一年发布21篇！北大汤富酬教授团队2022年单细胞转录组测序研究综述

2022年（截止到2022年12月1日）北京大学汤富酬团队在单细胞转录组测序领域取得了一系列重大突破，共发布研究成果21项，本文对以下九项研究进行系统综述。

 01 

2022年1月25日，暨南大学兰雨，刘兵及北京大学汤富酬共同通讯在《Cell Research》在线发表了研究论文，研究人员在小鼠和人类胚胎中发生关键血管生成和血管生成事件的时间窗口内构建了血管内皮细胞的单细胞转录组景观。研究结果为早期血管生成阶段的内皮异质性和谱系关系提供了前所未有的全面细节，并建立了关于早期胚胎内脉管系统动脉生成行为的新模型。

 02

2022年4月28日，北京大学汤富酬及付卫共同通讯在《Genome Biology》上在线发表了研究论文。研究人员对七名结直肠癌患者的成对样品进行单细胞RNA-Seq，用于体内类器官及其相应的肿瘤和正常组织。他们发现，源自肿瘤组织的类器官忠实地概括了体内癌细胞的主要基因表达特征。研究结果表明，相互交换培养基换取类器官，发现交换培养基后，类器官细胞基本保持了原始培养基的转录组特性。

 03 

2022年7月12日，北京大学汤富酬团队在《Nucleic Acids Research》在线发表了研究论文，研究使用单细胞基因组长读长测序技术，在PacBio HiFi和Oxford Nanopore Technologies平台上对K562和HG002细胞进行了测序，并进行了从头基因组组装。这是首次在单细胞水平上完成了具有高连续性的人类基因组组装，并探索了不同组装体和测序策略对基因组组装的影响。此外，利用来自K562单细胞数据集的组装基因组，可以识别更完整和准确的插入事件集和复杂的结构变异。这项研究开启了单细胞基因组从头组装实践的新篇章。

 04 

2022年8月13日，北京大学汤富酬教授团队与中国医学科学院肿瘤医院王洁教授团队、赫捷院士团队合作在《Genome Medicine》上发表了研究论文。他们对来自肿瘤组织的7364个单个细胞和来自19例原发性肺癌患者和1例肺软骨错构瘤患者的匹配正常组织进行了高精度单细胞RNA-seq分析，在识别具有腺癌 (ADC)、鳞状细胞癌 (SCC) 和神经内分泌肿瘤 (NET)组合特征的普遍混合谱系癌细胞亚群方面为 NSCLC 的肿瘤异质性提供了新的见解，并为这些患者的潜在治疗策略提供了线索。

 05 

2022年8月16日，解放军总医院第七医学中心商微团队与北京大学生物医学前沿创新中心汤富酬团队合作在《PLOS Biology》在线发表了研究论文，研究人员采用单细胞三组学测序方法，系统分析ST和对照囊胚的基因组、DNA甲基组和转录组。结果表明，与对照胚胎相比，ST胚胎中非整倍体细胞的百分比没有显著变化。ST囊胚的外胚层、原始内胚层和滋养外胚层（TE）呈现的RNA表达谱与对照囊胚相当。然而，ST囊胚TE细胞的DNA去甲基化过程略慢于对照囊胚。总的来说，ST似乎对胚胎发育通常是安全的，在囊胚阶段DNA去甲基化过程的延迟相对较小。

 06

2022年9月14日，北京大学汤富酬及付卫共同通讯在《Cell Discovery》在线发表了研究论文，研究人员对来自12名SBA患者的肿瘤样本进行了单细胞RNA测序，并预测了SBA的候选药物。他们确定了四种具有不同特征的恶性细胞的流行亚型，包括细胞周期程序、线粒体程序、代谢程序和上皮-间充质转化（EMT）程序。研究提供了SBA中肿瘤细胞和肿瘤微环境细胞分子特征的蓝图，并揭示了其临床治疗的潜在靶点和候选药物。

 07 

2022年10月5日，北京大学汤富酬及中国医学科学院/北京协和医学院王洁共同通讯在《Signal Transduction and Targeted Therapy》在线发表了研究论文，该研究通过单细胞转录组谱揭示了小细胞肺癌的肿瘤异质性。这些发现表明了人类SCLC的显著异质性，以及癌细胞和TME之间在单细胞分辨率上的密集交互，因此，为更好地理解SCLC的生物学以及开发SCLC的新疗法奠定了基础。

 08 

2022年10月11日，北京大学生物医学前沿创新中心汤富酬团队在《Cell Research》在线发表了研究论文，研究基于TGS平台的scATAC-seq方法，开发了在纳米孔测序平台对可及性染色质进行单细胞检测 。

 09 

2022年11月17日，南方医科大学赵小阳课题组，北京大学生物医学前沿创新中心汤富酬课题组和南方医科大学汪妹课题组合作在《Protein & Cell》上在线发表了研究论文。该研究利用单细胞转录组测序技术首次系统描绘了小鼠SSCs自发重编程的细胞命运转变路径，针对重编程成功与障碍路径特征进行小分子筛选，建立获得了可以使重编程效率提升约100倍的小分子化合物组合高效诱导体系（5C）。该研究聚焦独特的SSCs自发重编程现象，建立了可修复重编程系统缺陷导致发育障碍的高效诱导体系，其作用机理可能通过调控重编程过程中的关键表观修饰状态来实现，为其他重编程体系的机制研究和再生医学中功能干细胞的获得提供了研究思路。（转化医学网360zhyx.com）

参考资料：

https://www.nature.com/articles/s41422-022-00615-z

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02673-3

https://academic.oup.com/nar/article/50/13/7479/6640236

https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-022-01089-9

https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001741

https://www.nature.com/articles/s41421-022-00434-x

https://www.nature.com/articles/s41392-022-01150-4

https://www.nature.com/articles/s41422-022-00730-x

https://academic.oup.com/proteincell/advance-article/doi/10.1093/procel/pwac044/6831881

注：本文旨在介绍医学研究进展，不能作为治疗方案参考。如需获得健康指导，请至正规医院就诊。