不做实验也能发高分文章?公共数据分析驱动免疫治疗
导读 | 数据共享与分析:促进癌症免疫治疗取得重要进展 |
近期,Sanford-Burnham Prebys医学研究中心(SBP)的科学家研究揭示了100多种新的癌症免疫治疗相关基因位点。对应论文发表在最新的 Cancer Immunology Research,名为“Mutation drivers of immunological responses to cancer”。 SBP研究中心科学家认为其研究成果可以帮助癌症免疫疗法领域同仁开发更多新型免疫系统强化疗法以提高癌症治疗水平。
“通过对大型公共基因组数据库数据的分析,我们找到了122个潜在的免疫反应驱动基因。这些基因的突变与否与免疫细胞对肿瘤组织的侵入性息息相关。”SBP博士后研究员,文章主要作者之一Eduard Porta-Pardo博士说。“尽管这122个基因中的少数几个已经被报道与免疫反应中的重要蛋白质具有相关性,但我们发现的大多数基因位点还是第一次被证实与癌症免疫治疗有关。我们的研究为癌症的免疫治疗提供了诸多新的靶点。”
过去几年,癌症免疫疗法的进步促使科研人员开发了数种新型的治疗性化合物以及治疗策略。由于可以治疗已经扩散至其他器官的晚期癌症,癌症免疫疗法被视为癌症治疗技术发展的重要拐点。目前,已经有少数几种癌症免疫疗法有关药物被广泛应用于治疗癌症并在临床取得了巨大成功,完全清除了患者体内肿瘤组织或使肿瘤组织明显减小并能够对癌症的复发起到预防作用。
“为了开发能够应用于多种癌症治疗的免疫疗法,我们需要更加深入和全面地了解免疫系统与肿瘤组织之间的相互作用。”SBP生物信息学和结构生物学项目主任,文章的主要作者之一Adam Godzik博士强调,“我们的研究很大程度上拓展了人们在这个方面的知识。”
目前,大多数癌症免疫疗法都基于相似的策略--解放病人免疫系统使免疫功能充分释放。在免疫系统有效识别肿瘤威胁并赋予免疫细胞肿瘤侵入性的情况下类似的癌症免疫疗法都能表现出极好的效力。但是,有些癌症却能逃过免疫细胞的识别,以一种未知的方式阻止免疫细胞的侵入。
“基因突变位点决定着蛋白表达水平的变化,而我们的工作正是精确地探索这些有关基因发生突变的具体位置。”Porta-Pardo博士强调,“我们使用domainXplorer算法识别了不同基因分型之间的相关性,探明了具体突变对于肿瘤组织中免疫细胞数量以及蛋白功能结构域的影响。”
“我们研究进一步向世人展现了数据共享的强大潜力,”Godzik博士强调,“正因为我们能够访问癌症基因组图谱(TCGA)中超过5000例的肿瘤样本及其基因组数据,我们才能免于进行冗杂的项目合作以及样本数据采集工作,直接进行最终的基因组数据分析。下一阶段我们计划应用domainXplorer算法研究肿瘤组织侵入能力较强免疫细胞的有关基因,进一步揭示癌症免疫治疗的更多细节。”(转化医学网360zhyx.com)
“通过对大型公共基因组数据库数据的分析,我们找到了122个潜在的免疫反应驱动基因。这些基因的突变与否与免疫细胞对肿瘤组织的侵入性息息相关。”SBP博士后研究员,文章主要作者之一Eduard Porta-Pardo博士说。“尽管这122个基因中的少数几个已经被报道与免疫反应中的重要蛋白质具有相关性,但我们发现的大多数基因位点还是第一次被证实与癌症免疫治疗有关。我们的研究为癌症的免疫治疗提供了诸多新的靶点。”
过去几年,癌症免疫疗法的进步促使科研人员开发了数种新型的治疗性化合物以及治疗策略。由于可以治疗已经扩散至其他器官的晚期癌症,癌症免疫疗法被视为癌症治疗技术发展的重要拐点。目前,已经有少数几种癌症免疫疗法有关药物被广泛应用于治疗癌症并在临床取得了巨大成功,完全清除了患者体内肿瘤组织或使肿瘤组织明显减小并能够对癌症的复发起到预防作用。
“为了开发能够应用于多种癌症治疗的免疫疗法,我们需要更加深入和全面地了解免疫系统与肿瘤组织之间的相互作用。”SBP生物信息学和结构生物学项目主任,文章的主要作者之一Adam Godzik博士强调,“我们的研究很大程度上拓展了人们在这个方面的知识。”
目前,大多数癌症免疫疗法都基于相似的策略--解放病人免疫系统使免疫功能充分释放。在免疫系统有效识别肿瘤威胁并赋予免疫细胞肿瘤侵入性的情况下类似的癌症免疫疗法都能表现出极好的效力。但是,有些癌症却能逃过免疫细胞的识别,以一种未知的方式阻止免疫细胞的侵入。
“基因突变位点决定着蛋白表达水平的变化,而我们的工作正是精确地探索这些有关基因发生突变的具体位置。”Porta-Pardo博士强调,“我们使用domainXplorer算法识别了不同基因分型之间的相关性,探明了具体突变对于肿瘤组织中免疫细胞数量以及蛋白功能结构域的影响。”
“我们研究进一步向世人展现了数据共享的强大潜力,”Godzik博士强调,“正因为我们能够访问癌症基因组图谱(TCGA)中超过5000例的肿瘤样本及其基因组数据,我们才能免于进行冗杂的项目合作以及样本数据采集工作,直接进行最终的基因组数据分析。下一阶段我们计划应用domainXplorer算法研究肿瘤组织侵入能力较强免疫细胞的有关基因,进一步揭示癌症免疫治疗的更多细节。”(转化医学网360zhyx.com)
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