重大突破|表观遗传大牛张元豪连发Cell及Nature Medicine（总影响因子达60多），在表观遗传领域取得颠覆性进展

2018年4月23日，美国斯坦福大学的表观遗传学大牛张元豪在Nature Medicine上在线发表了题为“Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling”的研究论文。研究人员利用T-ATAC-seq这种新型的工具，可用于分析克隆T细胞中的表观遗传学景观，并且应该对T细胞恶性肿瘤，免疫和免疫治疗的研究有价值。而短短的一个礼拜之后，2018年5月3日，表观遗传大牛张元豪课题组再度在顶级科学期刊Cell上发表题为“Promoter of lncRNA Gene PVT1 Is a Tumor-Suppressor DNA Boundary Element”重磅研究，研究人员提出PVT1编码致癌lncRNA，但人类癌症中复发性易位和缺失可能是另一种机制。同时显示PVT1启动子具有独立于PVT1 lncRNA的肿瘤抑制功能。这些结果突出显示lncRNA基因的调控序列作为潜在的疾病相关DNA元件。

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癌症基因组中的非编码突变经常出现，但难以解释。 PVT1编码致癌lncRNA，但人类癌症中复发性易位和缺失可能是另一种机制。在这里，研究人员显示PVT1启动子具有独立于PVT1 lncRNA的肿瘤抑制功能。 PVT1启动子的CRISPR干扰增强了乳腺癌细胞的竞争和体内生长。

PVT1和MYC致癌基因的启动子位于染色体8q24上55kb处，与PVT1基因座中的四个基因内增强子竞争，从而允许PVT1启动子调节暂停释放MYC转录。 PVT1经历发育调控的单等位基因表达，且PVT1启动子仅通过启动子竞争从相同染色体抑制MYC表达。癌症基因组测序鉴定包含人类PVT1启动子的复发突变，并且基因组编辑证实PVT1启动子突变促进癌细胞生长。这些结果突出显示lncRNA基因的调控序列作为潜在的疾病相关DNA元件。

表观遗传大牛张元豪在国际顶医学期刊Nature Med发表重要研究成果

2018年4月23日，美国斯坦福大学的表观遗传学大牛张元豪在Nature Medicine上在线发表了题为“Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling”的研究论文，研究人员将TCR编码基因的测序与在单细胞水平的测序（ATAC-seq）相结合，分析测定转座酶可获得的染色质以提供关于T细胞的TCR特异性和表观基因组状态的信息。T-ATAC-seq能够鉴定来自同一个体的T细胞中的白血病和非白血病调控途径。T-ATAC-seq是一种新的工具，可用于分析克隆T细胞中的表观遗传学景观，并且应该对T细胞恶性肿瘤，免疫和免疫治疗的研究有价值。

T细胞在编码其T细胞受体（TCR）的基因中产生大量多样性，这使得单个克隆能够识别特定的肽 - 主要组织相容性复合体（MHC）配体。在这里，研究人员将TCR编码基因的测序与在单细胞水平的测序（ATAC-seq）相结合，分析测定转座酶可获得的染色质以提供关于T细胞的TCR特异性和表观基因组状态的信息。

T-ATAC-seq鉴定克隆Jurkat T细胞的表观基因组标记

通过使用这种称为转录索引ATAC-seq（T-ATAC-seq）的方法，研究人员鉴定了永生化白血病T细胞，来自健康志愿者的原代人T细胞和来自患者样品的原代白血病T细胞中鉴定了表观基因组特征。在来自健康个体的外周血CD4 + T细胞中，研究人员鉴定了幼稚和记忆T细胞状态的顺式和反式调节因子，并在表面标志物定义的T细胞群体中发现了显着的异质性。

人类CD4 + T细胞亚群的表观基因组景观

在皮肤T细胞淋巴瘤的白血病型患者中，通过允许从恶性克隆产生的信号与背景T细胞噪声分离，T-ATAC-seq能够鉴定来自同一个体的T细胞中的白血病和非白血病调控途径。因此，T-ATAC-seq是一种新的工具，可用于分析克隆T细胞中的表观遗传学景观，并且应该对T细胞恶性肿瘤，免疫和免疫治疗的研究有价值。

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