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腾讯登录【快讯】新冠病毒变异及演化动态监测状态报告2020-2-21摘要
| 导读 | 2月17日，志诺维思正式发布“战新冠-病毒基因变异动态监测”平台（https://fight-sars2.genowis.com/），通过实时监测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的变异和分析其演化动态，帮助洞察每日毒情 |
2020年2月17日，志诺维思联合中国医师协会（CMDA）、国家基因组科学数据中心（NGDC）、国家基因库（CNGB）和国家科学评论杂志（NSR）等多家权威机构发起数据快速共享倡议，见NSR社论《学术道义与社会职责——呼吁即时公布和共享2019-nCoV测序数据》1（见“基因智慧”公众号）。在此倡议下，志诺维思正式发布“战新冠-病毒基因变异动态监测”平台（https://fight-sars2.genowis.com/），通过实时监测新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的变异和分析其演化动态，帮助洞察每日毒情。
2月18日Nature Microbiology发表文章《We Shouldn't Worry When a Virus Mutates During Disease Outbreaks》2中明确指出突变是病毒生命周期的自然组成部分，很少会对疫情造成严重影响，相反，可以帮助我们进一步了解新出现的疫情（见“基因智慧”公众号上此文译稿《疫情爆发期，如何正确看待病毒变异？》）。事实上，“战新冠”平台监测病毒变异正是为了帮助疫情做精准防控，避免民众恐慌。2月21日，“战新冠”对从全球收集到的所有115条新冠全基因组序列中基因的变异及演化动态进行分析形成了《新冠病毒变异及演化动态监测状态报告2020-2-21》3（见“基因智慧” 公众号，简称“新冠报告”）。
截至2月21日，新冠报告显示“战新冠”平台一共收集到来自世界各地从2019年12月16日至2020年2月10日之间收集到的115新冠病毒的全基因组序列（新冠报告-图一），从2019年12月16日至2020年2月10日内收集到的毒株序列相较原毒株（Wuhan-Hu-1/2019）的氨基酸改变的基因变异数目在4个以内（新冠报告-图二）。引起氨基酸的基因变异的种类随着时间逐步增加，但近期已经趋于平缓（新冠报告-图三），目前已经有61种（新冠报告-图四）。从突变率来看，病毒的氨基酸改变的基因变异率大概维持在0.0018%左右，从12月31日起未见有提升的趋势（新冠报告-图五）。目前病毒的第二代变异株群已经达到8个（新冠报告-图六）。在这8个第二代变异毒株群体中，需要引起疫情防控相关部门的注意的是 ORF8：L84S这一变异株群，该占所有病毒序列的比例最大（25.2%），且传播范围最广（新冠报告-图七）。但我们也看到，目前的数据量非常有限，并且全球范围内病毒基因组数据提交的趋势相较疫情开始时有所放缓，可能受到研究者扣留数据发表文章的影响。在目前这个紧急的时刻，我们倡导并呼吁所有的研究人员应该尽快响应国家科学评论杂志社论的数据共享倡议:《学术道德与社会责任——呼吁即时公布和共享2019-ncov测序数据》1。
截至2月21日，新冠报告显示“战新冠”平台一共收集到来自世界各地从2019年12月16日至2020年2月10日之间收集到的115新冠病毒的全基因组序列（新冠报告-图一），从2019年12月16日至2020年2月10日内收集到的毒株序列相较原毒株（Wuhan-Hu-1/2019）的氨基酸改变的基因变异数目在4个以内（新冠报告-图二）。引起氨基酸的基因变异的种类随着时间逐步增加，但近期已经趋于平缓（新冠报告-图三），目前已经有61种（新冠报告-图四）。从突变率来看，病毒的氨基酸改变的基因变异率大概维持在0.0018%左右，从12月31日起未见有提升的趋势（新冠报告-图五）。目前病毒的第二代变异株群已经达到8个（新冠报告-图六）。在这8个第二代变异毒株群体中，需要引起疫情防控相关部门的注意的是 ORF8：L84S这一变异株群，该占所有病毒序列的比例最大（25.2%），且传播范围最广（新冠报告-图七）。但我们也看到，目前的数据量非常有限，并且全球范围内病毒基因组数据提交的趋势相较疫情开始时有所放缓，可能受到研究者扣留数据发表文章的影响。在目前这个紧急的时刻，我们倡导并呼吁所有的研究人员应该尽快响应国家科学评论杂志社论的数据共享倡议:《学术道德与社会责任——呼吁即时公布和共享2019-ncov测序数据》1。
参考文献
[1] Wu CI, Poo MM. Natl Sci Rev 2020; Very fast evolution, not-so-fastpublication – A proposed solution.
https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa010
[2] Grubaugh, N.D., Petrone, M.E. & Holmes, E.C. We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. Nat Microbiol (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0690-4
[3] 战新冠@志诺维思. 新冠病毒变异及演化动态监测状态报告2020-2-21. 基因智慧. https:// fight-sars2.genowis.com/Sars-Cov-2_2020-2-21.pdf
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