表达谱大多局限于RNA转录水平。这个不断发展的癌症数据分析平台中的很多分析都是基于用户或专家的要求，团队感谢利用这个平台做出在癌症研究中有所作为的发现的研究人员的支持和鼓励。”（转化医学网360zhyx.com）

参考资料：

https://medicalxpress.com/news/2022-06-proteomic-tumors-pan-cancer-molecular-subtypes.html

注：本文旨在介绍医学研究进展，不能作为治疗方案参考。如需获得健康指导，请至正规医院就诊。