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【研究前沿】复旦大学郝洁团队通过构建肿瘤分子分型新算法Themis实现肿瘤精准诊疗分子分型方法评估
2024年6月,复旦大学郝洁团队在Briefings in Bioinformatics (IF=9.5) 以长文形式发表了题为:“Themis: Advancing Precision Oncology through Comprehensive Molecular Subtyping and Optimization”的论文。团队提供了一个肿瘤分子分型方法评估与优化的平台,并通过泛肿瘤类型和多...
【PNAS】香港大学卢煜明团队基于cfDNA片段模式推断甲基化模式新算法,证实cfDNA遗传和表观遗传信息可同时获得
近日,发表在期刊《Proceedings of the National Academy of Sciences》(PNAS)的论文“Epigenetic analysis of cell-free DNA by fragmentomic profiling”,证明了使用 cfDNA 片段化模式来推断 cfDNA 分子甲基化模式的可能性,从而摆脱了亚硫酸氢盐测序(bisulfite sequ...
第八届N·GS组学创新开发者大会精彩来袭,聚焦组学科技全产业链创新,期待新技术、新算法、新基建快速普及到生命科学各场景
第八届 N·GS组学创新开发者大会 浙江·杭州 疫情终会结束,新冠疫情三年来强力改变了世界,加剧了现有世界的割裂,我们无法短期内回到疫情前的全球化,也不愿在看了世界后再封闭起来;基因科技凭借核酸检测走进主流社会角角落落,科技、产业、学术有可能再次划分阵营;生命科技的创新与发展快速从基因组学延展到多组学,大量数据的产生与...
【Science】新算法选择最佳抗生素,耐药性风险降低一半!
抗生素是一把双刃剑:一方面,抗生素对治愈细菌感染至关重要。另一方面,它们的使用促进了抗生素耐药菌的出现和增殖。利用基因组测序技术和患者记录的机器学习分析,研究人员开发了一种抗生素处方算法,将出现抗生素耐药性的风险降低了一半。 发表在《Science》杂志上的这篇论文,题为“Minimizing treatment-induced emergence of antibiotic r...
【突破行业技术瓶颈】求臻医学MSIsensor-ct新算法,实现ctDNA检测限0.05%,助力bMSI检测临床大规模应用
导语 目前临床上广泛使用MSI-PCR以及MMR-IHC方法探测MSI,但由于检测位点或蛋白较少,且检测结果高度依赖主观经验判断,经常无法准确预测病人的MSI状态,且这两种方法都是为诊断遗传性错配修复缺陷或者林奇综合征而设计,用于其它癌种分析可能有偏倚,会造成一定程度的假阴性结果,从而导致部分癌症患者失去从免疫治疗中获益的机会。 ...
通过机器学习预测癌症抗原能否引起免疫反应——新算法助力个性化癌症疫苗研究
近日,北卡罗莱纳大学的研究人员设计并验证了一个新的机器学习算法模型,该模型可以预测特定肿瘤特异性抗原产生免疫反应的能力,有助于克服研制个性化癌症疫苗的重大障碍。 抗原是免疫系统区分正常细胞和癌细胞的标志,而肿瘤新生抗原(Neoantigen)的发现对癌症的诊断、过继性免疫治疗、肿瘤疫苗、个性化治疗起着极其重要的作用。随着高通量测序技术的发展以及国际大型肿瘤基因组...
Illumina新算法或可降低NIPT的假阳性结果
就在昨日发表于新英格兰医学期刊(The New England Journal of Medicine)的文章《Copy-Number Variation and False Positive Prenatal Screening Results》中,来自Illumina和Tufts医学中心的科学家得出了新的研究结论,在一个最新的测序方法的帮助下,无创产前检测(non-invasive prena...
新算法助力追踪疾病暴发第一感染源
在一场疾病暴发中,“第一感染源”是首个被感染的人,找到他们则能帮助阻止这场疾病。然而,不完整的数据意味着那个人通常很难被追踪到。如今,一种算法能在这场追击中派上用场。 来自克罗地亚萨格勒布大学的Mile Sikic及其同事关注的是这样一种场景:由被感染和未被感染的人组成一个网络,但你不知道感染在何时或者谁之间传播。这可以是性传播感染(STI)、信息在一个社会网络中...
PLoS:新算法或可精确定位心脏缺失的患处所在
近日,刊登在国际杂志PLoS Computational Biology上的一项研究报告中,来自曼彻斯特大学的研究人员开发出了一种新算法,其或可帮助外科医生寻找到个体心脏缺失的精确位置,从而帮助开发有效治疗心脏缺失疾病患者及挽救患者生命的有效疗法。 这种新型技术可为揭示心脏问题的起源提供无侵入性的检测,并且提供有效...
中国科技大学:新算法解决复杂肿瘤全基因组分析难题
5月27日,记者从中国科学技术大学获悉,该校李骜研究组在复杂肿瘤基因检测方面取得突破性进展,他们提出的一种新颖生物信息学算法,有效解决了利用新一代测序技术检测复杂肿瘤全基因组异常的国际性难题。成果日前发表在国际权威期刊《生物信息学》上。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征,在肿瘤发病机理、临床诊断和治疗等研究中具有极为重要的作用。但传统肿瘤基因组...
Nat Biotechnol && J Comput Biol:开发出新算法对单细胞基因组进行测序
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